Hai bị cáo trong vụ án là: Trần Văn Khánh, 62 tuổi, nguyên Tổng Giám đốc Tổng Công ty Vật tư Nông nghiệp bị truy tố về tội lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ; Nguyễn Văn Hiếu, 52 tuổi, nguyên Giám đốc Công ty cổ phần Thương mại và Du lịch Thành Lợi bị cáo buộc là đồng phạm của ông Khánh. Trước khi phiên tòa diễn ra, hai cán bộ nguyên là cấp dưới của ông Khánh là Phạm Văn Hiền và Nguyễn Thế Bậng đã được VKSND Tối cao đình chỉ điều tra về hành vi cố ý làm trái và tham ô tài sản.
Thẩm phán Nguyễn Tiến Mạnh cho biết, quá trình thẩm vấn tại phiên tòa, xác định bị cáo Khánh đã có hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn, sử dụng tiền của nhà nước để mua xe Mercedes S420 giá 100.000 USD. Sau đó, ông Khánh chỉ đạo cấp dưới làm thủ tục thuê lại chiếc xe này cho Tổng Giám đốc sử dụng với giá 48 triệu đồng một tháng.
Quá trình thẩm vấn, ông Khánh và luật sư bào chữa cho biết, hành vi vi phạm của ông đã bị Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xử phạt hành chính. Ông Khánh cũng đã nộp lại 2,3 tỷ đồng. Với nhận định "một hành vi không thể xử lý hai lần", HĐXX đã tuyên trả lại hồ sơ yêu cầu điều tra bổ sung tình tiết này.
Theo cáo trạng của Viện KSND Tối cao, trong năm 2003 và 2004, ông Trần Văn Khánh đã thông đồng với ông Nguyễn Văn Hiếu trong việc mua bán phân đạm và hợp đồng thuê ôtô Mercedes nhằm rút tiền của công quỹ chiếm hưởng cá nhân.
Bằng thủ đoạn gian dối về số lượng nhập mua gần 6.000 tấn phân đạm trong hợp đồng ngày 15/8/2003 và ghi lùi thời gian mua, bán hàng hóa trong hợp đồng để tạo chênh lệnh giá, ông Khánh và ông Hiếu đã rút hơn 1,6 tỷ đồng của nhà nước. Năm 2004, ông Khánh đã dùng vốn của Tổng Công ty mua ôtô Mercedes S420 giá 100.000 USD (tương đương 1,9 tỷ đồng Việt
Ông Khánh để ông Hiếu đứng tên trong hợp đồng mua xe, sau đó, Tổng Công ty thuê lại chiếc xe này để Tổng Giám đốc sử dụng với giá 48 triệu đồng một tháng. Nhằm hợp thức hóa 100.000 USD xuất ra mua xe, ông Khánh và ông Hiếu thông đồng tạo công văn với nội dung "Công ty Thành Lợi đề nghị Tổng Công ty cho vay số tiền này trong một năm".
Để thực hiện việc chuyển quyền sở hữu chiếc Mercdes S420, ông Khánh chỉ đạo cấp dưới sơn lại màu xe, thay thế phụ tùng với chi phí trên 160 triệu đồng. Sau đó, ông Khánh sử dụng hơn 1 tỷ đồng mà Tổng Công ty thanh toán thuê xe để trả lãi cho khoản vay trên của Công ty Thành Lợi. Viện kiểm sát xác định, tổng số tiền ông Khánh chiếm hưởng của nhà nước trong phi vụ trên là hơn 1,1 tỷ đồng