Trước bục khai báo, lời đầu tiên bị cáo Nguyễn Thị Kim Tiến thừa nhận hành vi sai phạm của mình như cáo trạng nêu là đúng. Bị cáo Tiến cũng nhận trách nhiệm của người đứng đầu trong quản lý và điều hành Bộ Y tế thời kỳ bị cáo là Bộ trưởng.
Bị cáo Nguyễn Thị Kim Tiến cũng thừa nhận đã nhận tiền và quà của hai bị cáo là cấp dưới là bị cáo Nguyễn Chiến Thắng (cựu Giám đốc Ban Y tế trọng điểm) và bị cáo Nguyễn Hữu Tuấn (cựu Giám đốc Ban Y tế trọng điểm).
Kết quả điều tra xác định, bị cáo Nguyễn Chiến Thắng đã nhận hối lộ tổng số tiền 88,5 tỷ đồng từ các nhà thầu thực hiện 10 gói thầu xây lắp của hai dự án. Số tiền này, bị cáo Nguyễn Chiến Thắng đưa cho bị cáo Nguyễn Thị Kim Tiến 12,9 tỷ đồng và 100.000 USD. Bị cáo Nguyễn Hữu Tuấn sau tiếp quản vị trí Giám đốc Ban Y tế trọng điểm từ bị cáo Nguyễn Chiến Thắng cũng nhiều lần nhận hối lộ. Và sau khi nhận hối lộ, bị cáo Nguyễn Hữu Tuấn cũng đưa cho bị cáo Nguyễn Thị Kim Tiến 5 tỷ đồng.
Tuy nhiên quá trình điều tra và tại phiên tòa, bị cáo Nguyễn Thị Kim Tiến chỉ thừa nhận nhiều lần cầm tiền từ bị cáo Nguyễn Chiến Thắng tổng cộng 2,5 tỷ đồng và một lần nhận tiền từ bị cáo Nguyễn Hữu Tuấn 5 tỷ đồng. Bị cáo Nguyễn Thị Kim Tiến cho rằng, mình không biết nguồn gốc tiền và không thỏa thuận với Thắng và Tuấn về việc đưa và nhận tiền.
Đối với hành vi vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí, bị cáo Tiến khai, việc thuê tư vấn nước ngoài lập dự án và thiết kế kỹ thuật, thiết kế bản vẽ thi công hai dự án đầu tư xây dựng mới hai cơ sở của Bệnh viện Bạch Mai và Bệnh viện Việt Đức không được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt “cho phép thuê tư vấn nước ngoài”, nhưng cấp dưới của bị cáo là bị cáo Nguyễn Chiến Thắng vẫn ký các tờ trình đề nghị bị cáo ký các quyết định cho phép thuê tư vấn nước ngoài để thực hiện lập hai dự án và phê duyệt kế hoạch tuyển chọn phương án thiết kế kiến trúc hai dự án, cho phép Công ty VK Architects and Engineers được lập, báo cáo các phương án thiết kế kiến trúc hai dự án và phê duyệt kết quả tuyển chọn phương án thiết kế kiến trúc hai dự án.
Cũng theo lời khai của bị cáo Tiến, trên cơ sở phương án thiết kế kiến trúc hai dự án được duyệt, bị cáo Nguyễn Chiến Thắng và cấp dưới đã hoàn thiện, hợp thức hồ sơ chỉ định thầu không đúng quy định của pháp luật để Liên danh VK Studio - Viện Kinh tế xây dựng thực hiện các gói thầu TV4/2014, TV5/2014 hoàn thiện, hợp thức hồ sơ chỉ định thầu không đúng quy định của pháp luật để VK Studio thực hiện các gói thầu TVBM-04 và TVVĐ-04, gây thất thoát tài sản Nhà nước hơn 70 tỷ đồng.
Theo lời khai của bị cáo Nguyễn Thị Kim Tiến, để đảm bảo tiến độ thực hiện hai dự án theo yêu cầu của Chính phủ, bị cáo Nguyễn Chiến Thắng đã chỉ đạo cấp dưới làm Tờ trình đề nghị Bộ Y tế phê duyệt thực hiện hai dự án, không phân chia các gói thầu theo tính chất kỹ thuật, trình tự thực hiện, bảo đảm tính đồng bộ của dự án.
Tuy tờ trình đề nghị phê duyệt hai dự án thiếu căn cứ phân chia các gói thầu, nhưng bị cáo Nguyễn Doãn Tú (cựu Phó Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và công trình y tế) vẫn chủ trì tổ chức họp, thẩm định hai dự án, nhưng không lập báo cáo thẩm định, sau đó có phiếu trình để bị cáo Nguyễn Thị Kim Tiến ký các quyết định phê duyệt hai dự án, không phân chia các gói thầu theo tính chất kỹ thuật, trình tự thực hiện, bảo đảm tính đồng bộ của dự án.
Trên cơ sở hai dự án được phê duyệt, bị cáo Nguyễn Chiến Thắng đã chỉ đạo các bị cáo khác lập, phê duyệt hồ sơ mời thầu, tổ chức lựa chọn nhà thầu và thực hiện gói thầu xây dựng Bệnh viện Bạch Mai cơ sở 2 và Bệnh viện Việt Đức cơ sở 2 không đúng quy định, có nhiều sai phạm, gây khó khăn, vướng mắc trong việc triển khai thực hiện dẫn đến dự án không thực hiện đúng tiến độ, phải dừng thực hiện, không bảo đảm mục tiêu đề ra, gây lãng phí tài sản Nhà nước hơn 733 tỷ đồng.
Bị cáo Nguyễn Thị Kim Tiến thừa nhận, đối với việc xây dựng Bệnh viện Việt Đức cơ sở 2 và Bệnh viện Bạch Mai cơ sở 2 đã không làm tốt vai trò chỉ đạo, kiểm tra, giám sát sát sao để có thể phát hiện sớm những sai phạm.
Ngoài ra, bị cáo Nguyễn Thị Kim Tiến cũng thừa nhận mình đã ký tất cả các tờ trình, quyết định, phê duyệt chủ trương, tư vấn nước ngoài, phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu, thiết kế kiến trúc, lựa chọn nhà thầu tư vấn,... dựa trên tờ trình, thẩm định của các cơ quan hữu quan mà không kiểm chứng.
"Sau này, bị cáo đã thấy rằng các kế hoạch lựa chọn nhà thầu chưa đủ điều kiện và từ những phê duyệt chủ trương như thế cũng là tiền đề bước đầu làm cho dự án chậm, kéo dài và dẫn đến những sai phạm, lãng phí. Bị cáo thấy trách nhiệm rất lớn, day dứt kể cả khi đã nghỉ hưu về việc để công trình kéo dài, công trình không được sử dụng", bị cáo Nguyễn Thị Kim Tiến trình bày.