Năm 1665 đời vua Lê Huyền Tông, Chúa Trịnh tạc sai Phạm Công Trứ hiệu chỉnh, bổ sung cuốn Đại Việt sử ký toàn thư vốn của Ngô Sỹ Liên. Rồi đến năm 1697, Chúa Trịnh Căn sai Lê Hi và Nguyễn Quý Đức làm nốt giai đoạn từ năm 1663 đến năm 1675. Theo quan điểm nhiều học giả, Chúa Trịnh chỉ đưa thông tin có lợi cho cho Chúa Trịnh như ca ngợi mình, phê phán các thế lực đe dọa đến quyền uy của phủ chúa.
Tuy các đời Chúa Trịnh thay thế vua Lê quán xuyến được triều đình, nhưng cách dùng “dùng thiên tử lệnh chư hầu” không phù hợp với tư tưởng Nho giáo thời bấy giờ, nên không thể chính danh. Vì thế, không chỉ xảy ra nội chiến giữa Đàng Trong và Đàng Ngoài, mà còn xảy ra nhiều vụ việc nội chiến ngay trong phủ chúa. Đây là thời kỳ nội bộ nhà Trịnh tranh giành quyền lực, giết hại lẫn nhau do nghi kỵ chủ yếu xoay quanh mối lo phản chúa. Liên tiếp diễn ra nội loạn, chúa giết vua, huynh đệ chúa tương tàn, anh giết em rể, cha con chúa tàn sát, kiêu binh nổi loạn…
Thần tướng Bắc Hà cứu chúa, giúp dân
Giữa lúc phủ chúa nội bộ vẫn lục đục, thì khí thế Đàng Trong rất mạnh, chiếm cứ 7 huyện của hai tỉnh Nghệ An – Hà Tĩnh, khiến quyền lực của Chúa Trịnh lâm nguy. Chúa Trịnh đã cử Ninh Quốc công Trịnh Toàn ra biên ải để trấn giữ bờ cõi phía Nam. Trịnh Toàn đã cùng với cha con Đương quận công Đào Quang Nhiêu và Tấn quận công Đào Quang Huy với tài năng, thao lược quân sự của mình đã lật ngược tình thế, lập nhiều đại công, giữ yên bờ cõi.
Trịnh Toàn lúc đó mới 27 tuổi, đã trấn giữ cõi Nam nước Đại Việt, nắm đại quân tinh nhuệ chủ lực để chặn quân đàng trong, uy chấn vang danh thiên hạ, lan rộng ra cả ngoài cõi sơn hà. Quân Đàng Trong khiếp phục, tôn gọi ông là “ánh chớp Đàng Ngoài” “Thần tướng Bắc Hà”. Ông làm nhiều việc nghĩa giúp dân như đắp đê ngăn mặn, đắp đập tích nước (nay còn có đê gọi là đê Hựu Ninh). Ông còn xây miếu thờ thành hoàng làng, cầu mưa thuận gió hòa, quốc thái dân an. Vì thế, ông được dân yêu, quân mến như cha đẻ.
Chúa Trịnh Tạc nghe lời dèm pha – Tướng biên ải cũng vong mạng
Theo cuốn "Mô tả Vương quốc Đàng Ngoài" của tác giả độc lập Samuel Baron, thì Chúa Trịnh Tạc là người đa nghi, hay nghe lời dèm pha, xu nịnh. Trước công trạng và uy chấn vang danh thiên hạ của Trịnh Toàn, lại nắm đại quân tinh nhuệ chủ lực, nên Chúa Trịnh Tạc thường trực mối lo sợ bị soán ngôi, dù Trịnh Toàn là em ruột của mình. Vì thế, chúa đã tìm cách hãm hại và kiềm chế phái Trịnh Toàn. Đại Việt Sử ký toàn thư với sự chi phối của phủ chúa đã mô tả: "Tiết chế Trịnh Toàn cậy công tự phụ, ngầm có ý khác, ngày đêm vỗ nuôi tướng sĩ, phân phát bạc vàng, không có hạn độ" hay "Trịnh Toàn ngầm mưu làm loạn" để lấy cớ bắt giam.
