Theo kết luận thanh tra, Bộ NN&PTNT và các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm thực hiện quản lý nhà nước về thủy lợi, đê điều và phòng, chống thiên tai theo quy định. Tại Bộ NN&PTNT, Thanh tra Chính phủ đã tập trung thanh tra việc lập, phê duyệt, quy hoạch; việc xây dựng, phê duyệt chiến lược, kế hoạch, phương án phòng, chống, ứng phó thiên tai hàng năm, cơ chế quản lý, điều tiết Quỹ phòng, chống thiên tai; việc phê duyệt chủ trương đầu tư một số dự án theo quy hoạch và lựa chọn nhà thầu xây dựng; việc quản lý, khai thác công trình thủy lợi...
Tại UBND cấp tỉnh, Thanh tra Chính phủ đã kiểm tra, xác minh nội dung liên quan đến trách nhiệm quản lý nhà nước của Bộ NN&PTNT tại 6 tỉnh như việc quản lý, khai thác một số công trình thủy lợi do địa phương quản lý; việc thực hiện quy hoạch phòng, chống lũ của tuyến sông có đê, quy hoạch đê điều; việc xây dựng kế hoạch, phương án phòng, chống thiên tai hàng năm...
Bộ NN&PTNT chậm trễ, thực hiện không đúng quy định của Thủ tướng
Theo kết luận thanh tra, từ năm 2018 đến năm 2023, thiên tai xảy ra bất thường, cực đoan khắp các vùng miền cả nước, gây thiệt hại nghiêm trọng về người và tài sản. Đối với công tác hỗ trợ khắc phục hậu quả thiên tai, từ năm 2018 đến năm 2023, Thủ tướng Chính phủ đã quyết định trích từ nguồn dự phòng ngân sách trung ương hỗ trợ các địa phương hỗ trợ đến đối tượng thiệt hại do thiên tai gây ra, tổng hỗ trợ gần 39.000 tấn gạo, trên 13.600 tấn hạt giống và 11.740 tỷ đồng.
Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt Chiến lược quốc gia phòng, chống và giảm nhẹ thiên tai đến năm 2020 (Quyết định số 172/2007) và ban hành kế hoạch thực hiện chiến lược tại Văn bản số 1820/2009 (Chiến lược 172). Trong đó, Bộ NN&PTNT được giao chỉ đạo, tổ chức triển khai nhiệm vụ, giải pháp thực hiện chiến lược thuộc lĩnh vực quản lý để chủ động phòng, chống, khắc phục hậu quả thiên tai.
Tuy nhiên, theo kết luận thanh tra, trong năm 2018 và năm 2019, Bộ NN&PTNT không thực hiện báo cáo định kỳ hàng năm nhằm đánh giá rút kinh nghiệm và đề xuất kiến nghị, trình Thủ tướng Chính phủ việc điều chỉnh nội dung, giải pháp trong Chiến lược 172 cho phù hợp. Điều này thực hiện không đúng quy định của Thủ tướng.
Trong 2 năm (2022, 2023), Bộ NN&PTNT không tổ chức giám sát, đánh giá định kỳ hàng năm việc thực hiện Chiến lược 379 (Chiến lược Quốc gia phòng, chống thiên tai đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050 của Thủ tướng Chính phủ), thực hiện không đúng quy định của Ban chỉ đạo Quốc gia về phòng chống thiên tai.
Bộ NN&PTNT chậm trễ xây dựng kế hoạch quốc gia về phòng chống thiên tai 5 năm giai đoạn 2016-2020 trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt - thực hiện không đúng quy định Luật Phòng, chống thiên tai năm 2013.
Thanh tra Chính phủ còn phát hiện Bộ NN&PTNT không ban hành bộ chỉ số và khung theo dõi đánh giá thực hiện kế hoạch giai đoạn 2016-2020 làm cơ sở để các bộ, ngành và địa phương thực hiện; hàng năm chưa có báo cáo riêng về kết quả thực hiện Nghị quyết 76/NQ-CP và yêu cầu của Ban chỉ đạo Trung ương về phòng chống thiên tai.
Các địa phương gồm Hà Nội, Nghệ An, Đồng Tháp, Bắc Ninh chậm xây dựng, phê duyệt kế hoạch phòng chống thiên tai 5 năm và điều chỉnh hàng năm. Điều đó bị kết luận thực hiện không đúng quy định của Luật Phòng, chống thiên tai và chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ. UBND tỉnh Đồng Tháp (năm 2022, 2023), UBND tỉnh Cà Mau (năm 2023) không báo cáo Bộ NN&PTNT về trách nhiệm đảm bảo yêu cầu phòng, chống thiên tai của UBND các cấp với việc quản lý công trình chống sạt lở bờ sông, bờ biển, vận hành sử dụng công trình đê điều, chống hạn, xâm nhập mặn, sử dụng khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá…
Quỹ phòng, chống thiên tai còn dư gần 2.200 tỷ đồng
Theo kết luận thanh tra, từ năm 2018 đến năm 2023, tổng thu của Quỹ phòng, chống thiên tai là 5.801 tỷ đồng, tổng chi trên 3.660 tỷ đồng, còn dư gần hơn 2.168 tỷ đồng.
