Kết quả phân tích 8 mẫu ADN lấy từ các cá thể rùa Đồng Mô, rùa ở chùa Hương Tích, xương một số cá thể rùa sống ở lưu vực sông Hồng, đã cho thấy, rùa hồ Gươm là một loài hoàn toàn khác, cũng không giống giải Thượng Hải (Trung Quốc).
Tuy nhiên, mẫu giám định của rùa hồ Gươm lại rất giống tiêu bản rùa trong đền Ngọc Sơn, chứng tỏ hai cá thể này có mối quan hệ họ hàng với nhau. Trước đó, các nhà khoa học của Chương trình rùa châu Á đã khẳng định rằng, rùa hồ Gươm, rùa Đồng Mô và rùa ở Thượng Hải là những cá thể cùng loài nên đã kêu gọi Việt Nam và Trung Quốc phối hợp lai giống để duy trì nguồn gene quý hiếm. Theo nhận định của các nhà khoa học quốc tế, trên thế giới chỉ ghi nhận 4 cá thể rùa Hoàn Kiếm, trong đó có 2 cá thể ở Việt Nam và 2 cá thể ở Trung Quốc.
GS.TSKH Đặng Huy Huỳnh - Chủ tịch Hội Động vật học Việt
Theo GS Huỳnh, việc có thể làm ngay lúc này là giải đáp thắc mắc hồ Gươm có mấy cụ rùa. Việc đó sẽ không quá khó khăn bởi lẽ hồ Gươm có diện tích nhỏ, chỉ cần tiến hành vây quét bằng lưới nhiều lần có thể thực hiện được. Nếu tìm ra cá thể thứ hai, lại là giống đực, thì chuyện lai giống sẽ rất dễ dàng