Tuy vậy, thời gian qua trước khi quyết định bất cứ vấn đề gì, các “siêu” BQLDA này đều phải lần lượt hỏi các sở chuyên ngành. Mặc dù TP Hồ Chí Minh đã đẩy mạnh phân cấp, phân quyền và thực hiện sáp nhập các sở theo mô hình mới, nhưng đến nay vẫn chưa thể thực thi được nguyên tắc một việc chỉ có một cơ quan chịu trách nhiệm. Thực trạng trên cũng là một trong những nguyên nhân khiến dự án trọng điểm chậm tiến độ, đội vốn và không hoàn thành việc giải ngân vốn đầu tư công trong những năm qua.
Dự án Nạo vét, cải tạo môi trường rạch Xuyên Tâm với tồng vốn đầu tư lên đến 17.220 tỷ đồng, theo ông Đậu An Phúc, Giám đốc BQLDA Hạ tầng, để điều chỉnh kế hoạch lựa chọn nhà thầu lần thứ 2, ngày 24/1/2025 UBND thành phố đã chỉ đạo việc này. Ngày 5/2, Sở Kế hoạch và Đầu tư (nay là Sở Tài chính) đã yêu cầu phải lấy ý kiến của Sở Xây dựng, Sở GTCC, Sở Công thương, Sở TNMT, Tổng Công ty điện lực thành phố về điều chỉnh, bổ sung kế hoạch lựa chọn nhà thầu của dự án. Do vậy ngày 11/2 BQLDA hạ tầng đã phải “ôm” hồ sơ đến làm việc, giải trình với sở Công thương. Sau đó tiếp tục liên hệ với các sở, ngành còn lại để lần lượt hẹn giải trình hồ sơ nhằm lấy ý kiến của từng cơ quan. Đồng thời để bảo đảm tiến độ cấp bách của dự án trọng điểm này, BQLDA hạ tầng cũng đã phải kiến nghị Sở Quy hoạch - Kiến trúc (nay được nhập vào Sở Xây dựng) và Sở TNMT sớm có ý kiến về hồ sơ thiết kế xây dựng triển khai sau thiết kế cơ sở để Sở Xây dựng có cơ sở hoàn thành việc thẩm định.
Dự án Nạo vét, xây dựng hạ tầng, cải tạo môi trường bờ Bắc kênh Đôi cũng vậy. Mặc dù ngày 25/9/2024 UBND thành phố đã có quyết định về công tác di dời hạ tầng kỹ thuật, nhưng trong đó không có hướng dẫn cụ thể về phương thức ký hợp đồng, lập phương án, cơ quan chuyên môn chủ trì thẩm định phê duyệt, phương án bồi thường…nên BQLDA Hạ tầng không có cơ sở để thực hiện. Do đó ngày 9/12/2024, UBND thành phố đã phải tiếp tục chỉ đạo Sở Xây dựng, Sở Công thương, Sở Tài chính, Sở GTCC, Sở TNMT… đề nghị hướng dẫn thực hiện công tác bồi thường, di dời hạ tầng kỹ thuật. Hơn 1 tháng sau, BQLDA Hạ tầng nhận được ý kiến hướng dẫn của 2 sở, nhưng mỗi sở hướng dẫn một kiểu.
Nhiệm vụ của các sở nhưng được "đẩy" lên cơ quan Trung ương cũng vẫn diễn ra. Dự án Giải quyết ngập do triều khu vực TP Hồ Chí Minh có xét đến yếu tố biến đổi khí hậu (giai đoạn 1) đã bị Trung ương “điểm mặt” là dự án gây lãng phí lớn từ tháng 10 năm ngoái và đưa vào diện theo dõi, chỉ đạo. Tuy nhiên phải đến hết tháng 3 này, nhiệm vụ gỡ vướng cho dự án đối với những phần việc trong thẩm quyền mà UBND thành phố đã giao cho các sở, ngành mới được hoàn thành.
Trước đó vào ngày 17/12/2024 Văn phòng Chính phủ đã có văn bản gửi Chủ tịch UBND thành phố cùng một số cơ quan liên quan truyền đạt ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, trong đó yêu cầu UBND thành phố phải tập trung giải quyết dứt điểm các vướng mắc của dự án thuộc thẩm quyền. Ngày 24/2 vừa qua, ông Bùi Xuân Cường, Phó Chủ tịch UBND thành phố đã chủ trì cuộc họp với các sở, ngành liên quan và giao Sở Nội vụ, Sở Tài chính, BQL dự án Hạ tầng, Sở GTCC cùng UBND TP Thủ Đức, quận 7 và Bình Thạnh hoàn thành các công việc thuộc thẩm quyền. Trong khi đó, theo UBND TP Hồ Chí Minh, ngay từ đầu năm ngoái thành phố đã nỗ lực báo cáo các bộ, ngành về phương án xử lý để khởi động lại dự án và thúc đẩy giải ngân vốn đầu tư công. Song kế hoạch giải ngân vốn lên đến 6.800 tỷ đồng để trả nhà đầu tư và trả nợ vay trong năm 2024 đã không thể thực hiện. Do không thể giải ngân nên UBND thành phố đã phải báo cáo HĐND thành phố điều chỉnh giảm vốn của dự án chống ngập này để bố trí cho dự án khác, nhưng việc diều chuyển vốn cũng chưa thể thực hiện ngay trong năm 2024.
Thực trạng “đẩy trách nhiệm cho nhiều sở cùng chịu” trên cũng là một trong những nguyên nhân khiến kế hoạch giải ngân vốn đầu tư công trong nhiều năm không đạt. Báo cáo với các cơ quan Trung ương vào tháng 10/2024 của UBND TP Hồ Chí Minh cho thấy, đến hết ngày 11/10/2024 thành phố mới giải ngân được hơn 21% số vốn đầu tư công phải giải ngân trong năm. Để khắc phục, UBND thành phố đã phân cấp, ủy quyền cho các quận huyện và TP Thủ Đức phê duyệt điều chỉnh đồ án quy hoạch phân khu và phê duyệt, điều chỉnh đồ án quy hoạch tổng mặt bằng tỷ lệ 1/500.
Sau các ủy quyền này, UBND thành phố đã chỉ đạo Sở Quy hoạch - Kiến trúc khẩn trương phối hợp chặt chẽ với các quận, huyện và TP Thủ Đức để hướng dẫn cũng như đẩy anh tiến độ thực hiện. Đồng thời, Chỉ đạo Sở Xây dựng, Sở GTCC, Sở TNMT và các địa phương tập trung xử lý các vướng mắc, tồn tại trong phạm vi thẩm quyền để đảm bảo tiến độ dự án, thúc đẩy nhanh việc giải ngân vốn đầu tư công. Nhưng với thực trạng trên, thì đến nay vấn đề “một nhiệm vụ chỉ có một cơ quan làm đầu mối” vẫn chưa được thực thi.
Đưa một số vụ án, vụ việc có dấu hiệu lãng phí vào diện Ban Chỉ đạo theo dõi, chỉ đạo 
Khẩn trương xử lý các dự án tồn đọng, kéo dài, lãng phí 
