Theo đó, Cơ quan CSĐT Công an TP Hồ Chí Minh khẳng định đang điều tra, xác minh vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật, chiếm đoạt tài sản xảy ra tại Công ty CP đầu tư Yên Khánh trong việc thực hiện dự án trên
Theo Cơ quan CSĐT, quá trình điều tra, xác minh, thu thập hồ sơ cho thấy Công ty Yên Khánh do ông Đinh Ngọc Hệ thành lập đã lập khống báo cáo tài chính, báo cáo kiểm toán để được chỉ định thầu, ký hợp đồng BOT đầu tư dự án trên, thực hiện các thủ tục để được ngân hàng cho vay giải ngân số tiền 435 tỷ đồng. Sau đó Đinh Ngọc Hệ cho thành lập công ty BOT dự án và chỉ đạo công ty này ký hợp đồng với các nhà thầu thi công, làm thủ tục để được ngân hàng cho vay giải ngân 50% giá trị hợp đồng cho các nhà thầu. Đồng thời yêu cầu các nhà thầu khi nhận được tiền tạm ứng thi công từ ngân hàng thì phải chuyển lại cho Công ty Yên Khánh, Công ty Khánh An và Công ty Thái Sơn bằng cách làm hợp đồng vay vốn hoặc hợp tác đầu tư để chiếm đoạt số tiền 200 tỳ đồng.
Theo Cơ quan CSĐT, dự án đã dừng thi công, doanh nghiệp không còn khả năng tiếp tục thực hiện dự án và việc các đơn vị thi công không đảm bảo tiến độ, không đảm bảo chất lượng có khả năng gây thiệt hại cho việc đầu tư dự án. Đây là vụ việc có dấu hiệu sai phạm gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, dư luận quan tâm, Vụ việc do Cục CSĐT tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu - Bộ Công an chuyển hồ sơ để Công an thành phố điều tra theo thẩm quyền và theo dõi tiến độ, kết quả điều tra, xử lý.
Dự án tuyến nối đại lộ Võ Văn Kiệt với cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương có chiều dài 2,7km với 2 nút giao ở hai đầu tuyến và 2 cầu đường bộ trên tuyến. Tổng mức đầu tư trong giai đoạn 1 là hơn 1.557 tỷ đồng. Thời gian thi công 20 tháng kể từ ngày khởi công công trình. Dự án được UBND TP Hồ Chí Minh giao cho Công ty Yên Khánh thực hiện. Trong đó, thành phố yêu cầu nhà đầu tư tự thu xếp nguồn vốn hợp pháp để xây dựng dự án theo hình thức hợp đồng BOT. Thời gian thu phí để hoàn vốn đầu tư cho dự án này kéo dài khoảng 17 năm 8 tháng. Đầu năm 2016, dự án được khởi công xây dựng, thế nhưng đến tháng 6/2018, Công ty Yên Khánh đã ngừng thi công cho đến nay.
Những năm qua, mặc dù các cơ quan chức năng của TP Hồ Chí Minh đã rất nhiều lần đốc thúc nhà đầu tư thực hiện các cam kết theo hợp đồng BOT của dự án, nhưng các công trình thi công dở dang vẫn không được khởi động trở lại. Kết quả kiểm tra tại hiện trường thi công dự án vào chỉ đạt khoảng 140 tỉ đồng, tương đương với 12% khối lượng của dự án.
Một trong những nguyên nhân chính dẫn đến tình trạng dự án bị “đắp chiếu” nhiều năm là việc giao dự án cho nhà đầu tư không đủ thực lực. Dù phải đến ngày 17/1/2017, nhà đầu tư mới ký được hợp đồng vay vốn của ngân hàng với số tiền 1.438 tỷ đồng để có vốn đầu tư cho dự án. Điều này có nghĩa sau khi dự án đã khởi công được khoảng 7 tháng, Công ty Yên Khánh mới có thể thu xếp vốn đầu tư cho dự án, nhưng không hiểu vì sao với thực lực như vậy, nhà đầu tư này vẫn lọt qua nhiều vòng thẩm định. Đã vậy, phần vốn chủ sở hữu của Công ty Yên Khánh chỉ là 230 tỷ đồng, bằng 14.82% tổng mức đầu tư dự án. Mức vốn chủ sở hữu này đã vi phạm quy định tại Nghị định số 15/2015 của Chính phủ về đầu tư theo hình thức đối tác công - tư, trong đó yêu cầu vốn chủ sở hữu của nhà đầu tư không được thấp hơn 15% tổng số vốn đầu tư.
