Hàng ngày luôn có một lượng xe container rất lớn chở rau củ quả, trái cây từ các cửa khẩu ở khu vực phía Bắc đưa vào chợ và khu vực xung quanh chợ để bỏ mối cho các vựa.
Theo đơn vị quản lý chợ, chỉ trong 7 tháng đầu năm nay, các loại rau nhập từ Trung Quốc đưa vào chợ đã lên tới 24.663 tấn; trái cây đạt 42.222 tấn trong tổng số 531.233 tấn nông sản được tiêu thụ tại chợ đầu mối nông sản này. Nhưng trong khi các mặt hàng nông sản tiêu thụ tại chợ đầu mối trên vẫn đang đà giảm mạnh, thì lượng rau nhập từ Trung Quốc đưa về tiêu thụ tại chợ lại tăng đến hơn 12%. Ngoài ra, tại chợ đầu mối này còn có đến 54.154 tấn trái cây nhập ngoại từ các thị trường khác được đưa về đây tiêu thụ.
Trái ngược, lượng nông sản tiêu thụ trong chợ đầu mối đã giảm gần 1/3 chỉ trong vài năm gần đây. Ông Nguyễn Xuân Hoàng, Phó Chủ tịch UBND phường Tam Bình, TP Thủ Đức cho biết, trước đây chợ chỉ hoạt động về đêm, người đến chợ ít do chỉ để mua sỉ với số lượng lớn. Từ khi Chợ nông sản Thủ Đức được phép bán lẻ thêm thời gian ban ngày kéo dài từ 7h sáng đến 2h chiều, lượng người đến chợ ngày càng đông hơn. Trong khi số đầu xe tải, xe container hàng ngày mua vé qua cổng chợ cũng chỉ giảm không đáng kể, thì lượng nông sản được tiêu thụ chính thức trong chợ vẫn giảm đi rất nhiều. Nguyên nhân dẫn đến tình trạng trên là do một loạt các kios, vựa nông sản, kho hàng, bãi tập kết nông sản… đã được ồ ạt mở ra một cách tự phát “bao vây” xung quanh Chợ nông sản Thủ Đức.
Phía cuối Chợ nông sản Thủ Đức, ngay chân cầu Bình Đức thuộc địa bàn phường Tam Bình có một khu đất trống với diện tích vài nghìn m2 hàng ngày có ít nhất từ vài chục đến cả trăm xe container và các loại xe tải lớn, nhỏ đậu tại đây. Các xe container này chở trái cây và nhiều loại nông sản được nhập từ Trung Quốc qua các cửa khẩu ở tỉnh Lạng Sơn hoặc Lào Cai. Sau đó chạy dọc từ Bắc vào Nam, mua vé qua cổng để vào chợ nhưng không xuống hàng trong chợ để kiểm soát mà chạy vào bãi đậu xe tự phát này, xuống hàng ngay tại bãi xe.
Tại khu dân cư sát Chợ nông sản Thủ Đức thuộc địa bàn phường Tam Bình, đoạn giao nhau giữa đường E và đường số 2 cũng có một bãi xe container với tên gọi là “bãi Đô” luôn có hàng dãy thùng container lạnh xếp chồng lên nhau cùng nhiều xe container chở nông sản nhập khẩu và từ một số nguồn khác tập trung về đây. Thời gian qua, bãi xe này tự tổ chức lên xuống hàng hóa và mua bán nông sản ngay tại chỗ. Trên địa bàn phường Bình Chiểu, ven tuyến đường Ngô Chí Quốc và khu dân cư phía sau chợ, một loạt kho bãi, vựa nông sản lớn cũng đã được mở ra. Ngoài việc phân loại hàng hóa, tổ chức mua bán ngay tại chỗ như một cái chợ thu nhỏ, hàng hóa từ các bãi xe, vựa nông sản, kho hàng tự phát trên còn được chia nhỏ, dùng xe ba gác hoặc xe máy để tuồn vào tiêu thụ tại các vựa, sạp trong Chợ nông sản Thủ Đức.
Có hàng trăm kios, vựa nông sản được người dân, doanh nghiệp mở ra tại các khu dân cư xung quanh chợ. Hàng ngày đã có ít nhất vài trăm tấn nông sản không được kiểm soát về nguồn gốc xuất xứ, an toàn thực phẩm, hàng nhập lậu và cả vấn đề thất thu thuế như đối với số nông sản được chính thức đưa vào chợ. Đặc biệt, trong lượng nông sản rất lớn được mua bán tự do “ăn theo” chợ đầu mối này không loại trừ cả những mặt hàng nhập lậu được đội lốt nông sản trong nước đưa về đây tiêu thụ như nhiều vụ việc đã được cơ quan chức năng phát hiện thời gian qua.
Thu giữ số lượng lớn hàng ngoại không rõ nguồn gốc, xuất xứ 
