Từ kết quả kiểm tra xác minh, Chánh Thanh tra kết luận Thành phố vẫn còn các hạn chế, thiếu sót. Sở NN&PTNT phải khẩn trương rà soát, kiểm tra, phối hợp với Công ty Điện lực thành phố để xác định, thống nhất việc quản lý phần diện tích đất làm lối đi và trạm điện hạ thế, nhằm tránh việc các hộ dân mua bán, lấn chiếm sử dụng, ảnh hưởng trật tự, mỹ quan chung (tại khu nhà, đất địa chỉ số 176 đường Hai Bà Trưng, phường Đa Kao, quận 1).
Chi cục Kiểm lâm khẩn trương lập thủ tục thanh thải Trạm Kiểm lâm Tam Thôn Hiệp và Trạm Kiểm lâm An Thới Đông (huyện Cần Giờ) bị sạt lở nhằm đảm bảo an toàn cho trạm và đúng quy định về quản lý sử dụng.
Cơ sở nhà, đất Trường Trung cấp Kỹ thuật nông nghiệp (nhà, đất tại đường D400 và đường Hoàng Hữu Nam, phường Tân Phú, TP Thủ Đức - cơ sở 2) quản lý hiện còn để trống, sử dụng không hiệu quả, có dấu hiệu lãng phí.
Đối với các mặt bằng nhà, đất hiện không còn nhu cầu sử dụng do Chi cục Chăn nuôi và Thú y đang quản lý, Chi cục phải khẩn trương tham mưu Sở NN&PTNT có văn bản đôn đốc các cơ quan có thẩm quyền sớm có ý kiến và lập thủ tục nhận bàn giao các mặt bằng nhà, đất nhằm bố trí sử dụng hiệu quả, tránh lãng phí nhà đất công (tại các địa chỉ số 941 Cách Mạng Tháng 8, phường 7, quận Tân Bình; 2 Ki-ốt làm điểm kiểm tra vệ sinh thú y chợ Bến Thành và chợ Phạm Văn Hai).
KLTT cho rằng Giám đốc Sở NN&PTNT ban hành Chương trình thực hành tiết kiệm, chống lãng phí năm 2020 - 2021 nhưng không đưa nội dung thực hành tiết kiệm, chống lãng phí vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra và không tổ chức thực hiện thanh tra, kiểm tra việc thực hành tiết kiệm, chống lãng phí đối với các đơn vị trực thuộc Sở là thực hiện chưa đầy đủ các nội dung của UBND thành phố tại Quyết định số 1059/QĐ-UBND ngày 25/3/2020 và Quyết định số 1898/QĐ-UBND ngày 24/5/2021.
Sở NN&PTNT thực hiện công khai dự toán ngân sách năm 2020 - 2021 nhưng chưa công khai Quyết toán ngân sách năm 2020 - 2021 là chưa thực hiện đúng theo quy định tại khoản 4 Điều 32 Luật Ngân sách nhà nước năm 2015.
Đối với Chi cục Kiểm lâm, KLTT cho rằng đơn vị này đã xây dựng dự toán ngân sách chưa sát với tình hình thực tế tại đơn vị và chưa kịp thời điều chỉnh dẫn đến một số nội dung chi vượt so với dự toán.
Thực hiện chi 300% lương đối với ngày nghỉ bù của ngày nghỉ lễ là chưa đúng theo quy định; Không lập biên bản điều chỉnh hóa đơn với nhà cung cấp thức ăn động vật hoang dã; Thực hiện việc chỉ định thầu và ký hợp đồng với nhà cung cấp thức ăn cho động vật hoang dã theo quý mà không có kế hoạch lựa chọn nhà thầu; Mua thức ăn cho động vật hoang dã bằng hình thức chỉ định thầu theo quý, không đấu thầu lựa chọn nhà thầu cho cả năm, là một trong những hành vi bị cấm trong công tác đấu thầu, không đảm bảo tính công bằng, minh bạch theo quy định Luật Đấu thầu năm 2013.
Thanh toán chi phí tư vấn đấu thầu, tư vấn thẩm định, chi phí nhiên liệu, công tác phí cho công chức thực hiện trồng cây phân tán từ kinh phí cấp cho Ban Chỉ đạo trồng rừng và trồng cây phân tán là chi không đúng dự toán ngân sách được giao theo quy định với tổng số tiền là hơn 46 triệu đồng.
Trung tâm Khuyến nông cũng xây dựng dự toán ngân sách chưa sát với tình hình thực tế tại đơn vị và chưa kịp thời điều chỉnh dẫn đến một số nội dung chi vượt so với dự toán. Chứng từ cho khoản chi phúc lợi không hợp lệ, không đúng theo quy định. Khoản chi tiếp khách bằng tiền mặt vượt quá quy định.
Về thực hiện Kết luận của Kiểm toán, KLTT khẳng định đến nay, Sở NN&PTNT chưa thực hiện dứt điểm nội dung theo Quyết định số 1408/QĐ-KTNN của Kiểm toán Nhà nước (trong đó phải nộp ngân sách số tiền thu phí, lệ phí là hơn 396 triệu đồng).
Từ những kết luận nêu trên, Chánh Thanh tra thành phố đã kiến nghị và được Chủ tịch UBND thành phố kết luận chỉ đạo giao Giám đốc Sở NN&PTNT chỉ đạo thực hiện kiểm điểm trách nhiệm nghiêm túc đối với tập thể, cá nhân của Sở và các đơn vị trực thuộc liên quan các hạn chế, thiếu sót đã nêu tại KLTT, tùy theo mức độ sai phạm và kết quả kiểm điểm có biện pháp xử lý phù hợp quy định; xây dựng kế hoạch thực hiện, đề ra giải pháp khắc phục cụ thể để thực hiện có hiệu quả nội dung KLTT và ý kiến chỉ đạo của UBND thành phố.
Kiểm tra, rà soát việc quản lý sử dụng nhà đất (số 176 đường Hai Bà Trưng) để có hướng xử lý phù hợp, tránh lãng phí. Thực hiện thủ tục nộp ngân sách khoản thu phí, lệ phí số tiền hơn 396 triệu đồng theo Quyết định số 1408/QĐ-KTNN của Kiểm toán Nhà nước…
Chỉ đạo Chi cục trưởng Chi cục Chăn nuôi và Thú y bố trí cán bộ tiếp công dân theo đúng quy định pháp luật tiếp công dân; kiểm tra, rà soát và khẩn trương lập thủ tục nhận bàn giao các mặt bằng nhà, đất (số 941 Cách Mạng Tháng 8, phường 7, quận Tân Bình, 2 Ki-ốt làm điểm kiểm tra vệ sinh thú y chợ Bến Thành và chợ Phạm Văn Hai) nhằm đảm bảo việc bố trí sử dụng hiệu quả, tránh lãng phí nhà đất công...
Biến đất công thành đất tư, thêm Trưởng phòng TN-MT bị khởi tố, bắt giam 
Kiến nghị gỡ vướng cho 63 dự án có một phần đất công nằm xen cài 
Thuê đất công, tự ý xây dựng công trình sai phép 
