Theo cáo trạng, khoảng 6h ngày 15/1/2011, Công an xã Nam Anh, huyện Nam Đàn và lực lượng chức năng Công an huyện Nam Đàn, tỉnh Nghệ An tiến hành kiểm tra hành chính nơi ở của Hồ Thị Bích Khương ở xóm 2, xã Nam Anh (Nam Đàn, Nghệ An) phát hiện Nguyễn Trung Tôn, thường trú tại xã Quảng Yên (Quảng Xương, Thanh Hoá) đến cư trú qua đêm tại nhà Khương nhưng không đăng ký tạm trú.
Tiến hành khám xét nơi ở của Hồ Thị Bích Khương, cơ quan chức năng thu giữ được 68 loại tài liệu, 3 bộ máy tính, 1 USB và một số đồ vật khác. Qua kiểm tra máy tính và các tài liệu thu giữ thấy có nhiều tài liệu có nội dung chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt
Ngày 17/1/2011, Cơ quan CSĐT Công an huyện Nam Đàn tiến hành khám xét khẩn cấp nơi ở của Nguyễn Trung Tôn, ở xã Quảng Yên (Quảng Xương, Thanh Hóa) tiếp tục thu được 10 tài liệu, một bộ máy tính, trong đó có một số tài liệu có nội dung chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam.
Ngày 22/1/2011, Cơ quan An ninh Công an tỉnh Nghệ An đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với Hồ Thị Bích Khương và Nguyễn Trung Tôn vì có hành vi tuyên truyền chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam