Hầu hết, các đại biểu đều thống nhất cần sửa đổi quy định này để tháo gỡ khó khăn trong thực tiễn, khắc phục tình trạng hiểu khác nhau giữa các địa phương, gây nên nhiều tranh chấp thuế, chậm hoàn thuế, chi phí tài chính tăng, thậm chí tạo kẽ hở cho gian lận. Tuy nhiên, cách sửa đổi phải vừa đảm bảo thuận lợi cho doanh nghiệp, vừa minh bạch, dễ thực hiện, vừa chống thất thu.
Cho ý kiến vào nội dung này, ĐBQH Thạch Phước Bình (Vĩnh Long) đánh giá cao chủ trương của dự thảo, khi mở rộng phạm vi đối tượng không chịu thuế và làm rõ chính sách áp dụng đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt trong khâu bán ra và nhập khẩu.
Theo đại biểu, việc bổ sung trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã bán sản phẩm chưa chế biến cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác là cần thiết, phản ánh đúng thực tế giao dịch trong chuỗi nông sản. Tuy nhiên, theo đại biểu, vướng mắc lớn nhất hiện nay không nằm ở phạm vi điều chỉnh mà ở định nghĩa thế nào là “sơ chế thông thường”.
Đại biểu nhắc lại, các hoạt động như phân loại, bảo quản lạnh, bóc vỏ, sấy khô, hút chân không… vẫn bị hiểu khác nhau giữa các địa phương. Điều này dẫn đến không ít tranh chấp, thậm chí thanh tra, kiểm tra thuế kéo dài, doanh nghiệp rơi vào thế rủi ro.
Vì vậy, đại biểu kiến nghị, bổ sung quy định giao Bộ Tài chính ban hành danh mục và tiêu chí định lượng cụ thể về sơ chế thông thường, dựa trên thông lệ quốc tế và đặc thù nông sản Việt Nam. Bên cạnh đó, cần làm rõ tiêu chí phân biệt giữa “sơ chế” và “chế biến”, có thể căn cứ vào mức độ thay đổi tính chất sản phẩm, giá trị gia tăng hoặc ứng dụng công nghệ. Một điểm quan trọng khác là phải hoàn thiện quy định về chứng từ nguồn gốc và quy trình thu mua, nhằm tránh gian lận thuế nhưng không gây gánh nặng cho doanh nghiệp.
Đồng quan điểm về tính cần thiết của việc làm rõ khái niệm “sơ chế”, ĐBQH Tô Ái Vang (TP Cần Thơ) đưa ra những kiến nghị cụ thể: Đề nghị Chính phủ quy định rõ phạm vi, hướng dẫn chi tiết mức độ sơ chế được xem là thông thường để tránh áp dụng tùy tiện.
Vấn đề cốt lõi đối với doanh nghiệp nông nghiệp là khi hàng hóa thuộc đối tượng không chịu thuế, doanh nghiệp không được khấu trừ thuế đầu vào, dẫn đến chi phí tăng. Vì vậy, đại biểu kiến nghị, Chính phủ xem xét chuyển nhóm hàng nông - thủy sản sang đối tượng chịu thuế suất thấp 0% hoặc 5%, giúp doanh nghiệp được hoàn thuế đầu vào, giảm chi phí và tăng cạnh tranh.
Một vướng mắc khác là thực tế doanh nghiệp mua hàng từ nông dân thường lập bảng kê, nhưng việc kiểm soát hợp lý, hợp lệ của bảng kê này là thách thức, dễ bị lợi dụng để mua bán hóa đơn. Do đó, cần tăng cường minh bạch giao dịch, thúc đẩy hóa đơn điện tử và quản lý giao dịch hiện đại.
Từ góc nhìn của các ngành hàng xuất khẩu, ĐBQH Trần Hữu Hậu (Tây Ninh) cho rằng, việc sửa đổi khoản 1, Điều 5 là “rất kịp thời và cực kỳ quan trọng”. Đại biểu phân tích, hàng năm các doanh nghiệp xuất khẩu phải tạm nộp một lượng vốn rất lớn để nộp thuế giá trị gia tăng, sau đó chờ hoàn thuế, cơ chế này khiến nhiều doanh nghiệp mất cơ hội kinh doanh. Trong bối cảnh mỗi phần trăm lợi nhuận đều có ý nghĩa lơn trên thị trường quốc tế, việc bỏ cơ chế “nộp rồi hoàn” sẽ giúp doanh nghiệp mạnh lên đáng kể.
Thêm vào đó, nếu giữ quy định cũ, hàng nghìn doanh nghiệp và hàng nghìn cán bộ thuế phải thực hiện lượng lớn thủ tục hoàn thuế, tạo áp lực và tiềm ẩn rủi ro tiêu cực từ cơ chế “xin – cho”. Vì vậy, đại biểu đánh giá cao bước đi của Chính phủ và đề nghị Quốc hội sớm thông qua để tạo "cú hích" mạnh cho ngành nông sản.
Nhiều điểm mới về thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt với hàng xuất nhập khẩu 
Quốc hội quyết định tiếp tục giảm 2% thuế suất thuế giá trị gia tăng 