Nghị định số 78/2021/NĐ-CP của Chính phủ quy định về quản lý, điều hành hoạt động của Quỹ phòng, chống thiên tai có hiệu lực thi hành từ ngày 15/9/2021 nhưng Bộ NN&PTNT chậm ban hành các quy định, quy chế về tổ chức, hoạt động của Quỹ ở Trung ương nên chưa thực hiện được việc điều tiết Quỹ địa phương về Trung ương. Bộ NN&PTNT chưa thực hiện thanh tra, kiểm tra chuyên đề về công tác xây dựng kế hoạch thu, chi và quản lý sử dụng quỹ, theo thanh tra, chưa đảm bảo kịp thời, đầy đủ theo quy định.
UBND tỉnh Đồng Tháp chưa kịp thời xây dựng và ban hành kế hoạch thu, chi Quỹ trước ngày 15/5 hàng năm theo quy định. Công tác quyết toán, thu chi quỹ hàng năm ở tỉnh này còn chậm so với thời gian quy định. UBND tỉnh Cà Mau chưa thành lập hội đồng quản lý, ban kiểm soát và quy chế tổ chức và hoạt động của Quỹ theo quy định.
Hiện nay việc thu Quỹ phòng, chống thiên tai gặp nhiều khó khăn do Cục Thuế tỉnh chỉ thực hiện cung cấp thông tin, tổng giá trị tài sản hiện có của tổ chức kinh tế trong nước và nước ngoài để thuận lợi cho việc thu quỹ.
Nghị định số 78/2021/N Đ-CP quy định cơ quan quản lý quỹ cấp tỉnh sử dụng bộ máy cơ quan thường trực phòng, chống thiên tai theo hình thức biệt phái hoặc kiêm nhiệm tham gia hội đồng quản lý, ban kiểm soát và cơ quan quản lý quỹ cấp tỉnh.
Trong khi đó, khoản 4 Điều 3 Nghị định số 78/2021/ NĐ-CP quy định Quỹ phòng, chống thiên tai hoạt động theo mô hình công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ. Tuy nhiên, hiện nay chưa có quy định cụ thể về chế độ tiền lương, phụ cấp kiêm nhiệm cho người tham gia, cơ cấu tổ chức và hoạt động của Quỹ phòng, chống thiên tai tại cấp tỉnh. Do đó, về chế độ tài chính và nhân sự tham gia quỹ cần phải nghiên cứu, sửa đổi, bổ sung cho đồng bộ với các quy định pháp luật có liên quan khác.
Mặt khác, khoản 3 Điều 16 Nghị định số 78 /2021/NĐ-CP chưa nêu rõ những nội dung được phép chi. Tại Điều 23 Nghị định số 78 /2021/NĐ-CP nêu: "Chủ tịch UBND cấp tỉnh quyết định việc điều chuyển quỹ hỗ trợ cho các địa phương khác" nhưng không quy định rõ cơ quan đầu mối tổng hợp, đề xuất, tham mưu và điều kiện cần thiết khác để Chủ tịch UBND cấp tỉnh ban hành quyết định hỗ trợ kinh phí từ Quỹ phòng, chống thiên tai cấp tỉnh cho các địa phương khác.
Từ những cơ sở đó, Thanh tra Chính phủ đề nghị Bộ NN&PTNT tổng kết, đánh giá việc thực hiện Nghị định số 78 /2021/NĐ-CP, trên cơ sở đó đề xuất Chính phủ sửa đổi, bổ sung kịp thời các quy định nhằm tháo gỡ khó khăn, vướng mắc trong việc thu quỹ, sử dụng quỹ này.
Trước những vi phạm, khuyết điểm nêu trên, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ NN&PTNT tổ chức kiểm điểm để xử lý trách nhiệm theo quy định của Đảng và pháp luật của Nhà nước đối với tập thể, cá nhân lãnh đạo Bộ có liên quan. Thanh tra Chính phủ kiến nghị UBND các tỉnh, thành tổ chức kiểm điểm để xử lý trách nhiệm theo quy định đối với các tổ chức, cá nhân có liên quan đến những khuyết điểm, vi phạm, trong đó cần làm rõ trách nhiệm của tổ chức, cá nhân trong việc quản lý, kiểm tra, giám sát đối với việc chậm xây dựng quy hoạch phòng, chống lũ của tuyến sông có đê, quy hoạch đê điều trên địa bàn tỉnh, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt; việc phê duyệt quy hoạch, phê duyệt điều chỉnh quy hoạch phòng, chống lũ của tuyến sông có đê, quy hoạch đê điều không đúng thẩm quyền... báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị xử lý trách nhiệm cá nhân, lãnh đạo Bộ GTVT giai đoạn 2011-2021 
Thanh tra Chính phủ phát hiện nhiều vi phạm trong cấp phép khai thác khoáng sản 
