Câu hỏi của các luật sư tập trung vào một số vấn đề như: Những chiếc xe ôtô mang tên chủ sở hữu là PMU 18 trong thời gian Bùi Tiến Dũng làm Tổng Giám đốc được mua từ nguồn nào? Chi phí khấu hao cho việc sử dụng các xe ôtô trong thời gian PMU 18 làm chủ đầu tư các gói thầu lấy từ đâu? Bộ Giao thông Vận tải có vai trò gì trong công tác quản lý đối với toàn bộ số xe ôtô mà PMU 18 đã mua để sử dụng và cho mượn? Hợp đồng trọn gói của các gói thầu, trong đó có tiền thuê nhà, thuê xe ôtô cho tư vấn nước ngoài dựa theo quy định nào? Nếu PMU 18 thuê nhà, thuê xe ôtô cho tư vấn mà họ không sử dụng thì PMU 18 có được phép thanh toán không? Mô hình hoạt động của PMU 18 có theo nguyên tắc của cơ quan hành chính Nhà nước, hay của doanh nghiệp kinh tế?...
Chúng tôi nhận thấy câu hỏi của các luật sư thì rất rõ, nhưng câu trả lời của các bị cáo, đơn vị có trách nhiệm và những người liên quan thì lại không rõ ràng. Nhiều câu trả lời mang tính né tránh trách nhiệm làm cho Hội đồng xét xử vài lần phải ngắt lời, giải thích để tránh mất thời gian của phiên tòa.
Các bị cáo nghe Viện Kiểm sát đề nghị mức án.
Một điều khiến những người tham dự phiên tòa cũng rất ngạc nhiên, đó là khi Hội đồng xét xử hỏi người đại diện của PMU 18 (nay đổi tên là PMU 2): "Ông yêu cầu bồi thường như thế nào đối với số xe ôtô của PMU 18 mà Bùi Tiến Dũng đã lợi dụng chức vụ và quyền hạn để sử dụng và cho mượn?", người đại diện này lại trả lời: "Không có ý kiến gì về việc bồi thường". Như vậy có thể hiểu rằng, một khoản tiền rất lớn của Nhà nước mà PMU 18 sử dụng để mua xe ôtô nhằm phục vụ cho các công trình bị bỏ phí (?!).
Kết thúc phần thẩm vấn, vị đại diện Viện Kiểm sát giữ quyền công tố đã đề nghị mức án cho các bị cáo: Nguyên Tổng Giám đốc Bùi Tiến Dũng bị đề nghị từ 4-6 năm tù về tội cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng; cộng với bản án 13 năm tù mà Tòa phúc thẩm đã tuyên phạt trong vụ án trước đó về tội đánh bạc và đưa hối lộ, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị xử phạt Bùi Tiến Dũng từ 17-19 năm tù.
Nguyên Phó Chánh văn phòng PMU 18 Vũ Mạnh Tiên bị đề nghị từ 4-5 năm tù về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ; cộng với bản án 7 năm tù mà Tòa phúc thẩm đã tuyên phạt trước đó về tội đánh bạc và đưa hối lộ, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị xử phạt Vũ Mạnh Tiên từ 11-13 năm tù. Nguyên Phó trưởng phòng PID6, PMU 18 Lê Thị Thanh Hòa bị đề nghị từ 3 - 4 năm tù về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Nguyên Phó trưởng phòng PID6, PMU 18 Nguyễn Thanh Sơn bị đề nghị từ 3 - 4 năm tù về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Nguyên cán bộ Phòng tài chính kế toán, PMU 18 Bùi Thu Hạnh bị đề nghị từ 2-3 năm tù về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Sau khi đại diện Viện Kiểm sát đề nghị mức án, phiên tòa chuyển sang phần tranh luận giữa các luật sư với đại diện Viện kiểm sát. Thứ hai, ngày 2/8, phiên tòa tiếp tục
