KTNN nêu rõ, sự phối hợp giữa các bộ, cơ quan trung ương (TW), giữa các cơ quan TW và địa phương trong quá trình xây dựng cơ chế, chính sách và tổ chức thực hiện còn chưa chặt chẽ dẫn đến một số cơ chế, chính sách chưa đồng bộ, thống nhất.
Đến thời điểm kiểm toán (tháng 4/2023), còn một số đơn vị chưa ban hành Kế hoạch thực hiện Chương trình giai đoạn 2021-2025 (như Ủy ban Dân tộc), chưa ban hành Kế hoạch thực hiện năm 2022 (như tỉnh Kon Tum). Nhiều địa phương (Cao Bằng, Điện Biên, Đắk Lắk, Đắk Nông, Kon Tum, Bắc Kạn, Lạng Sơn, Gia Lai) chưa ban hành đầy đủ các văn bản thuộc thẩm quyền và các văn bản hướng dẫn thực hiện Chương trình theo quy định.
Trong triển khai thực hiện Chương trình, Ủy ban Dân tộc đề xuất phân bổ vốn đầu tư trung hạn và năm 2022 cho nội dung hỗ trợ đất ở, nhà ở, đất sản xuất thuộc Dự án 1 khi chưa trình Thủ tướng Chính phủ ban hành quyết định chính sách, bao gồm cơ chế hỗ trợ sử dụng vốn đầu tư công cho các đối tượng thuộc chính sách. Số vốn đã phân bổ năm 2022 cho các nội dung trên là 465,24 tỷ đồng.
Việc trình phân bổ kế hoạch vốn còn chậm nên theo báo cáo của Chính phủ với Ủy ban Thường vụ Quốc hội, số vốn chưa phân bổ là 2.942,14 tỷ đồng, chậm so với yêu cầu trước ngày 1/9/2022 phải phân bổ xong. Cùng với đó, một số địa phương chưa bố trí vốn đối ứng hoặc bố trí thiếu vốn đối ứng thực hiện Chương trình, thực trạng này diễn ra tại 4/12 địa phương được kiểm toán; 21/39 địa phương không kiểm toán.
Việc phân bổ vốn đầu tư phát triển giai đoạn 5 năm 2021-2025, cũng như năm 2022 của một số địa phương không chi tiết đến nội dung danh mục dự án đầu tư (tỉnh Cao Bằng, Thái Nguyên, Nghệ An, Đắk Lắk, Đắk Nông). Có 2 địa phương phân bổ vốn đầu tư hằng năm khi chưa có quyết định đầu tư dự án được duyệt; 2 địa phương bố trí vốn kế hoạch đầu tư công các dự án năm 2022 khi chưa có trong kế hoạch đầu tư công trung hạn.
Có địa phương còn điều chỉnh kế hoạch đầu tư công năm 2022 nguồn ngân sách địa phương sau ngày 15/11/2022. Nhiều địa phương chưa giao dự toán vốn sự nghiệp chi tiết theo lĩnh vực chi (tỉnh Cao Bằng, Thái Nguyên, Nghệ An, Đắk Nông). Trong khi tỉnh Điện Biên còn giao dự toán vốn sự nghiệp năm 2022 sau ngày 31/12/2022 thì tỉnh Tuyên Quang cũng điều chỉnh dự toán vốn sự nghiệp sau ngày 15/11/2022.
Nhiều địa phương được KTNN "điểm danh" khi phân bổ vốn sai đối tượng quy định: tỉnh Điện Biên 16,18 tỷ đồng; tỉnh Lạng Sơn phân bổ vốn sai đối tượng cho huyện Lộc Bình 9,47 tỷ đồng, huyện Hữu Lũng 1,5 tỷ đồng, huyện Văn Lãng 3,81 tỷ đồng; tỉnh Gia Lai 1,85 tỷ đồng. Cùng với thực tế nhiều địa phương phân bổ, giao dự toán chậm là tình trạng chưa phân bổ, giao hết số vốn TW diễn ra tại nhiều nơi: Ủy ban Dân tộc chưa phân bổ, giao hết số vốn 30,7 tỷ đồng; các địa phương như Sơn La chưa phân bổ, giao hết số vốn 138,8 tỷ đồng; Lạng Sơn 16,3 tỷ đồng; Điện Biên 23,5 tỷ đồng; Bắc Kạn 16,1 tỷ đồng; Tuyên Quang 11,2 tỷ đồng; Nghệ An 65,6 tỷ đồng; Kon Tum 82,4 tỷ đồng; Gia Lai 32,4 tỷ đồng. UBND tỉnh Cao Bằng chưa giao vốn cho huyện Quảng Hòa 4,7 tỷ đồng; tỉnh Sơn La chưa giao cho huyện Sông Mã 10,4 tỷ đồng; tỉnh Tuyên Quang chưa giao cho huyện Sơn Dương 15,1 tỷ đồng và huyện Chiêm Hóa 3,2 tỷ đồng; tỉnh Gia Lai chưa giao cho huyện Krông Pa 4,3 tỷ đồng.
Một số địa phương chưa ban hành cơ chế lồng ghép nguồn vốn giữa các chương trình mục tiêu và các chương trình, dự án khác trên địa bàn theo quy định. Đáng chú ý, KTNN đánh giá, công tác kiểm tra, giám sát thực hiện Chương trình còn hạn chế khi một số đơn vị chưa tuân thủ nghiêm túc việc báo cáo tình hình thực hiện Chương trình. Cụ thể, có 13 đơn vị chưa báo cáo, 31 đơn vị báo cáo chưa đúng mẫu, 40 đơn vị báo cáo chậm; 3 đơn vị chưa lập kế hoạch kiểm tra, giám sát; nhiều đơn vị chưa tổ chức đoàn thực hiện kiểm tra và gửi Báo cáo công tác giám sát việc thực hiện.
Nguyên nhân chủ yếu được KTNN chỉ ra là do dịch bệnh COVID-19 kéo dài, công tác lập kế hoạch hằng năm còn chậm, việc bố trí vốn thực hiện Chương trình chưa kịp thời, cùng với một số bất cập về chính sách cũng đã ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện Chương trình.
Lý giải nguyên nhân tỷ lệ giải ngân Chương trình mục tiêu quốc gia còn thấp 
Triển khai Nghị quyết của Quốc hội về cơ chế đặc thù thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia 
