Hội nghị có sự tham dự của hơn 900 đại biểu là lãnh đạo các bộ, ban, ngành trung ương; đại diện các hiệp hội, các tổ chức quốc tế và lãnh đạo các cơ sở giáo dục trong cả nước.
Tại Hội nghị, Bộ trưởng Bộ GD&ĐT Nguyễn Kim Sơn nhấn mạnh: tự chủ đại học là một cơ chế mới, phức tạp, cần đồng bộ của nhiều yếu tố, nhiều khâu, nhiều hoạt động. Vì vậy, trong quá trình triển khai, thời gian qua vẫn có những vướng mắc, còn bộc lộ những hạn chế, khó khăn và đó cũng là điều khó tránh khỏi. Trong 5 năm tới, giai đoạn 2022-2026, định hướng trọng tâm là đẩy mạnh nhận thức, quan điểm về tự chủ đại học theo đường lối, chủ trương, chính sách đúng đắn, đã được kiểm nghiệm trong thực tiễn của Đảng và Nhà nước.
Phát biểu tại Hội nghị, Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam đã điểm lại một số kết quả đạt được sau thời gian thực hiện tự chủ như số liệu từ các bảng xếp hạng quốc tế khác nhau cho thấy, thứ hạng của giáo dục đại học Việt Nam từ vị trí 80-90 trên thế giới đã nâng lên vị trí 60-70. Từ chỗ không có trường đại học nào của Việt Nam được xếp hạng quốc tế, đến nay, tùy từng bảng xếp hạng, đã xuất hiện nhiều hơn các trường đại học của Việt Nam.
Tỉ lệ giảng viên có trình độ cao nâng lên từ 25% lên 32%. Ngoài ra, học sinh đã có cơ hội lựa chọn học theo sở thích, năng lực tốt hơn rõ rệt so với trước khi thực hiện tự chủ đại học kết hợp với những đổi mới về thi, tuyển sinh. Tỉ lệ hài lòng của doanh nghiệp khi tuyển dụng sinh viên tại các trường có truyền thống tăng lên rõ rệt về kỹ năng làm việc nhóm, tự tin bày tỏ ý kiến. Việc thực hiện dân chủ trong trường học tốt hơn, thu nhập của giáo viên cũng tăng lên.
Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam cho rằng, tự chủ đại học không phải là “tự do, tự lo", không có quản lý nhà nước. Trong quá trình thực hiện tự chủ đại học, chúng ta phải thực hiện theo xu thế của thế giới nhưng tính đến đặc thù của Việt Nam cho phù hợp. Mục đích cuối cùng của tự chủ đại học không phải là mang đến thuận lợi cho thầy cô mà là tạo nguồn nhân lực chất lượng cao. Đổi mới để tạo điều kiện thuận lợi và công bằng hơn trong tiếp cận giáo dục đại học chất lượng cao; nâng cao chất lượng nguồn lực con người và nguồn lực tài chính; làm sao để tự chủ đại học thay đổi mô hình quản trị đại học, trở thành hình mẫu về không gian phát triển cả về học thuật lẫn văn hoá, từ đó lan toả các giá trị tốt đẹp ra toàn xã hội.
Phó Thủ tướng đề nghị Bộ GD&ĐT phải làm việc với các bộ cấp trên trực tiếp của một số trường đại học, để làm rõ nguyên nhân, có giải pháp tháo gỡ cho những trường: Chưa thành lập hội đồng trường và các cơ cấu theo quy định của pháp luật; Chủ tịch hội đồng trường chưa là bí thư Đảng ủy; chưa có quỹ để cấp học bổng cho sinh viên nghèo, đối tượng chính sách; tập trung giải quyết dứt điểm một số trường chuyển từ dân lập sang tư thục…
Đồng thời, Bộ GD&ĐT cũng tiếp tục nghiên cứu, kiến nghị đổi mới về nhân sự trong bộ máy tổ chức trường đại học để phát huy tối đa kinh nghiệm của những cán bộ lãnh đạo đã quá tuổi tham gia vào các cơ chế hội đồng. Nhấn mạnh sứ mệnh sáng tạo tri thức của các trường đại học, Phó Thủ tướng yêu cầu cần phải có đổi mới đột phá trong nghiên cứu khoa học ở các trường đại học, thúc đẩy đổi mới sáng tạo, trước hết tập trung vào những trường có năng lực, đồng thời tạo điều kiện cho giảng viên các trường khác cùng tham gia.
Về những khó khăn trong cơ chế tài chính, Phó Thủ tướng đề nghị Bộ GD&ĐT, Hiệp hội các trường đại học-cao đẳng Việt Nam, các trường đại học phải chủ động nghiên cứu từ đó kiến nghị cụ thể giải pháp tháo gỡ từng “nút thắt” để thúc đẩy tự chủ đại học.
Tự chủ đại học, khoảng cách giữa quy định và thực tiễn 
Tự chủ đại học để đổi mới và phát triển 