Ninh Quốc Công Trịnh Toàn bị triệu hồi về Thăng Long, đoán biết mình sẽ bị bắt giam và có thể bị sát hại. Nhưng để tỏ một lòng với chúa, giải nỗi oan của mình, ông đã để thuộc hạ ở lại và về Thăng Long. Quả nhiên, khi về tới phủ chúa, ngay lập tức ông bị tống giam. Sau khoảng thời gian này, Đương quận công Đào Quang Nhiêu lại góp công thắng lớn ở trận Tuần Lễ - Hương Sơn, nên được bổ làm Trấn thủ Nghệ An kiêm Bố Chính châu, được trao ấn tướng mở Dinh ở An Trường. Cha con Đào Quang Nhiêu, Tấn quận công Đào Quang Huy đã đảm đương vai trò trấn thủ biên ải, nay là vùng Nghệ An kiêm châu Bố Chính với 2 vạn quân thủy bộ, tường thành kiên cố, nhân dân yên ổn làm ăn, giúp đỡ vua Ai Lào sang khi lánh nạn sang Việt nam, giữ tình bang giao tốt với các nước láng giềng.
Đến khoảng năm 1673, Trịnh Toàn bị ép uống thuốc độc tự vẫn. Cũng trong thời gian đó, Trấn thủ Nghệ An Đào Quang Nhiêu đã vừa từ trần tại trấn. Tấn Quận công Đào Quang Huy là con của Đào Quang Nhiêu, vừa là em rể của Trịnh Toàn, lại lập nhiều đại công, nên theo lý sẽ kế thừa của thân phụ, làm tướng biên ải vùng Nghệ An – Hà Tĩnh. Và rồi đến tháng 9 năm 1673, chúa nghe lời dèm pha, trong lòng sợ hãi, liền tìm lý do để khép Tấn quận công Đào Quang Huy vào tội chết để phòng xa, tránh hậu họa về sau. Mặc dù, Tấn quận công cũng là em rể của Chúa Trịnh Tạc, được chúa Trịnh Căn ban quốc tính họ Trịnh, tên là Trịnh Kỳ.
Theo một số tài liệu, Tấn Quận công Đào Quang Huy đã sớm biết, nên đã âm thầm chạy về làng Thịnh Quả, sau đó di cư về vùng thâm sơn cùng cốc Hương Sơn – Hà Tĩnh. Ông tỏ rõ lòng trung nghĩa trước sau như một khi không khởi loạn và mai danh ẩn tích suốt 22 năm. Ông qua đời vào ngày 15 tháng giêng năm Ất Hợi – 1695. Các triều vua sau này đã nhớ ơn và nhiều lần sắc phong “Thượng đẳng tối linh tôn thần”, nhân dân bản địa tôn kính và lập đền thờ Thành hoàng.
Vương thái tử Trịnh Kiều mất, chúa Trịnh Tráng không lập con Trịnh Kiều mà lại lập con thứ của mình là Trịnh Tạc làm Vương thái tử. Kể từ đó cho đến khi Trịnh Tạc ngồi lên ngôi chúa, xảy ra cảnh đen tối nhất trong lịch sử nội bộ nhà Trịnh, huynh đệ, phụ tử tương tàn: Trịnh Lịch và Trịnh Sầm (em ruột) bất phục đứng ra nổi loạn rồi bị giết, kế tiếp các tướng biên ải giỏi giang là Trịnh Toàn (em ruột) và Trịnh Kỳ (em rể) cũng đều lần lượt bị nghi kỵ và xử chết.
Tình báo trong chiến dịch đánh Phú Xuân của Chúa Trịnh Sâm 
Tu bổ Khu di tích đại thi hào Nguyễn Du 
