Chính phủ ban hành Nghị định số 42/2025/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Y tế.
Theo Nghị định, Bộ Y tế là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về các lĩnh vực: Y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng; giám định y khoa, pháp y, pháp y tâm thần; bà mẹ, trẻ em; dân số; phòng, chống tệ nạn xã hội (trừ nhiệm vụ cai nghiện ma túy và quản lý sau cai nghiện ma túy); bảo trợ xã hội; y, dược cổ truyền; dược, mỹ phẩm; an toàn thực phẩm; thiết bị y tế; bảo hiểm y tế và quản lý Nhà nước các dịch vụ công trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý Nhà nước của Bộ Y tế.
Bộ Y tế thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Luật Tổ chức Chính phủ, quy định của Chính phủ về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ và thực hiện 31 nhóm nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể.
Ngoài các nhóm chức năng nhiệm vụ cũ, có thêm một số chức năng nhiệm vụ mới sau sắp xếp lại tổ chức bộ máy, như hai chức năng, nhiệm vụ trước kia thuộc Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội chuyển sang, gồm:
Về bà mẹ, trẻ em: Xây dựng, ban hành hoặc trình cấp có thẩm quyền ban hành văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, chính sách, chương trình, kế hoạch, mục tiêu quốc gia về bà mẹ, trẻ em…
Về bảo trợ xã hội và phòng, chống tệ nạn xã hội: Xây dựng, ban hành hoặc trình cấp có thẩm quyền ban hành văn bản quy phạm pháp luật, chính sách, chương trình, kế hoạch về trợ giúp xã hội, trợ cấp hưu trí xã hội, công tác xã hội, công tác người cao tuổi, công tác người khuyết tật và các trợ giúp xã hội khác…
Nghị định nêu rõ, cơ cấu tổ chức của Bộ Y tế gồm 20 đơn vị: Vụ Bảo hiểm y tế; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Kế hoạch - Tài chính; Vụ Pháp chế.
Vụ Hợp tác quốc tế; Văn phòng bộ; Thanh tra bộ; Cục Quản lý Khám, chữa bệnh; Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền; Cục Quản lý Dược; Cục An toàn thực phẩm; Cục Hạ tầng và Thiết bị y tế; Cục Khoa học công nghệ và Đào tạo; Cục Dân số; Cục Phòng bệnh; Cục Bả mẹ và Trẻ em; Cục Bảo trợ xã hội; Viện Chiến lược và Chính sách y tế; Trung tâm Thông tin y tế Quốc gia; Báo Sức khỏe và Đời sống.
Theo đó, có 17 tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý Nhà nước; 3 tổ chức là các đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý Nhà nước là: Viện Chiến lược và Chính sách y tế; Trung tâm Thông tin y tế Quốc gia và Báo Sức khỏe và Đời sống.
Bộ trưởng Bộ Y tế trình Thủ tướng Chính phủ ban hành danh sách các đơn vị sự nghiệp công lập khác trực thuộc Bộ Y tế theo quy định.
Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các tổ chức, đơn vị thuộc Bộ Y tế.
Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 1/3/2025.
Mục đích của việc tinh gọn bộ máy quan trọng nhất là hiệu năng, hiệu lực, hiệu quả để đưa đất nước ta phát triển 
Bộ Chính trị, Ban Bí thư kết luận về một số nội dung, nhiệm vụ tiếp tục sắp xếp, tinh gọn bộ máy của hệ thống chính trị năm 2025 