Trong khi Công ty Yên Khánh yếu vốn, non cả kinh nghiệm trong xây dựng công trình giao thông, thì việc thực hiện các thủ tục pháp lý để giao dự án cho nhà đầu tư này lại diễn ra rất nhanh chóng.
Cụ thể, ngày 27/4/2015, Thủ tướng Chính phủ mới đồng ý về nguyên tắc cho UBND TP Hồ Chí Minh thực hiện dự án BOT trên. Nhưng ngay trong ngày, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hồ Chí Minh đã có văn bản trình UBND thành phố về đầu tư dự án và ngày 4/5/2015, UBND TP Hồ Chí Minh đã có văn bản chấp thuận chỉ định Công ty Yên Khánh làm nhà đầu tư thực hiện dự án theo hình thức BOT để làm cơ sở cho các bước tiếp theo. Trong đó, UBND thành phố giao Sở GTVT tổ chức thẩm định, trình duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi dự án và phối hợp với Sở Kế hoạch và Đầu tư thực hiện các thủ tục chỉ định nhà đầu tư dự án.
Ngày 14/5/2015 Công ty Yên Khánh đã có báo cáo nghiên cứu khả thi dự án và được UBND thành phố giao Sở GTVT tổ chức thẩm định, trình duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi dự án; phối hợp với Sở Kế hoạch và Đầu tư hoàn tất các thủ tục chỉ định nhà đầu tư dự án. Trong đó Giám đốc Sở GTVT được giao làm Tổ trưởng Tổ thẩm định và chịu trách nhiệm phê duyệt các thủ tục trong quá trình chỉ định nhà đầu tư. Thực hiện chỉ đạo của UBND thành phố, Sở GTVT thành lập Hội đồng thẩm định và phê duyệt lựa chọn nhà đầu tư và chỉ định thầu do Giám đốc Sở GTVT làm Tổ trưởng.
Ngày 15/10/2015, Tổ trưởng Tổ thẩm định đã ký quyết định duyệt hồ sơ dự án. Chỉ 8 ngày sau đó, ngày 23/10/2015, UBND TP Hồ Chí Minh đã ký quyết định phê duyệt kết quả chỉ định nhà đầu tư thực hiện dự án. Ngày 25/6/2016, Giám đốc Sở GTVT đại diện UBND thành phố ký hợp đồng BOT với nhà đầu tư dự án.
Dự án tuyến nối trên lẽ ra phải được hoàn thiện vào năm 2018 nhưng để kéo dài đến nay chưa xong đã khiến tình trạng ùn tắc phương tiện giao thông ở nút giao giữa đại lộ Võ Văn Kiệt với quốc lộ 1A ngày càng trầm trọng, căng thẳng giao thông ở khu vực này vẫn diễn ra hàng ngày.
Trước thực trạng trên, ngày 30/6/2022, Chủ tịch UBND TP Hồ Chí Minh Phan Văn Mãi đã có văn bản khẩn, chấp thuận việc ngừng thực hiện dự án để triển khai bằng vốn đầu tư công, nhưng đến nay dự án vẫn chưa thể tiếp tục thi công. Vì vậy, TP Hồ Chí Minh cần khẩn trương vào cuộc để giải quyết dứt điểm đối với nhà đầu tư nhằm sớm tái khởi động lại dự án.
Nhiều dự án BOT vẫn còn bất cập, sụt giảm doanh thu 
Lần thứ ba Bộ GTVT đề xuất bố trí 10.650 tỷ đồng xử lý 8 dự án BOT thua lỗ 
