Trong phán quyết ngày 19/6, Chánh án Tòa án tối cao Iftikhar Chaudhry đã tuyên rằng, Gilani "không còn tư cách làm Thủ tướng Pakistan". Phán quyết mới này dựa trên cơ sở một phán quyết hồi tháng 4/2012 cũng của Tòa án tối cao, trong đó tuyên buộc Thủ tướng Pakistan Gilani tội "khinh thường tòa án" do không tuân thủ một sắc lệnh của Tòa án ban hành tháng 11/2009. Theo Hiến pháp Pakistan, bất cứ ai bị buộc tội "xúc phạm" hoặc "khinh thường" tòa án đều không đủ tư cách làm nghị sĩ Quốc hội. Trong trường hợp của Thủ tướng Gilani là đồng nghĩa với việc ông không còn là Thủ tướng.
Điều rắc rối đầu tiên đối với Chính phủ Pakistan là tất cả những văn bản, thủ tục, giấy tờ hay thỏa thuận, quyết định,… chính thức của chính phủ do Thủ tướng Gilani ký từ khi ông nhậm chức cho đến nay sẽ phải bị thu hồi vì không còn giá trị. Đây là một trường hợp đặc biệt, vì nếu mãn nhiệm kỳ, thì tất cả những thứ dó sẽ còn nguyên giá trị, nhưng bị phế truất bởi phán quyết "không đủ tư cách làm Thủ tướng" của Tòa án tối cao thì mọi việc sẽ khác.
Ngay sau phán quyết của Tòa án tối cao, đảng cầm quyền Nhân dân Pakistan (PPP) đã có cuộc họp khẩn cấp để thảo luận về tình hình trước mắt. Sau cuộc họp, lãnh đạo PPP và các đối tác trong liên minh cầm quyền đã thống nhất chọn người để đề cử thay thế ông Gilani ngồi vào chiếc ghế thủ tướng. Hôm 21/6, PPP đã đề cử Bộ trưởng Công nghiệp dệt Makhdoom Shahabuddin làm ứng viên thay thế ông Yusuf Raza Gilani vừa bị phế truất bởi phán quyết của Thẩm phán Tòa án tối cao.
Nhưng ngay cả Shahabuddin cũng đang có nguy cơ không thể ngồi lâu trên chiếc ghế thủ tướng nếu được Quốc hội phê chuẩn (điều gần như chắc chắn). Cùng ngày 21/6, một thẩm phán ở thành phố Rawalpindi đã ra lệnh bắt giam đối với Shahabuddin do cáo buộc có vai trò trong vụ bê bối nhập khẩu thuốc tây có chất gây nghiện có thể sử dụng làm nguyên liệu bào chế ma túy tổng hợp (methamphetamine). Vụ án xảy ra vào năm 2010, khi đó ông Shahabuddin còn làm Bộ trưởng Y tế, và có dính líu tới cả con trai của ông Zardari.
Ở Pakistan, những lời buộc tội thường được các đối thủ chính trị sử dụng như một công cụ pháp lý khá hữu dụng để đánh vào uy tín của đối thủ làm cho họ suy yếu đi. Một nguy cơ bất ổn mới cho Pakistan là nếu ông Shahabuddin cũng bị phế truất (do những cáo buộc nêu trên) và đảng PPP không thể tìm được người thay thế ông, thì đất nước sẽ không có thủ tướng, đồng nghĩa không có một chính phủ hoạt động bình thường. Trong trường hợp đó, một chính phủ lâm thời sẽ được thành lập để chuẩn bị cho một cuộc bầu cử sớm (cuộc bầu cử Quốc hội sắp tới dự kiến diễn ra vào năm 2013).
Kể cả khi được phê chuẩn thì ông Shahabuddin cũng sẽ đối mặt với vấn đề tương tự như ông Gilani hiện nay, vì thực chất vụ việc truất phế Thủ tướng Pakistan là cuộc đấu quyền lực giữa Tòa án tối cao, cụ thể là cá nhân Chánh án Iftikhar Chaudhry với Chính phủ Pakistan. Có dư luận cho rằng, phán quyết của Chánh án Chaudhry là một đòn "phản công" với mục đích nhanh chóng "bứng" ông Gilani trong khi ông này đang tiến hành một vụ án tham nhũng có liên quan đến Arsalan Chaudhry, con trai Chánh án Chaudhry.
Một doanh nhân Pakistan tên Hussain, người được cho là có quan hệ mật thiết với chính phủ, đã đứng ra tố cáo Arsalan "vòi vĩnh" ông ta số tiền lên đến 3,7 triệu USD, cùng hàng loạt chi phí xa hoa khác mà ông ta đã hối lộ cho Arsalan. Chánh án Chaudhry là người nổi tiếng chống tham nhũng, đồng thời cũng nổi tiếng… chống chính phủ. Vì thế, việc con trai ông dính líu đến tham nhũng, hối lộ là một đòn hiểm đánh vào uy tín của ông.
Giới phân tích gọi phán quyết phế truất Thủ tướng là "cái giá của lòng trung thành" của ông Gilani với Tổng thống Zardari. Tháng 4/2012, ông Gilani đã bị Tòa án tối cao tuyên buộc tội "khinh thường tòa án" do chống lại một sắc lệnh của Tòa án tối cao từ tháng 11/2009, trong đó ra lệnh cho ông Gilani, với tư cách Thủ tướng Pakistan, phải yêu cầu Chính phủ Thụy Sĩ mở lại cuộc điều tra án tham nhũng trị giá nhiều triệu USD đối với ông Zardari. Lý do chống lệnh tòa án được ông Gilani đưa ra là việc viết thư yêu cầu Chính phủ Thụy Sĩ mở lại vụ án là vi hiến, vì ông Zardari đã được hưởng đặc quyền miễn truy tố với tư cách là nguyên thủ quốc gia.
Hơn nữa, vụ án tham nhũng năm 2003, trong đó một tòa án Thụy Sĩ cáo buộc ông Zardari và bà vợ quá cố của ông, cựu Thủ tướng Benazir Bhutto, tội "rửa tiền" với hàng triệu USD tiền gửi không rõ nguồn gốc trong tài khoản ở các ngân hàng Thụy Sĩ. Vụ này đã được khép lại từ năm 2009 sau khi Tổng thống Pervez Musharraf, trong một động thái thỏa hiệp chính trị, đã ban hành Sắc lệnh Hòa giải Quốc gia (NRO) hủy toàn bộ các vụ án tham nhũng có liên quan đến vợ chồng Bhutto - Zardari.
Đồng thời, NRO cũng có hiệu lực đình chỉ luôn vụ án rửa tiền tại Tòa án Thụy Sĩ. Không chỉ vợ chồng Bhutto - Zardari, NRO còn ân xá cho hàng loạt chính khách khác bị buộc các tội tham nhũng, rửa tiền, khủng bố,… Cuộc đấu giữa Chính phủ Pakistan với ngành tư pháp bắt đầu từ tháng 12-2009, khi Tòa án tối cao ra phán quyết huỷ lệnh ân xá (NRO) này.
Tình hình bất ổn này có thể ảnh hưởng đến mục tiêu kế hoạch rút quân của Mỹ và NATO ra khỏi Afghanistan vào năm 2014, đồng thời làm cho "thắng lợi" của Mỹ và đồng minh trong cuộc chiến chống khủng bố tại Afghanistan - Pakistan bị giảm bớt giá trị
