Theo nội dung vụ án, ngày 19/6/2007, Cục Điều tra chống buôn lậu - Tổng cục Hải quan phối hợp với Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh kiểm tra 10 container hàng xuất khẩu của Công ty TNHH TM & DV Nam Nguyên khai báo là "lưới xơ dừa" nhưng thực tế toàn bộ hàng hóa chứa bên trong là 171,132m3 gỗ trắc và cẩm lai. Nguyễn Văn Hòa khai số gỗ trên là của Hòa mua trôi nổi trên thị trường và tập kết tại kho thuê của Tiểu đoàn 79 - Quân đoàn 4. Sau đó, Hòa thông qua Châu Minh Xuyến (Giám đốc Công ty TNHH Phim quảng cáo Châu Minh), Mạc Văn Nguyện (Giám đốc Công ty TNHH TM & DV Nam Nguyên) móc nối với Nguyễn Viết Nam (nhân viên Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn - khu vực 1 (cảng Cát Lái) để làm thủ tục hải quan xuất khẩu đi Trung Quốc.
Khoảng đầu tháng 7/2007, sau khi 10 container gỗ bị bắt giữ, Hòa gặp Đặng Văn Minh (là người làm dịch vụ giao nhận hàng hóa tại cảng Cát Lái) nhờ tìm người lo chạy để cơ quan điều tra không phát hiện ra Hòa là chủ lô gỗ bị bắt giữ. Minh môi giới cho Hòa gặp Nguyễn Ngọc Khanh (Giám đốc Công ty TNHH Gia Khanh) và được người này ra giá chạy án với giá 30.000 USD…
Sau khi bị bắt tạm giam để điều tra về hành vi buôn lậu gỗ, cuối tháng 6/2008, Hòa đã viết bản tường trình khai báo với cơ quan CSĐT - Bộ Công an toàn bộ hành vi sự việc nêu trên.
Quá trình điều tra, Nguyễn Ngọc Khanh khai nhận: sau khi biết nhu cầu chạy án của Hòa, Khanh đã tìm gặp Chu Hồng Thái (Giám đốc Công ty TNHH Thái Đức Dương) đặt vấn đề giải quyết việc của Hòa. Thái nhận lời và yêu cầu Khanh ứng trước 10-20.000 USD để làm chi phí liên hệ nhưng Khanh đã kêu Hòa chi 30.000 USD. Sau khi nhận tiền của Hòa, Khanh đã đưa cho Thái tổng cộng khoảng 5.000 USD. Tuy nhiên, sau đó Thái trả lời không giúp được đồng thời giới thiệu luật sư Lê Hồng Nguyên với Khanh để giải quyết việc của Hòa.
Khoảng 2 ngày sau, Thái nói với Khanh là luật sư Nguyên đã liên hệ được và yêu cầu Khanh ứng từ 20-30.000 USD để luật sư Nguyên đi Hà Nội "lo lót". Ngay sau khi nhận đủ số tiền 60.000 USD từ Hòa, với sự chứng kiến của Thái, Khanh giao cho luật sư Nguyên 20.000 USD tại quán cà phê Zenta nằm trên đường Mạc Đĩnh Chi, quận 1.
Sau khi Hòa bị bắt, Minh nhiều lần điện thoại và tìm gặp Khanh để đòi lại tiền để trả cho Hòa. Vì vậy, Khanh và Thái đã tìm gặp luật sư Nguyên để đòi tiền nhưng người này chỉ trả được 300 triệu đồng.
Với hành vi như trên, cáo trạng đã truy tố Nguyễn Ngọc Khanh, Chu Hồng Thái và Đặng Văn Minh về tội "Làm môi giới hối lộ". Đối với Nguyễn Văn Hòa xét đối tượng này đã chủ động khai báo trước khi vụ án bị phát giác nên cơ quan điều tra không xem xét trách nhiệm hình sự. Đối với luật sư Lê Hồng Nguyên, mặc dù có lời khai về việc đã nhận tiền của các đối tượng để lo "chạy tội" nhưng người này không thừa nhận nên cơ quan điều tra cho rằng chưa đủ căn cứ để khởi tố