Trong một cuốn sách mới xuất bản nhan đề "Khía cạnh chính trị trong cuộc chiến chống khủng bố ở Ấn Độ", tác giả Prem Madadevan cho biết từ năm 2001 đã có ít nhất 2 vụ CIA thâm nhập Cơ quan Tình báo đối ngoại RAW của Ấn Độ và có ít nhất 9 điệp viên nước này bay ra nước ngoài mà không bao giờ trở lại kể từ khi cơ quan thành lập vào năm 1968. Phần đông điệp viên RAW bay sang Tây Âu hay vùng Bắc Phi để hưởng cuộc sống sung túc hơn. Và, những cuộc điều tra sau đó cho thấy số điệp viên bỏ ngũ này được các cơ quan tình báo phương Tây tuyển dụng làm việc cho họ trong một thời gian.
Cuốn sách của Mahadevan nêu ra trường hợp đặc biệt gây tổn hại cho Ấn Độ liên quan đến sự phản bội của điệp viên tên là Sikander Lal Malik - phụ tá của Rameshwar Nath Kap, lãnh đạo RAW. Trong thập niên 70 thế kỷ trước, Malik đào ngũ sang Mỹ và được cho là đã mang theo một số thông tin tình báo nhạy cảm của Ấn Độ. Giới truyền thông Ấn Độ cũng nhiều lần đưa tin về việc điệp viên nước ngoài, nhất là CIA, xâm nhập RAW song cũng có nhiều vụ xâm nhập của tình báo nước ngoài mà chính quyền Ấn Độ luôn cố che giấu.
Năm 2004, Thiếu tá Rabinder Singh thuộc RAW bị nghi ngờ làm gián điệp ngầm cho CIA trong nhiều năm - cùng với gia đình bay sang Mỹ qua ngõ thủ đô Katmandu của Nepal với sự giúp đỡ của CIA. Cho đến nay, "Vụ án Rabinder Singh" vẫn còn nằm trong bí ẩn và không ai biết kẻ chạy trốn kia đã gây tổn hại gì cho an ninh cũng như lợi ích quốc gia của Ấn Độ. Trong khi đó, Singh và gia đình của ông ta được cho là hiện giờ vẫn sống yên ổn trong sung túc ở Mỹ. Ngoài RAW, Hội đồng An ninh quốc gia (NSCS) của Văn phòng Thủ tướng Ấn Độ cũng bị điệp viên CIA len lỏi vào sau khi Manmohan Singh trở thành thủ tướng nước này.
Một số nhân viên của NSCS bị nghi ngờ có mối quan hệ kín đáo với một nữ sĩ quan CIA khoác áo nhà ngoại giao trong Đại sứ quán Mỹ ở
Thập niên 80 thế kỷ trước, một sĩ quan lãnh đạo Văn phòng RAW ở Chennai, thủ phủ bang Tamil Nadu, bị phát hiện làm gián điệp cho CIA trong vài năm. Văn phòng Cơ quan Tình báo nội địa (IB) của Ấn Độ ở Chennai biết được mối quan hệ kín đáo giữa người này với một sĩ quan CIA núp bóng nhân viên làm việc trong Lãnh sự quán Mỹ ở Chennai và thông tin cho RAW. Ngay lập tức viên sĩ quan kia bị tống giam. Tuy nhiên, sau đó anh ta vẫn không bị truy tố ra tòa án.
Học giả Mahadevan cho rằng việc tình báo Ấn Độ cài điệp viên len lỏi vào các mạng lưới thánh chiến gần như không thể thành công bởi vì số nhân viên Hồi giáo trong bảng lương của IB quá ít ỏi để đảm đương nhiệm vụ, trong khi RAW không có lấy một người Hồi giáo nào trong số 10.000 nhân viên tại đây.
