Đặc biệt là trong việc ứng dụng khoa học kỹ thuật vào việc điều trị, chăm sóc cho bệnh nhi của TP HCM và các tỉnh phía Nam trong nhiều năm qua. Trước hết là việc ứng dụng kỹ thuật ghép tạng ở trẻ em.
Năm qua, BV Nhi đồng 2 đã thực hiện được 7 ca ghép gan và 7 ca ghép thận từ người cho sống (trong đó có một trường hợp được ghép gan nhỏ tuổi nhất); chuẩn bị những bước cơ bản tiến tới thành lập Trung tâm Ghép tạng ở trẻ em; mổ tim hở và thông tim can thiệp ở trẻ cũng là một trong những "dấu ấn" đáng ghi nhận tại BV này với hơn 500 ca mổ tim kín trong 4 năm, gần 90 ca mổ tim hở và 350 ca thông tim tiến hành trong hơn 1 năm qua với sự hỗ trợ của Viện Tim thành phố; kỹ thuật lọc thận thẩm phân phúc mạc lọc máu liên tục đã thực hiện được với lịch mỗi ngày từ 2 tới 3 suất chạy thận cho bệnh nhi và duy trì được liên tục hơn 10 năm qua. Góp phần duy trì sự sống cho nhiều trẻ suy thận mạn tính.
BV Nhi đồng 2 cũng là đơn vị duy nhất của TP thực hiện những ca phẫu thuật chấn thương sọ não và các bệnh lý thần kinh ngoại khoa. Trong đó quy trình hồi sức cấp cứu nhi áp dụng kỹ thuật hiện đại như thở máy tầng số cao, hệ thống monitor theo dõi trung tâm, áp dụng khí NO trong điều trị cao áp phổi, đã cứu sống nhiều bệnh nhi nặng mà trước đấy khó có khả năng hồi phục.
Nhờ việc ứng dụng nhiều kỹ thuật tiên tiến mà tỉ lệ tử vong về hồi sức cấp cứu (HSCC) ở trẻ tại BV đã giảm xuống dưới 12%, thấp hơn so với các đơn vị HSCC nhi khác. Tỉ lệ tử vong của BV luôn ở mức thấp nhất (0,24) và tỉ lệ tử vong của bệnh nặng dưới 10%
