Theo tiết lộ của giới quan chức Mỹ, các trạm CIA ở Kabul và Baghdad vẫn tiếp tục là tiền đồn của cơ quan tình báo trong nhiều năm nữa, mặc dù có sự giảm bớt về nhân lực trong giai đoạn mà Mỹ đang cố gắng hết sức để chống lại quân phiến loạn và thiết lập chính quyền ổn định ở Iraq và Afghanistan.
Việc quân đội Mỹ rút khỏi Iraq đã dẫn đến việc CIA quay trở về với sứ mạng truyền thống của nó - giám sát sự phát triển của chính quyền còn non yếu, tìm cách ngăn chặn sự mở rộng của mạng lưới khủng bố Al-Qaeda và chống lại sự ảnh hưởng của Iran đến quốc gia này.
Sau khi quân đội Mỹ rút đi, nhiệm vụ của CIA vẫn tiếp tục để giúp Washington củng cố sức mạnh trong khu vực. Do đó để thực hiện nhiệm vụ của mình, với khoảng 1.000 nhân viên ở Afghanistan, trạm CIA ở Kabul sẽ phối hợp hoạt động với lực lượng đặc biệt của quân đội Mỹ.
Đô đốc Hải quân Mỹ William McRaven, chỉ huy lực lượng đặc biệt săn lùng và tiêu diệt Osama bin Laden hồi tháng 5/2011, nói ông không chắc lực lượng đặc biệt có lưu lại lâu ở Afghanistan hay không. Nhưng theo một cựu sĩ quan CIA vốn có nhiều kinh nghiệm ở Afghanistan và Pakistan nhận định thì tình báo Mỹ vẫn tiếp tục hiện diện ở Afghanistan.
Sau vụ tấn công khủng bố ngày 11/9/2001, nhân viên CIA đã liên kết với binh sĩ của khối NATO đột nhập vào Afghanistan trước khi biệt kích quân đội Mỹ đến nước này. Và hơn một thập niên sau đó, CIA vẫn tiếp tục có những hoạt động bán quân sự tại đây.
Một quan chức Mỹ giấu tên cho biết, cũng giống như lực lượng đặc biệt của quân đội, cộng đồng tình báo Mỹ luôn thực hiện nhiều nhiệm vụ nhằm bảo vệ an ninh quốc gia mà chỉ để lại dấu vết rất nhỏ. CIA kiểm soát hoạt động phản gián của hàng chục người Afghanistan được CIA huấn luyện cũng như tích cực tài trợ và xây dựng Cơ quan Tình báo Afghanistan, đồng thời duy trì sự có mặt của những căn cứ của CIA dọc theo biên giới với Pakistan. Tuy nhiên, theo một số cựu sĩ quan CIA, những cơ sở này hiện đã ngưng hoạt động.
Cái chết của 7 nhân viên CIA vào năm 2010 trong vụ đánh bom liều chết của một điệp viên hai mang tại căn cứ CIA ở tỉnh Khost của Afghanistan đã cho thấy rõ sự thiếu an ninh của những tiền đồn nằm trong khu vực hẻo lánh. Sau khi quân đội Mỹ rút đi, CIA sẽ tập trung sử dụng số nhân viên còn lại tại các căn cứ ở Kabul và tại căn cứ không quân Bgram ở phía bắc thủ đô nước này. Do đó, quân Taliban sẽ chiếm hữu được thêm nhiều vùng lãnh thổ của Afghanistan và đó là mối lo ngại hàng đầu của tình báo Mỹ.
CIA và các cơ quan tình báo khác của Mỹ đang đối mặt với sự cắt giảm ngân sách lần đầu tiên từ sau vụ tấn công khủng bố ngày 11/9, cho nên việc duy trì quân số đông đúc ở Kabul và Baghdad là vấn đề hết sức khó khăn. Ngân sách hàng năm của CIA được cho là vào khoảng 5,5 tỉ USD. Giám đốc Tình báo quốc gia (DNI) James R. Clapper cho rằng sự cắt giảm ngân sách sẽ ảnh hưởng đến hiệu quả của hoạt động tình báo.
Vào lúc cao trào của hoạt động tình báo, các trạm CIA ở Kabul và Baghdad có quân số được coi là đông đảo nhất trong lịch sử cơ quan - vượt qua nhân lực của trạm CIA ở Sài Gòn vào lúc cao điểm của cuộc chiến tranh Việt Nam. Có thời điểm nhân viên CIA lên đến 700 người ở Iraq. Phần đông làm việc trong Vùng Xanh thuộc Baghdad, và ngoài ra hàng trăm nhân viên cũng được bố trí rải rác trong các ngôi nhà an toàn trong các khu dân cư và những tiền đồn quân sự Mỹ trong khu vực. Sự rút đi của quân đội Mỹ cũng có nghĩa là nhiều cơ sở của CIA cũng đóng cửa theo
