Trước đó, báo cáo Bộ GTVT, Công ty TNHH BOT Thái Nguyên - Chợ Mới đã đề xuất 2 phương án đầu tư các hạng mục bổ sung để cứu dự án khỏi nguy cơ phá sản khi không thu phí tại BOT trên quốc lộ 3.
Bộ GTVT cho rằng việc đầu tư bổ sung các hạng mục trên tuyến Thái Nguyên - Chợ Mới, đầu tư bổ sung đoạn nối Chợ Mới - Bắc Kạn để khai thác theo tiêu chuẩn đường cao tốc như đề xuất trên là rất cần thiết. Tuy nhiên, phương án kết hợp giữa đầu tư bổ sung (đầu tư bổ sung một số hạng mục và kéo dài phạm vi dự án) với giải pháp xử lý vướng mắc bất cập trạm thu phí của dự án BOT Thái Nguyên - Chợ Mới là không phù hợp với hợp đồng đã ký kết, khả năng thuyết phục các cấp có thẩm quyền không cao; việc hoàn thiện thủ tục đầu tư rất phức tạp, chưa có quy định cụ thể...
Ngoài ra, việc đầu tư nâng cấp bổ sung 9,4km trên quốc lộ 3 là đường hiện hữu theo hình thức BOT không phù hợp với nghị quyết số 437/NQ-UBTVQH14 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội. Theo Bộ GTVT, Thủ tướng đã chỉ đạo không làm đường cao tốc 2 làn xe, Bộ này đã giao Ban QLDA 2 nghiên cứu chủ trương đầu tư đối với tuyến cao tốc Chợ Mới - Bắc Kạn quy mô 4 làn xe; sẽ nghiên cứu đầu tư nâng cấp đồng bộ tuyến Thái Nguyên - Chợ Mới theo tiêu chuẩn đường cao tốc 4 làn xe như chỉ đạo của Thủ tướng.
Nhà đầu tư dự án BOT Thái Nguyên - Chợ Mới lại được thu phí trên quốc lộ 3 
