Thứ nhất là vướng mắc trong công tác thu hồi đất, bồi thường, giải phóng mặt bằng (GPMB) đối với các dự án đầu tư công nhằm tạo quỹ đất sạch để thu hút đầu tư và các dự án đầu tư sản xuất, kinh doanh không thuộc trường hợp Nhà nước thu hồi đất. Thực tế các nhà đầu tư luôn mong muốn có “đất sạch” để sớm triển khai dự án mà không mất thời gian GPMB. Một trong những giải pháp để tạo quỹ “đất sạch” là Nhà nước đảm trách bồi thường GPMB, thu hồi và đấu giá đất, nhưng theo Luật đầu tư công, muốn thu hồi đất thì phải lập dự án và không cho phép tách phần bồi thường GPMB thành một dự án độc lập, trừ dự án mang tầm quan trọng quốc gia hoặc các dự án nhóm A.
Bên cạnh đó dự án đầu tư sản xuất, kinh doanh sử dụng vốn của Nhà đầu tư cũng vấp phải khó khăn trong công tác bồi thường GPMB, bởi các dự án không thuộc trường hợp Nhà nước thu hồi đất theo quy định tại điều 61, 62 của Luật Đất đai năm 2013 thì công tác này được thực hiện thông qua hình thức Nhà đầu tư nhận chuyển nhượng, thuê quyền sử dụng đất, nhận góp vốn bằng quyền sử dụng đất đối với các đối tượng bị ảnh hưởng bởi dự án theo quy định tại điều 73 Luật Đất đai năm 2013. Tuy nhiên trong quá trình thực hiện gặp nhiều khó khăn trong việc nhà đầu tư thỏa thuận với chủ sở hữu đất, vì người dân đòi giá bồi thường quá cao so với thực tế hoặc không hợp tác.
Thứ hai là vướng mắc đối với dự án đầu tư có đề xuất chuyển mục đích sử dụng đất rừng, kể cả rừng phòng hộ ven biển. Theo quy định tại điều 36 Luật Đầu tư 2020 về trình tự, thủ tục chấp thuận chủ trương đầu tư của UBND cấp tỉnh, thì trong thời hạn 35 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan đăng ký đầu tư phải thông qua kết quả cho nhà đầu tư. Trong đó, thời hạn 7 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ và báo cáo thẩm định, UBND cấp tỉnh chấp thuận chủ trương đầu tư, trường hợp từ chối thì phải thông báo bằng văn bản và nêu rõ lý do.
Tuy nhiên, đối với dự án có đề xuất chuyển mục đích sử dụng là đất rừng, theo quy định của Luật Lâm nghiệp 2017 thì phải thực hiện thủ tục quyết định chủ trương chuyển mục đích sử dụng đất rừng sang mục đích khác. Tùy theo diện tích của từng loại rừng mà thẩm quyền quyết định thuộc Quốc hội, Chính phủ, hay HĐND tỉnh. Vì vậy nếu thực hiện thủ tục này sẽ mất rất nhiều thời gian, kể cả những trường hợp thuộc thẩm quyền quyết định của HĐND tỉnh vì thông thường mỗi năm HĐND chỉ tổ chức hai kỳ họp. Nguyên nhân là Luật Đầu tư 2020 và Nghị định số 31/2021/NĐ-CP ngày 26/3/2021 của Chính phủ quy định chi tiết hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư chưa quy định về trình tự, thủ tục chấp thuận chủ trương đầu tư của UBND cấp tỉnh đối với dự án có đề xuất chuyển mục đích đất rừng.
Thứ ba là vướng mắc trong dự án đầu tư vào cụm công nghiệp. Do nguồn ngân sách tỉnh Phú Yên còn hạn chế và chưa thu hút được các doanh nghiệp đầu tư xây dựng kinh doanh kết cấu hạ tầng cụm công nghiệp. Vì thế trên địa bàn tỉnh có một số cụm công nghiệp được quy hoạch chưa có chủ đầu tư hoặc chưa được đầu tư hạ tầng hoàn chỉnh. Trong khi, hiện nay nhiều tổ chức, cá nhân muốn thuê đất đầu tư vào các cụm công nghiệp nêu trên để hoạt động sản xuất kinh doanh do quy hoạch đã có sẵn.
Tuy nhiên khoản 2, điều 149 Luật Đất đai 2013 chỉ quy định nhà nước cho tổ chức kinh tế đầu tư xây dựng, kinh doanh kết cấu hạ tầng cụm công nghiệp thuê đất, sau đó tổ chức, cá nhân thuê lại để đầu tư sản xuất, kinh doanh. Còn theo khoản 3 điều 149 Luật Đất đai 2013 thì tổ chức, cá nhân đầu tư sản xuất, kinh doanh trong cụm công nghiệp được thuê lại đất gắn với kết cấu hạ tầng. Luật Đất đai không quy định trường hợp cho tổ chức, cá nhân được thuê đất trực tiếp trong cụm công nghiệp để sản xuất nên Phú Yên chưa thể chấp thuận chủ trương đầu tư cho các dự án này.
Không thu hút đầu tư nước ngoài bằng mọi giá 
Bí quyết thu hút đầu tư của Quảng Ninh 
