Theo đó, cơ quan ANĐT đã triệu tập tất cả những người có liên quan đến vụ việc gồm các cán bộ của TTGDTX và cả 40 người nộp tiền “chống trượt” để lấy lời khai, làm rõ, đồng thời thu thập tài liệu liên quan đến vụ việc trên. Vụ việc trên bắt nguồn từ việc liên kết đào tạo Thạc sĩ Quản lí kinh tế của Đại học Kinh tế (Đại học Quốc gia Hà Nội) với TTGDTX tỉnh Thanh Hóa.
Lợi dụng việc trên, 3 cán bộ Phòng Quản lý đào tạo (QLĐT) của TTGDTX gồm các ông Bùi Sỹ Hồng, Trưởng phòng QLĐT; Lê Trọng Sơn, Phó trưởng phòng QLĐT và bà Lê Thị Liên đã tổ chức đấu mối, nhận và giữ số tiền 1,08 tỷ đồng của 40 học viên, nhằm giúp học viên đậu vào kỳ thi cao học. Ông Bùi Sỹ Hồng và ông Lê Trọng Sơn cùng với các học viên tổ chức ôn thi, không báo cáo lãnh đạo Trung tâm về chương trình, kế hoạch thực hiện, mời giảng viên, lệ phí ôn thi.
Bà Lê Thị Liên tham gia quản lý lớp từ ngày 28/8/2013. Tuy nhiên, trong quá trình ôn thi, lãnh đạo TTGDTX có biết lớp ôn thi tại trung tâm. Để đạt kết quả cao trong kỳ thi tuyển, các học viên đã nhờ ông Hồng và ông Sơn tìm người giúp đỡ. Sau đó, ông Sơn trao đổi với bà Liên tìm người làm đấu mối và bà Liên đã nhờ một người bạn ở Hà Nội. Việc triển khai thu mỗi học viên 27 triệu đồng được sự thống nhất của các học viên, có sự đồng ý và chứng kiến của ông Hồng, ông Sơn tại TTGDTX. Sau khi thống nhất, số tiền 40 học viên nộp là 1,08 tỷ đồng (27 triệu đồng/học viên).
Thời gian nhận và giữ tiền (từ 16/8 – 14/9/2013 trước khi thi) để liên hệ người giúp nhưng bà Liên không liên hệ được, lại không trả lại tiền cho học viên trước khi thi (ông Bùi Sỹ Hồng và ông Lê Trọng Sơn đều biết). Đến khi thi xong, có kết quả thì chỉ có 7 trong số 40 học viên thi đỗ. Các học viên thấy đã nộp tiền để thi đỗ nhưng kết quả lại không như mong muốn nên đã kéo đến TTGDTX yêu cầu 3 cán bộ Phòng QLĐT trả lại tiền.
Sự việc vỡ lở, ông Hồng đã chỉ đạo ông Sơn và bà Liên trả lại tiền cho 40 học viên qua 2 đợt: Đợt 1 vào ngày 23/10/2013 cho 31 học viên có tổng điểm thi của 3 môn dưới 11 điểm; đợt 2 vào ngày 5/11/2013 cho 9 học viên còn lại (trong đó có 7 học viên trúng tuyển).
Nhận thấy vấn đề nghiêm trọng, tỉnh Thanh Hóa đã chỉ đạo thành lập đoàn thanh tra để xác minh. Kết quả xác định: ông Hồng, ông Sơn cùng 40 học viên đã đứng ra tổ chức ôn thi, không báo cáo lãnh đạo Trung tâm về chương trình, kế hoạch thực hiện, tự mời giảng viên ôn thi, có sự tham gia của bà Liên từ ngày 28/8/2013, đã vi phạm Luật Viên chức.
Việc 3 cán bộ Phòng QLĐT tổ chức đấu mối, nhận và giữ số tiền 1,08 tỷ đồng của 40 học viên gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, ảnh hưởng đến uy tín, danh dự của đội ngũ nhà giáo và ngành GD&ĐT Thanh Hóa.
Trong quá trình ôn thi, lãnh đạo TTGDTX thiếu kiểm tra, giám sát việc thực hiện nhiệm vụ của 3 cán bộ Phòng QLĐT, vi phạm vào Luật Viên chức về nghĩa vụ của viên chức quản lý - trách nhiệm này thuộc về tập thể lãnh đạo TTGDTX. Việc 3 cán bộ tổ chức đấu mối, nhận, giữ tiền của 40 học viên - trách nhiệm này thuộc về ông Đào Phan Thắng, Giám đốc cơ quan và ông Trần Văn Hạnh, Phó Giám đốc, phụ trách Phòng QLĐT.
Sau khi có những kết luận ban đầu, Hội đồng kỷ luật Trung tâm đã tiến hành họp và đưa ra các mức kỷ luật “cảnh cáo” đối với ông Bùi Sỹ Hồng và bà Lê Thị Liên, “khiển trách” đối với ông Lê Trọng Sơn. Tuy nhiên, qua xác minh của đoàn thanh tra, bản tự kiểm điểm của 3 cán bộ Phòng QLĐT còn sơ sài, chung chung, nhận thức chưa sâu sắc và đầy đủ về khuyết điểm, sai phạm.
Việc đề nghị hình thức kỷ luật đối với ông Bùi Sỹ Hồng là không đúng quy định. Đồng thời, việc thực hiện nhiệm vụ của Hội đồng kỷ luật (HĐKL) đối với 3 cán bộ Phòng QLĐT sai phạm chưa đúng quy định. Đồng thời hủy bỏ các quyết định về việc xử lý kỷ luật đối với 3 cán bộ Phòng QLĐT do Giám đốc TTGDTX ký ngày 18/12/2013; yêu cầu TTGDTX tổ chức xét kỷ luật lại 3 cán bộ trên theo đúng Nghị định 27 của Chính phủ. Đoàn thanh tra kiến nghị UBND tỉnh chỉ đạo các sở, ngành, đơn vị có cán bộ tham gia nộp tiền để ôn và thi cao học ngành QLKT tổ chức kiểm điểm, xử lý theo đúng quy định của pháp luật
Sau khi kiểm tra, Sở Giáo dục và Đào tạo Thanh Hóa đã có kết luận, trong danh sách các học viên tham gia khóa học có những người đang công tác tại các cấp huyện, sở ở Thanh Hóa gồm Sở Công thương, Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Kế hoạch và Đầu tư, UBND các huyện Quảng Xương, Như Xuân, Thiệu Hóa…