Theo tìm hiểu của phóng viên, ngày 13/8/2015, Công ty Kim Phát (Địa chỉ tại xã Ái Thượng, huyện Bá Thước, tỉnh Thanh Hoá) được UBND tỉnh Thanh Hóa cấp giấy phép khai thác mỏ quặng sắt số 325/GP-UBND tại làng Đầm, xã Lương Nội, huyện Bá Thước với diện tích khai thác 25,4ha; trữ lượng khai thác là 115.286 tấn quặng sắt, công suất khai thác 7.600 tấn/năm, phương pháp khai thác lộ thiên. Tuy nhiên, từ khi được cấp phép đến năm 2022, Công ty Kim Phát không hoạt động liên tục, chỉ đến cuối năm 2022, đầu năm 2023 công ty này mới tiến hành khai thác và chế biến làm giàu quặng.
Cũng từ thời điểm này, có nhiều thông tin phản ánh đến các cơ quan chức năng tỉnh Thanh Hoá về một số vi phạm của doanh nghiệp trong quá trình khai thác khoáng sản tại đây. Biên bản kiểm tra ngày 1/2/2024 của đoàn liên ngành do Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Thanh Hóa chủ trì cho thấy, tại khu vực chế biến của Công ty Kim Phát có một dây chuyền sản xuất, tuyển quặng và 3 hồ chứa chất bùn thải, diện tích hồ khoảng 6.000m2, nằm trong diện tích đã được chuyển đổi sang đất sản xuất kinh doanh do bà Nguyễn Thị Hồng Hạnh đứng tên, tuy nhiên, công ty chưa được cấp có thẩm quyền cho thuê đất theo quy định.
Đoàn kiểm tra yêu cầu Công ty Kim Phát dừng việc chế biến khoáng sản tại khu vực đất của hộ gia đình bà Nguyễn Thị Hồng Hạnh, khẩn trương phối hợp với các cơ quan chức năng để hoàn thiện hồ sơ thuê đất theo quy định.
Căn cứ theo báo cáo số 25/BC-UBND ngày 3/5/2024 (kèm biên bản vi phạm hành chính) và tờ trình số 118/TTr-UBND ngày 8/4/2024 của UBND huyện Bá Thước, ngày 7/5/2024, UBND tỉnh Thanh Hóa đã ban hành quyết định xử phạt hành chính số 1823/QĐ-UBND đối với Công ty Kim Phát. Cụ thể, Công ty Kim Phát đã bị xử phạt 120 triệu đồng vì đã có hành vi hủy hoại diện tích đất (làm biến dạng địa hình đất) với tổng diện tích là 7,09ha; buộc khôi phục lại tình trạng ban đầu của đất trước khi vi phạm.
Phía Công ty Kim Phát lý giải, trước đây hệ thống sàng tuyển quặng được đơn vị lắp đặt tại xã Điền Lư, huyện Bá Thước. Tuy nhiên, do việc vận chuyển quặng thô từ mỏ về nơi chế biến xa, dẫn đến gia tăng chi phí trong việc sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp. Do đó, Công ty Kim Phát đã chuyển sang khu đất nằm sát bên cạnh (khu đất nhà bà Hạnh nói trên) để lắp đặt toàn bộ hệ thống sàng tuyển và tiến hành hoạt động.
Bên cạnh việc vi lắp đặt hệ thống dây chuyền tuyển quặng, đào 3 hồ chứa chất bùn thải trái phép trên đất bà Hạnh, Công ty Kim Phát còn tập kết một lượng lớn quặng trái phép tại đây. Từ thời điểm tháng 3/2024, Công ty Kim Phát đã có tờ trình gửi UBND tỉnh Thanh Hóa về việc xin dọn dẹp và tận thu số quặng đã tập kết. Tuy nhiên, đến ngày 7/5/2024, UBND tỉnh Thanh Hóa đã có Văn bản số 6269/UBND-CN không chấp thuận cho Công ty Kim Phát tận thu số quặng trên. Sau khi Công ty Kim Phát tiếp tục có văn bản kiến nghị thì ngày 22/5/2024, UBND tỉnh Thanh Hóa đã có văn bản giao các đơn vị liên quan nghiên cứu nội dung đề nghị trên, báo cáo, đề xuất nội dung vượt thẩm quyền với Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa.
Trả lời báo chí, ông Trương Ngọc Hoàng - Chủ tịch UBND xã Lương Nội, huyện Bá Thước, tỉnh Thanh Hóa xác nhận, Công ty Kim Phát đã bị Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa xử phạt 120 triệu đồng vì làm biến dạng hơn 7ha đất trong quá trong quá trình khai thác quặng sắt. Theo ông Hoàng, do Công ty Kim Phát đào bới, thay đổi hiện trạng đất trên núi cao nên khó có thể khôi phục lại hiện trạng ban đầu theo yêu cầu của UBND tỉnh Thanh Hóa.
Tại thời điểm phóng viên có mặt ghi nhận, trên diện tích 7ha đất đứng tên bà Nguyễn Thị Hồng Hạnh do Công ty Kim Phát làm biến dạng vẫn nham nhở vết đào bới. Công ty Kim Phát chưa khắc phục hậu quả, khôi phục lại hiện trạng đất như ban đầu trước khi vi phạm.
Khởi tố vụ án, khởi tố bị can liên quan vụ khai thác quặng xảy ra tại Công ty CP Tập đoàn Thái Dương 
Lâm Đồng đóng cửa mỏ khai thác quặng vàng Tà Năng 
Khởi tố một phó giám đốc khai thác quặng trái phép 
