Theo đó, Bộ GTVT là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về giao thông vận tải đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa, hàng hải, hàng không dân dụng trong phạm vi cả nước; quản lý nhà nước các dịch vụ công theo quy định của pháp luật.
Đáng chú ý, theo Nghị định, Bộ GTVT không còn Tổng cục Đường bộ Việt Nam mà tách thành Cục Đường bộ Việt Nam và Cục Đường cao tốc Việt Nam.
Theo đó, cơ cấu tổ chức của Bộ GTVT gồm: 1. Vụ Kế hoạch - Đầu tư; 2. Vụ Tài chính; 3. Vụ Kết cấu hạ tầng giao thông; 4. Vụ Vận tải; 5. Vụ Pháp chế; 6. Vụ Khoa học - Công nghệ và Môi trường; 7. Vụ Hợp tác quốc tế; 8. Vụ Tổ chức cán bộ; 9. Thanh tra; 10. Văn phòng; 11. Cục Đường bộ Việt Nam; 12. Cục Đường cao tốc Việt Nam; 13. Cục Hàng hải Việt Nam; 14. Cục Hàng không Việt Nam; 15. Cục Đường sắt Việt Nam; 16. Cục Đường thủy nội địa Việt Nam; 17. Cục Đăng kiểm Việt Nam; 18. Cục Quản lý đầu tư xây dựng; 19. Trung tâm Công nghệ thông tin; 20. Viện Chiến lược và Phát triển giao thông vận tải; 21. Trường Cán bộ quản lý giao thông vận tải; 22. Báo Giao thông; 23. Tạp chí Giao thông Vận tải.
Các tổ chức quy định từ (1) đến (18) nêu trên là tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định từ (19) đến (23) là đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của bộ.
Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam, Cục Đường bộ Việt Nam có con dấu hình Quốc huy. Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam có các Cảng vụ trong cơ cấu tổ chức của Cục. Các Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải và Cảng vụ Đường thủy nội địa là tổ chức hành chính tương đương Chi cục thuộc Cục thuộc bộ. Bộ trưởng Bộ GTVT quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các tổ chức trực thuộc bộ; trình Thủ tướng Chính phủ ban hành danh sách các tổ chức sự nghiệp công lập trực thuộc bộ.
Nghị định cũng nêu rõ, Vụ Quản lý doanh nghiệp tiếp tục duy trì hoạt động theo quy định hiện hành cho đến khi Bộ GTVT hoàn thành việc tái cơ cấu Tổng công ty Công nghiệp tàu thủy theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền.
Cục Y tế GTVT tiếp tục duy trì hoạt động theo quy định hiện hành cho đến khi Bộ GTVT hoàn thành việc bàn giao nguyên trạng các cơ sở y tế thuộc Cục Y tế GTVT về địa phương quản lý và Trung tâm Y tế - Môi trường lao động GTVT được thành lập theo quy định tại Quyết định số 1922/QĐ-TTg ngày 25.11.2020 của Thủ tướng Chính phủ.
Bộ trưởng Bộ GTVT quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Đường bộ Việt Nam, Cục Đường cao tốc Việt Nam, bảo đảm kế thừa các nhiệm vụ, quyền hạn của Tổng cục Đường bộ Việt Nam theo quy định của pháp luật và điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên cho đến khi cơ quan có thẩm quyền ban hành hoặc sửa đổi, bổ sung các quy định của pháp luật có liên quan.
Các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục Đường bộ Việt Nam tiếp tục duy trì hoạt động theo quy định hiện hành cho đến khi cơ quan có thẩm quyền hoàn thành việc sắp xếp đối với các đơn vị này.
Tổng cục Đường bộ Việt Nam lại hiến kế "giải cứu" BOT Cai Lậy 
Thông xe vận tải đường bộ Việt Nam – Campuchia 
