Theo đó, KKT Nam Phú Yên có diện tích 20.730 ha, giảm 250 ha so với trước đây do cập nhật lại ranh giới tuyến đường bộ cao tốc Bắc - Nam theo báo cáo nghiên cứu khả thi đã được Bộ Giao thông Vận tải thỏa thuận với địa phương. Quy mô dân số đến năm 2030 khoảng 200.000 - 230.000 người và sẽ tăng lên khoảng 280.000 -300.000 người trong năm 2040. Cấu trúc quy hoạch đến năm 2040 với hình thái, không gian kiến trúc, tính chất và vị trí các khu chức năng của KKT Nam Phú Yên theo Quy hoạch chung năm 2009 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại quyết định số 1712/QĐ-TTg ngày 23/10/2009, nhưng có sự điều chỉnh.
Cụ thể là vành đai công nghiệp phía Tây có hai Trung tâm công nghiệp gắn với sân bay Tuy Hòa ở phía Bắc và cảng Bãi Gốc ở phía Nam để phát huy năng lực hạ tầng kỹ thuật khung quốc gia sân bay, cảng biển, đường bộ và đường sắt cao tốc Bắc – Nam. Vành đai ven biển ở phía Đông phát triển dịch vụ du lịch và đô thị. Hành lang xanh ven sông Ba và sông Bàn Thạch phát triển không gian sinh thái và dịch vụ du lịch. Ngoài ra còn có ba trung tâm phát triển chính sẽ được hình thành gồm Trung tâm đô thị và hậu cần sân bay, Trung tâm đô thị Hòa Vinh, Trung tâm đô thị thương mại ven biển. Bên cạnh đó còn có tam giác phát triển du lịch phía Nam với 3 mũi nhọn là khu vực Biển Hồ - núi Đá Bia; khu du lịch Mũi Điện - Bãi Môn và khu du lịch Hòn Nưa.
KKT Nam Phú Yên phân định 6 phân khu chức năng, trong đó điều chỉnh phân khu 5 là khu vực công nghiệp tập trung, định hướng phát triển công nghệ cao, công nghiệp gắn với lợi thế cảng biển.
Hệ thống giao thông đường sắt tuân thủ quyết định số 1769/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về phê duyệt quy hoạch mạng lưới đường sắt thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050. Trong đó hoàn thiện tuyến đường sắt cao tốc song song với đường bộ cao tốc Bắc - Nam, xây dựng mới 1 nhà ga và 1 trạm bảo dưỡng đường sắt cao tốc, địa điểm dự kiến ở xã Hòa Thành, thị xã Đông Hòa để tăng tính kết nối tuyến đường sắt cao tốc với KKT Nam Phú Yên và trung tâm TP Tuy Hòa. Theo tình hình thực tế về yêu cầu phát triển kinh tế – xã hội của địa phương, có thể đầu tư xây dựng ga Đông Hòa Vinh là ga hàng hóa và hành khách, trong đó có đường sắt nhánh rẽ về cảng Bãi Gốc.
Đường hàng không tuân thủ quy hoạch tổng thể phát triển hệ thống cảng hàng không, sân bay toàn quốc thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn 2050; sân bay Tuy Hòa là sân bay cấp 4 C giai đoạn 2021-2030 và nâng cấp mở rộng đạt công suất mỗi năm từ 3 - 5 triệu hành khách.
Giao thông đô thị trong KKT Nam Phú Yên mở rộng lộ giới tuyến đường Hùng Vương kéo dài với quy hoạch mặt đường rộng 57 - 63m để đảm bảo kết nối với quốc lộ 29 đảm bảo đủ năng lạc khai thác vận tải hàng hóa từ cảng Bãi Gốc lên Tây Nguyên và tuyến giao thông đô thị ven biển.
HĐND tỉnh Phú Yên giao cho UBND tỉnh tiếp tục chỉ đạo nghiên cứu kỹ để hoàn thiện trước khi Thủ tướng Chính phủ phê duyệt để đảm bảo chất lượng quy hoạch; nguyên tắc điều chỉnh quy hoạch KKT Nam Phú Yên phải phù hợp, thống nhất với xây dựng quy hoạch tỉnh Phú Yên thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050. Quá trình thực hiện cần thu hút đầu tư ác ngành nghề phù hợp, đảm bảo tính khả thi, hiệu quả; tuyệt đối tuân thủ đầy đủ các quy định về bảo vệ môi trường để phát triển bền vững.
Đề xuất cho doanh nghiệp đầu tư, phát triển Khu kinh tế cửa khẩu Nam Giang 
Xây dựng khu kinh tế, người dân phải được hưởng lợi 
