Theo đó, ngày 16/1/2024, Bộ GD&ĐT ban hành Quyết định số 2918/QĐ-BGDĐT về việc phê duyệt chủ trương đầu tư điều chỉnh Dự án bồi thường, hỗ trợ tái định cư và hạ tầng cấp thiết khu trung tâm Đại học Thái Nguyên với tổng mức đầu tư dự kiến hơn 606 tỷ đồng, dự án nhóm B, diện tích sử dụng đất 40.511m2, thời gian thực hiện (dự kiến) từ năm 2007 đến năm 2027. Chủ đầu tư dự án là Đại học Thái Nguyên.
Theo kết luận thanh tra, Bộ GD& ĐT phê duyệt chủ trương đầu tư điều chỉnh dự án từ ngày 16/10/2024, đến nay chưa phê duyệt được dự án điều chỉnh. Đây là vướng mắc dẫn đến dự án chưa triển khai thực hiện, trong khi đó dự án đã được phê duyệt kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021-2025 theo Quyết định số 1681/QÐ-TTg ngày 28/12/2024 của Thủ tướng Chính phủ.
Kết luận thanh tra đã chỉ rõ vướng mắc này xuất phát từ một số thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm sau:
Về việc lập, trình báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư điều chỉnh, Đại học Thái Nguyên lập, trình báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư điều chỉnh với tên dự án ban đầu “Dự án bồi thường, hỗ trợ tái định cư để xây dựng Đại học Thái Nguyên giai đoạn 2007-2010” thành “Dự án bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và hạ tầng cấp thiết khu trung tâm Đại học Thái Nguyên" là chưa chính xác, không đảm bảo cơ sở pháp lý về thẩm quyền phê duyệt chủ trương đầu tư điều chỉnh. Diện tích đất xây dựng hạ tầng không xác định được phần diện tích đã giải phóng mặt bằng và phần diện tích chưa giải phóng mặt bằng, đồng thời chưa đủ nội dung về quy mô đầu tư, do không có số liệu diện tích đất còn phải giải phóng của dự án.
Trong việc thẩm định chủ trương đầu tư điều chỉnh, Vụ Cơ sở vật chất và Vụ Kế hoạch-Tài chính thẩm định không phát hiện ra Đại học Thái Nguyên lập, trình báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư điều chỉnh chưa chính xác, không đảm bảo cơ sở pháp lý, chưa có ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ theo đề nghị của Bộ GD&ĐT, vẫn thống nhất với đề nghị của Đại học Thái nguyên, kết luận chủ trương đầu tư điều chỉnh của dự án phù hợp với Luật Đầu tư công năm 2019, Nghị định số 40/2020/NĐ-CP và trình Bộ GD&ĐT đủ điều kiện để phê duyệt chủ trương đầu tư điều chỉnh.
Về việc phê duyệt chủ trương đầu tư điều chỉnh, Bộ GD&ĐT phê duyệt chủ trương đầu tư điều chỉnh với tên dự án ban đầu “Dự án bồi thường, hỗ trợ tái định cư để xây dựng Đại học Thái Nguyên giai đoạn 2007-2010” thành “Dự án bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và hạ tầng cấp thiết khu trung tâm Đại học Thái Nguyên" là chưa chính xác, không đảm bảo cơ sở pháp lý về thẩm quyền phê duyệt chủ trương đầu tư điều chỉnh; phê duyệt chủ trương đầu tư điều chỉnh khi chưa có văn bản của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, thực hiện không đúng chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Văn bản số 7295/VPCP-KTTH ngày 7/10/2024 của Văn phòng Chính phủ.
Theo kết luận thanh tra, Bộ GD&ĐT, Vụ Cơ sở vật chất, Vụ Kế hoạch-Tài chính, Đại học Thái Nguyên và các đơn vị, cá nhân có liên quan (theo từng thời kỳ) thiếu trách nhiệm trong công tác lập, thẩm định, phê duyệt chủ trương đầu tư điều chỉnh, dẫn đến quá trình thực hiện điều chỉnh chủ trương đầu tư chưa chính xác, không đảm bảo cơ sở pháp lý.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ GD&ĐT tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo quy định của pháp luật đối với bộ trưởng, thứ trưởng được phân công phụ trách dự án (theo từng thời kỳ) liên quan đến các thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm nêu trong kết luận thanh tra, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Đối với Đại học Thái Nguyên, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Bộ trưởng Bộ GD&ĐT theo thẩm quyền chỉ đạo Đại học Thái Nguyên tổ chức kiểm điểm theo quy định pháp luật đối với giám đốc và phó giám đốc Đại học Thái Nguyên, Ban Kế hoạch-Tài chính, người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu đơn vị (theo từng thời kỳ) và cá nhân khác có liên quan đến những thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm nêu tại kết luận. Đồng thời, tiếp tục rà soát quá trình thực hiện dự án bước I, dự án bước II và hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật khi để xảy ra vi phạm, thất thoát, lãng phí; thực hiện theo thẩm quyền hoặc kiến nghị, đề xuất cấp có thẩm quyền các biện pháp nhằm khắc phục, chấn chỉnh, không để xảy ra vi phạm, thất thoát, lãng phí trong công tác quản lý, thực hiện dự án đầu tư.
Thanh tra Chính phủ chỉ ra nhiều sai phạm tại một số dự án trọng điểm ở Cần Thơ 
Thanh tra Chính phủ chuyển hồ sơ Dự án Nhà máy xi măng Quang Sơn sang Bộ Công an 
