Cơ cấu mới của Thanh tra Chính phủ dự kiến gồm 22 đơn vị
Về cơ cấu của Thanh tra Chính phủ, Tờ trình dự thảo Nghị định nêu rõ căn cứ kết luận, chỉ đạo của Bộ Chính trị, Ban Bí thư về đề án sắp xếp hệ thống cơ quan thanh tra và chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng dự thảo nghị định quy định về cơ cấu tổ chức của Thanh tra Chính phủ.
Theo đó, cơ cấu mới của Thanh tra Chính phủ dự kiến bao gồm 22 đơn vị, trong đó có 5 đơn vị tham mưu tổng hợp, 15 đơn vị thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực theo lĩnh vực, địa bàn và 2 đơn vị sự nghiệp công lập. 5 đơn vị tham mưu, tổng hợp gồm: Vụ Pháp chế, Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Kế hoạch - Tài chính, Văn phòng, Vụ Hợp tác quốc tế.
Trung tâm Thông tin được đề xuất sáp nhập vào Văn phòng để thực hiện tinh gọn bộ máy của Thanh tra Chính phủ theo chỉ đạo của Trung ương. Văn phòng tiếp nhận chức năng chuyển đổi số và quản lý cổng thông tin điện tử của Thanh tra Chính phủ, nhằm gắn chuyển đổi số với cải cách hành chính. Tiếp tục duy trì 3 cục thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo theo địa bàn hiện nay gồm Cục I, Cục II, Cục III.
Dự thảo cũng đề xuất thành lập 8 cục thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo theo lĩnh vực trên cơ sở kết thúc tổ chức, hoạt động của 12 thanh tra bộ và 3 vụ thanh tra theo ngành, lĩnh vực hiện tại của Thanh tra Chính phủ (Vụ I, Vụ II, Vụ III). Sắp xếp, tổ chức lại Cục Giám sát, Thẩm định và Xử lý sau thanh tra thành Cục Giám sát và Thẩm định và Cục Theo dõi, đôn đốc và Xử lý sau thanh tra. Dự thảo đề xuất hợp nhất Trường Cán bộ thanh tra và Viện Chiến lược và Khoa học thanh tra thành Trường Cán bộ thanh tra. Tạp chí Thanh Tra sáp nhập vào báo Thanh Tra.
Tại dự thảo cũng đề xuất không tổ chức Văn phòng Đảng - Đoàn thể. Việc tổ chức đơn vị này thực hiện theo quy định của Trung ương và hướng dẫn của Đảng ủy Chính phủ.
21 nhóm nhiệm vụ, quyền hạn
Tại Tờ trình dự thảo Nghị định, Thanh tra Chính phủ cho biết, căn cứ chỉ đạo của Trung ương, Kết luận của Bộ Chính trị, Ban Bí thư về Đề án, Luật Tổ chức Chính phủ và các cuqy định liên quan, dự thảo Nghị định quy đinh 21 nhóm nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra Chính phủ. Trên cơ sở kế thừa các quy định về nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra Chính phủ tại Nghị định số 81/2023/NĐ-CP, dự thảo Nghị định đã điều chỉnh, bổ sung nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra Chính phủ, làm rõ cơ chế kiểm soát quyền lực và mối quan hệ công tác giữa Thanh tra Chính phủ với các cơ quan thanh tra, với các bộ, ngành, địa phương khi thực hiện sắp xếp, tinh gọn hệ thống các cơ quan thanh tra, bảo đảm hiệu năng, hiệu lực, hiệu quả.
Thực hiện kết luận của Bộ Chính trị, Ban Bí thư về đề án sắp xếp hệ thống cơ quan thanh tra tinh, gọn, mạnh, hiệu năng, hiệu lực, hiệu quả, Thanh tra Chính phủ tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ thanh tra của 12 thanh tra bộ. Do đó dự thảo nghị định bổ sung cho Thanh tra Chính phủ các nhiệm vụ, quyền hạn thuộc quyền quản lý của bộ và thanh tra việc chấp hành pháp luật trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của bộ. Thanh tra việc quản lý, sử dụng vốn và tài sản của nhà nước tại doanh nghiệp do bộ, cơ quan ngang bộ đại diện chủ sở hữu. Bổ sung nhiệm vụ, quyền hạn về phòng, chống lãng phí gắn với phòng, chống tham nhũng, tiêu cực nhằm cụ thể hóa chủ trương của Đảng, Nhà nước về đẩy mạnh phòng, chống lãng phí trong giai đoạn hiện nay. Thanh tra Chính phủ thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn phòng, chống lãng phí thông qua hoạt động thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực theo thẩm quyền.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị xử lý trách nhiệm cá nhân, lãnh đạo Bộ GTVT giai đoạn 2011-2021 
Thanh tra Chính phủ phát hiện nhiều vi phạm trong cấp phép khai thác khoáng sản 
