Theo đó, có ý kiến đại biểu Quốc hội đề nghị quy định cụ thể hơn về mô hình, tổ chức, địa vị pháp lý của Hội đồng Y khoa Quốc gia; có ý kiến cho rằng Hội đồng Y khoa Quốc gia nên do Bộ Y tế thành lập. Ủy ban Thường vụ Quốc hội (UBTVHQ) lý giải, đây là lần đầu tiên Việt Nam áp dụng mô hình Hội đồng Y khoa Quốc gia để chủ trì thực hiện việc đánh giá năng lực trước khi cấp giấy phép hành nghề. Do vậy, để thận trọng và thuận tiện cho Chính phủ trong quá trình điều hành, UBTVQH thống nhất ghi nhận hình thức tổ chức này trong dự thảo Luật theo hướng quy định Hội đồng Y khoa Quốc gia là tổ chức do Thủ tướng Chính phủ thành lập.
UBTVQH cũng giao Thủ tướng Chính phủ quy định tổ chức và hoạt động như thể hiện tại Điều 25. Khi quy định cụ thể về Hội đồng Y khoa Quốc gia, UBTVQH đề nghị Thủ tướng Chính phủ báo cáo cấp có thẩm quyền theo đúng tinh thần của Nghị quyết 18-NQ/TW về một số vấn đề về tiếp tục đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả.
Về tự chủ đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh của Nhà nước (Điều 108), Chủ nhiệm Uỷ ban Xã hội cho biết, có ý kiến đại biểu Quốc hội đề nghị quy định rõ về cơ chế tự chủ của các bệnh viện; ý kiến khác đề nghị cần phải có tổng kết, đánh giá quá trình thực hiện tự chủ bệnh viện. Tiếp thu ý kiến đại biểu, Chính phủ đã có báo cáo rà soát và nêu cụ thể những vướng mắc, bất cập của các văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến việc thực hiện cơ chế, chính sách về tự chủ tại cơ sở khám bệnh, chữa bệnh.
Bên cạnh đó, trên cơ sở tham khảo quy định về tự chủ của các luật có liên quan, để góp phần tháo gỡ những khó khăn trong quá trình thực hiện cơ chế tự chủ của cơ sở khám bệnh, chữa bệnh công lập, dự thảo luật đã bổ sung một điều về tự chủ đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh của Nhà nước như thể hiện tại Điều 108.
Có ý kiến đại biểu Quốc hội đề nghị xem xét tính khả thi của cơ chế tự chủ đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh của Nhà nước và cần quy định việc tự chủ nhưng đồng thời bảo đảm chất lượng trong dịch vụ y tế. UBTVQH nhận thấy, khoản 1 Điều 108 của dự thảo luật quy định Nhà nước bảo đảm kinh phí đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh của Nhà nước để thực hiện chức năng nhiệm vụ do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền giao khi thực hiện tự chủ.
Về giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh (Điều 110), theo cơ quan thẩm tra, có ý kiến đại biểu đề nghị đề nghị thể hiện rõ hơn, đầy đủ hơn các yếu tố cấu thành giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, như là về yếu tố con người, khấu hao tài sản, cơ sở vật chất, tiền lương, công nghệ thông tin, vấn đề đào tạo. Quy định rõ nguyên tắc của tính đúng, tính đủ nhưng không làm tăng chi phí cho người dân; đề nghị bổ sung quy định về phương pháp định giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh cho phù hợp và thống nhất với quy định của dự thảo Luật Giá.
Tiếp thu ý kiến của đại biểu, dự thảo luật được chỉnh lý theo hướng làm rõ các yếu tố cấu thành giá khám bệnh, chữa bệnh; các chi phí để tính giá thành toàn bộ của dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh; căn cứ, nguyên tắc, thẩm quyền định giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh.
Đồng thời giao Chính phủ quy định chi tiết nội dung này như thể hiện tại Điều 110 và quy định lộ trình trước ngày 1/1/2025 phải tính đủ các yếu tố hình thành giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh của Nhà nước như thể hiện tại khoản 8 Điều 120 của dự thảo Luật. UBTVQH đề nghị Chính phủ cần khẩn trương chuẩn bị các điều kiện cần thiết để bảo đảm tính khả thi của quy định này.
Có ý kiến đại biểu Quốc hội đề nghị bổ sung các biện pháp phù hợp hơn, quyết liệt hơn để xử lý nghiêm các đối tượng có hành vi bạo hành nhân viên y tế, để mang tính chất răn đe, giáo dục và phòng ngừa hơn tại Điều 114.
UBTVQH thấy rằng, dự thảo luật đã quy định về các biện pháp bảo đảm ANTT cho cơ sở khám bệnh, chữa bệnh và an toàn cho người hành nghề tại cơ sở khám bệnh, chữa bệnh và quy định được áp dụng biện pháp ngăn chặn khẩn cấp; đối với các hành vi xâm phạm thân thể, sức khỏe, tính mạng hoặc xúc phạm danh dự, nhân phẩm của người hành nghề sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính hoặc xử lý hình sự theo quy định của pháp luật. Do vậy, UBTVQH xin Quốc hội cho giữ như dự thảo luật.
Có ý kiến đề nghị tại khoản 3 bổ sung thêm đối tượng là người dân đến cơ sở khám bệnh, chữa bệnh; đề nghị bổ sung khoản quy định các cơ sở khám, chữa bệnh cần phải có lực lượng bảo vệ chuyên trách để thực hiện những biện pháp đó và quy định trách nhiệm của lực lượng Công an trong việc đảm bảo ANTT ở cơ sở khám, chữa bệnh và hướng dẫn nghiệp vụ cho lực lượng chuyên môn trước khoản giao Chính phủ quy định chi tiết điều này. Tiếp thu ý kiến của đại biểu, dự thảo luật được bổ sung nội dung nêu trên tại khoản 3 và khoản 5 Điều 114 của dự thảo luật.
Quy định về tổ chức khám chữa bệnh cần phù hợp với lĩnh vực về lực lượng vũ trang 
"Giá dịch vụ khám chữa bệnh mù mờ thì tự mình làm khó mình thôi" 