Giải thích cho sự thiếu sót này, học giả Mahadevan cho biết, IB và RAW thật ra không thích sử dụng người Hồi giáo. Ngoài ra, tình báo Ấn Độ còn phải đối mặt với sự cắt giảm ngân sách gây ảnh hưởng đến hiệu quả hoạt động. Ngân sách của RAW bị cắt giảm 10% khi P.V. Narasimha Rao ngồi vào chiếc ghế thủ tướng Ấn Độ từ năm 1991 đến 1996. Thậm chí, trong nhiệm kỳ của Narasimha Rao, RAW tiếp tục bị cắt giảm ngân sách thêm 20% gây ảnh hưởng nặng nề đến các điệp vụ của cơ quan tình báo. Học giả Mahadevan buộc tội một thủ tướng khác của Ấn Độ là Morarji Desai (nhậm chức năm 1977 và từ chức năm 1979, và sau đó rút lui khỏi chính trường Ấn Độ) đã gây tổn hại nghiêm trọng cho RAW bởi vì ông ta "dị ứng" với người tiền nhiệm Indira Gandhi - người sáng lập RAW.
Cụ thể là, Morarji Desai đã ép buộc các sĩ quan tình báo ưu tú nhất của RAW về hưu đồng thời ngăn cấm tuyển mộ nhân viên mới, cắt giảm 1/3 nhân lực của cơ quan và ra lệnh đóng cửa các cơ sở tình báo ở Jaipur và Chandigarh. Cũng do Desai mà các mạng lưới điệp viên của RAW bên trong
Mặc dù ủng hộ Palestine, song RAW vẫn cố gắng ngăn chặn những cuộc tấn công nhằm vào người Israel trên đất Ấn Độ - vấn đề được coi là phổ biến ở châu Âu vào thập niên 70. Những năm sau cách mạng 1979 của Iran, IB và RAW của Ấn Độ hợp tác tiến hành nhiều cuộc bố ráp và trục xuất nhiều phần tử khủng bố người Iran và Iraq ra khỏi Ấn Độ. Trong cuốn sách, học giả Mahadevan ca ngợi IB và RAW xứng đáng được tuyên dương vì những thành công trong việc vô hiệu hóa mối đe dọa từ các cơ quan tình báo nước ngoài. Ngoài ra, RAW cũng từng nghe lén điện thoại của Thủ tướng Zulfikar Ali Bhutto của
Sự xâm nhập của các lực lượng vũ trang được chính quyền Pakistan hỗ trợ vào vùng núi tranh chấp Jammu và Kashmir giữa Ấn Độ và Pakistan vào năm 1999 đã làm dấy lên mối quan ngại về sự yếu kém của RAW. Một số chuyên gia phân tích cuộc xung đột xảy ra do sự thất bại của RAW. Tuy nhiên, giới chức RAW lập luận họ luôn cung cấp thông tin tình báo đầy đủ nhưng giới chính khách cầm quyền đã không có hành động gì. Chính quyền Ấn Độ sau đó cho thành lập một ủy ban đặc biệt gọi là Kargil vào năm 2000 bao gồm một nhóm các bộ trưởng để điều tra nguyên do dẫn đến sự thất bại đồng thời tìm ra biện pháp khắc phục.
Ủy ban Kargil đã chỉ ra sự thiếu hợp tác và trao đổi thông tin bên trong các cơ quan tình báo Ấn Độ. Và sau đó là sự ra đời của Tổ chức nghiên cứu kỹ thuật quốc gia (NTRO) - một cơ quan tình báo tương tự như Cơ quan An ninh quốc gia Mỹ (NSA). NTRO chịu trách nhiệm nghiên cứu khai thác các đội máy bay do thám, máy bay không người lái và mạng lưới vệ tinh do thám gián điệp kỹ thuật của Ấn Độ.
Ngoài ra, chính quyền Ấn Độ cũng quyết định thành lập Cơ quan Tình báo quốc phòng (DIA) vào tháng 3/2002 nằm dưới sự điều hành của Ủy ban Các tham mưu trưởng và Bộ Quốc phòng. Trung tướng Kamal Davar là Tổng giám đốc đầu tiên của DIA được trao quyền tiến hành những chiến dịch tình báo xuyên biên giới. Thế nhưng, theo các chuyên gia phân tích, sự cải tổ bộ máy tình báo vẫn chưa thể giải quyết các vấn đề dẫn đến sự yếu kém của tình báo nước này, đặc biệt là sự chồng chéo của các cơ quan tình báo. Trước kia RAW là cơ quan duy nhất được phép tiến hành những chiến dịch ở hải ngoại, nhưng hiện giờ cả IB lẫn DIA đều có quyền thực hiện những điệp vụ như thế
