Ngày xét xử thứ ba, HĐXX dành thời gian cho các luật sư hỏi nguyên đơn dân sự, bị cáo, những người có quyền và nghĩa vụ liên quan về các vấn đề liên quan đến việc giải quyết công nợ, những khoản tiền chiết khấu, hoặc gửi giá trước từ các hợp đồng mà Ban Điều hành Đề án 112 đã ký với các công ty, nhà xuất bản.
Trước lời khai của các bị cáo ở Nhà xuất bản Tư pháp liên quan đến việc đã chi số tiền 667.500.000đ cho Ban Điều hành Đề án 112, bị cáo Vũ Đình Thuần, nguyên Trưởng ban Điều hành Đề án 112 đã bác bỏ điều này. Bị cáo Vũ Đình Thuần khẳng định: "Nhà xuất bản Tư pháp chuyển cho Ban Điều hành Đề án 112 bao nhiêu tiền, cá nhân tôi không biết. Tôi cũng không chỉ đạo cấp dưới làm việc này. Đến tháng 6/2007, trong một buổi kiểm tra công việc, tôi nghe nói có khoản tiền 667.500.000đ của NXB Tư pháp chia cho Ban Điều hành, tôi không đồng ý và đến gặp Bộ trưởng Bộ Tư pháp nhờ kiểm tra danh sách người nhận tiền. Lúc đó tôi mới biết, số tiền ấy là tiền phát hành và nhuận bút. Nhuận bút thì Ban Điều hành đã thuê chuyên gia bậc cao viết bài. Phát hành cũng không cần vì Ban Điều hành đã có kinh phí chuyển phát nhanh…".
Trả lời câu hỏi của các luật sư về việc "Tại sao không tổ chức đấu thầu mà lại chỉ định thầu cho Công ty Nhất Vinh và Công ty Toàn Cầu? Bị cáo Vũ Đình Thuần cho biết: "Việc chỉ định thầu là hoàn toàn phù hợp theo Nghị định 88/CP của Chính phủ, bởi hai công ty này có tính chất đặc biệt. Đặc biệt ở chỗ, về "công nghệ mã nguồn mở" mà các công ty trước đó tham gia quá trình mua máy không làm được. Hơn nữa, đây là những hợp đồng có đặc thù công nghệ cao mang tính chất an toàn thông tin, bí mật quốc gia".
Luật sư Đào Hữu Đăng hỏi: "Kết luận của VKSND Tối cao cho rằng, ông cố tình chia nhỏ các gói thầu để tránh đấu thầu?".
Bị cáo Vũ Đình Thuần trả lời: "Chúng tôi không làm việc đó. 23 hợp đồng ký với Công ty cổ phần Công nghệ tin học ISA bao gồm các việc thực hiện liên kết đào tạo, xây dựng hệ thống phần mềm dùng chung… được triển khai trong suốt thời gian 3 năm".
Cũng theo lời của bị cáo Vũ Đình Thuần thì không có căn cứ nào để xác định thiệt hại số tiền 1,3 tỷ đồng đã ký hợp đồng với Công ty ISA. Đó không phải là giá đấu thầu. Và cũng không thể lấy giá trúng thầu trừ đi giá xin giảm để ra con số đó.
Bị cáo Lương Cao Sơn, nguyên Ủy viên Thư ký Ban Điều hành Đề án 112 cũng khẳng định: "Việc chỉ định thầu cho Công ty Nhất Vinh và Công ty Toàn Cầu là đúng pháp luật".
Bị cáo Lương Cao Sơn cho rằng, khó khăn khi thực hiện Đề án 112 không phải là nhỏ. Bởi đây là một dự án lớn, có công nghệ cao nhưng lại chưa có quy chế riêng nên rất khó để có thể xây dựng được kế hoạch ngay từ đầu. Vậy nên Chính phủ giao cho các Bộ trưởng, Chủ tịch UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc TW xây dựng đề án cho đơn vị mình và gửi về cho Ban Điều hành Đề án 112 thẩm duyệt. Và trong quá trình thực hiện, có dự án vừa làm nhưng vừa tiến hành thử nghiệm để có thể phát huy hiệu quả…
Đây cũng là lý do mà trong thời gian triển khai thực hiện Đề án 112, nguyên Trưởng ban Điều hành Vũ Đình Thuần đã có công văn đề nghị Bộ Tài chính cho áp dụng một cơ chế tài chính đặc thù.
Ông Vũ Đình Thuần còn đề nghị khoán gọn cho các Bộ, các địa phương từng phần việc riêng cho phù hợp nhưng không được chấp nhận.
Thời gian còn lại, các luật sư hỏi các bị cáo nguyên là lãnh đạo, kế toán trưởng các nhà xuất bản, các công ty xoay quanh việc trước khi thực hiện ký kết hợp đồng in ấn tài liệu với Ban Điều hành Đề án 112, họ đã phải tuân thủ theo "thỏa thuận" nào? Ghi nhận của phóng viên cho thấy, lời khai của các bị cáo trong cùng một công ty, một nhà xuất bản không đồng nhất. Sau hai ngày nghỉ cuối tuần, ngày 18/1, HĐXX tiếp tục làm việc
