Theo một trong vài giả thuyết được đưa ra, đám cháy dường như bắt đầu sau khi một tù nhân đốt tấm nệm của mình, trước khi lửa nhanh chóng lan sang các phòng giam khác. Giả thuyết thứ hai nghiêng về khả năng có chập điện. Còn một giả thuyết nữa là trong nhà tù xảy ra một cuộc nổi loạn, các tù nhân đã tự gây ra nhiều đám cháy tại nhiều điểm khác nhau.
Hiện trên mạng cũng đang phổ biến một đoạn băng hình ghi lại thảm kịch trên, trong đó có thể nghe rõ những tiếng súng nổ. Theo giả thuyết của báo chí, lực lượng bảo vệ nhà tù đã không tìm cách cứu các tù nhân mà ngược lại - xả súng vào họ để ngăn cản một cuộc chạy trốn hàng loạt. Có khả năng một số tù nhân đã kịp chạy trốn trong bối cảnh hỗn loạn của đám cháy. Nhưng điều chắc chắn là một đám đông khá lớn họ hàng các tù nhân đã tìm cách tấn công vào khu nhà tù khiến lực lượng bảo vệ phải tập trung đẩy lui nhóm này. May mắn là đám đông đã không thể vượt qua được hệ thống hàng rào của nhà tù.
Phát ngôn viên Josue Garcia của lực lượng cứu hỏa đã mô tả toàn cảnh đám cháy tại nhà tù trên như "một địa ngục", nơi các tù nhân cuống cuồng trong tuyệt vọng để tìm cách chạy trốn khỏi ngọn lửa. "Chúng tôi không thể đưa họ ra khỏi phòng giam do chúng tôi không có chìa khóa và không thể tìm ra những giám ngục giữ những chìa khóa đó" - ông Garcia giải thích.
Ngay sau thảm kịch, Tổng thống Porfirio Lobo của Honduras đã cam kết sẽ thành lập một ủy ban độc lập điều tra kỹ lưỡng về vụ việc dưới sự giám sát của các quan sát viên quốc tế và trừng phạt tất cả những kẻ có lỗi. Trước mắt, ông Lobo đã cho cách chức Ban giám đốc nhà tù trên, cùng với những quan chức điều hành toàn bộ mạng lưới nhà tù của Honduras.
Chính quyền địa phương bước đầu đã liên hệ với họ hàng các tù nhân, yêu cầu cung cấp thông tin về những dấu hiệu đặc biệt của họ (các vết sẹo hay vết xăm) để phía cơ quan pháp y có thể nhận dạng các tử thi. Một nhóm chuyên gia pháp y của Chile đã được cử đến để giúp đỡ các đồng nghiệp Honduras trong công việc này. Có ít nhất hàng chục tù nhân đã bị lửa thiêu cháy đến mức không thể nhận dạng được.
Theo BBC, Tổ chức Các quốc gia châu Mỹ đã quyết định gửi tới Honduras một ủy ban đặc biệt giúp điều tra về thảm kịch. Trước mắt, phía các tổ chức nhân quyền đã nhận định, số nạn nhân rất có thể sẽ giảm đi rất nhiều, nếu như nhà tù trên không nằm trong tình trạng quá tải. Một chuyên gia từng có dịp tới nhà tù này đã từng ví một số phòng giam tại đây như… chiếc xe bus trong giờ cao điểm!...
Ngoài ra, những điều kiện giam giữ tù nhân tồi tệ tại đây đã tạo ra những căng thẳng nhất định, cũng như thúc đẩy khả năng nảy sinh các xung đột. Cần nói thêm, nhà tù tại thành phố Comayagua đồng thời cũng là một tổ hợp sản xuất nông nghiệp, nơi các tù nhân còn tham gia trồng rau và nuôi lợn. Nhà tù nằm cách thủ đô Tegucigalpa 80km về phía bắc, ngay gần sát căn cứ quân sự Palmerola của Mỹ.
Bộ trưởng An ninh Pompeyo Bonilla khi bình luận về thảm kịch trên đã nhấn mạnh: Tổng thống nước này ngay từ năm 2010 đã nhắc tới tình trạng quá tải của hệ thống nhà tù trên toàn quốc. Các chuyên gia cũng có chung nhận định, số lượng quá lớn các tù nhân tại Comayagua (hơn gấp đôi khả năng giam giữ theo thiết kế ban đầu của nhà tù này) là nguyên nhân dẫn tới cái chết của phần lớn các nạn nhân. Nếu tính chung, toàn bộ hệ thống 24 nhà tù khắp Honduras - hiện cũng là quốc gia có tỉ lệ các vụ án giết người cao nhất thế giới - phải giam giữ hơn 13.000 tù nhân, so với 8.000 theo đúng quy định.
Thảm kịch trên cũng không phải là đám cháy tại nhà tù lần đầu tiên tại Honduras cũng như trên toàn thế giới. Vào năm 2004, một đám cháy tại nhà tù ở thành phố San Pedro Sula đã cướp đi mạng sống của 107 người. Một năm trước đó, 68 tù nhân cũng phải nộp mạng cho hỏa thần tại nhà tù La Ceiba. Vào năm 2010, lửa đã thiêu rụi một khu nhà giam tại quốc gia láng giềng Salvador, làm thiệt mạng 20 tội phạm vị thành niên đang được quản giáo tại đây.
Gần đây nhất là vụ cháy tại nhà tù Maasiyahu, cũng là nơi đang giam giữ cựu Tổng thống Israel Moshe Katsav, khiến 8 tù nhân bị nhiễm độc vì khói ở các mức độ khác nhau. Điều tra cho thấy, nguyên nhân vụ cháy là do tù nhân đã đốt để phản đối các điều kiện giam giữ. Trong lịch sử của hệ thống trại giam thế giới, chắc chắn phải nhắc tới thảm kịch ngày 8/12/2010 tại nhà tù San Miguel (thủ đô Santiago, Chile). Vụ cháy bắt nguồn từ việc các tù nhân đốt nệm làm loạn đã khiến 81 người thiệt mạng, 16 người thương nặng và hơn 200 người phải di tản. Nguyên nhân dẫn tới thiệt hại nặng nề như vậy rất có thể là do lực lượng chữa cháy đã được gọi tới quá trễ (2 giờ sau khi đám cháy bùng phát)
