Về thí điểm thành lập Khu thương mại tự do (Điều 13), Nghị quyết quy định thành lập Khu thương mại tự do Đà Nẵng gắn với Cảng biển Liên Chiểu. Khu thương mại tự do là khu chức năng, có ranh giới địa lý xác định, được thành lập để thực hiện thí điểm các cơ chế, chính sách nhằm mục tiêu thu hút đầu tư, tài chính, thương mại, du lịch và dịch vụ chất lượng cao.
Khu thương mại tự do Đà Nẵng có các khu chức năng được quy định tại Quyết định thành lập của Thủ tướng Chính phủ bao gồm: khu sản xuất, trung tâm logistics, khu thương mại - dịch vụ và các loại hình khu chức năng khác theo quy định pháp luật.
Các khu chức năng thuộc Khu thương mại tự do Đà Nẵng được ngăn cách với khu vực bên ngoài bằng hàng rào cứng, bảo đảm hoạt động kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan của cơ quan hải quan và hoạt động quản lý nhà nước theo lĩnh vực tương ứng của các cơ quan có liên quan theo quy định của pháp luật. Quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa giữa khu chức năng thuộc Khu thương mại tự do Đà Nẵng với khu vực bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật Việt Nam về hải quan, thuế và xuất khẩu, nhập khẩu.
Nghị quyết quy định, thu hồi đất để xây dựng các hạng mục, công trình để hình thành Khu thương mại tự do Đà Nẵng được thực hiện theo quy định tại Điều 79 của Luật Đất đai. Trình tự, thủ tục chuẩn bị thu hồi đất được thực hiện theo quy định tại khoản 5 Điều 11 của Nghị quyết này. Việc thực hiện thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ và tái định cư thực hiện theo quy định của pháp luật về đất đai.
Về chính sách ưu đãi đầu tư, thời hạn hoạt động của dự án đầu tư xây dựng và kinh doanh kết cấu hạ tầng các khu chức năng thuộc Khu thương mại tự do Đà Nẵng, dự án của nhà đầu tư thuê lại đất tại Khu thương mại tự do Đà Nẵng được áp dụng như dự án đầu tư trong khu kinh tế theo quy định của pháp luật về đầu tư. Nhà đầu tư nước ngoài thành lập tổ chức kinh tế tại Khu thương mại tự do Đà Nẵng không phải có dự án đầu tư và không phải thực hiện thủ tục cấp, điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư trước khi thành lập tổ chức kinh tế...
Theo Chủ nhiệm Uỷ ban Tài chính - Ngân sách Lê Quang Mạnh, một số ý kiến cho rằng, các chính sách cho khu thương mại tự do chưa có chính sách nổi trội, bứt phá; nhiều chính sách về thuế còn điểm tương tự như khi áp dụng với khu kinh tế. Có ý kiến đề nghị, mở rộng chính sách thành "thí điểm thành lập khu thương mại tài chính tự do Đà Nẵng"; thành lập Trung tâm tài chính quốc tế tại TP Đà Nẵng. Có ý kiến thí điểm khu thương mại tự do trên nguyên tắc bảo đảm chủ quyền, an ninh quốc gia và lợi ích dân tộc.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho biết, việc thí điểm thành lập Khu thương mại tự do là chủ trương lớn đã có đủ căn cứ chính trị, căn cứ pháp lý; nếu thực hiện thành công sẽ tạo tiền đề thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội của TP Đà Nẵng và của cả vùng. "Tuy nhiên, đây là chính sách mới, chưa được thực hiện tại Việt Nam, nghị quyết mang tính chất thí điểm; các chính sách là bước thử nghiệm, vừa làm vừa rút kinh nghiệm để hoàn thiện dần. Do vậy, cần thận trọng, có bước đi chắc chắn, không quy định những vấn đề chưa được đánh giá kỹ lưỡng, mang tính rủi ro cao", ông lý giải.
Hơn nữa, các chính sách cần được nghiên cứu, xây dựng căn cứ trên khả năng tổ chức thực hiện, nguồn lực tài chính, điều kiện đáp ứng của TP Đà Nẵng. Do vậy, tại thời điểm hiện nay, Ủy ban Thường vụ Quốc hội xin được giữ phạm vi chính sách như dự thảo nghị quyết.
Đề xuất Quốc hội thí điểm thành lập Khu thương mại tự do Đà Nẵng 
Thí điểm khu thương mại tự do: Cơ hội và kỳ vọng lớn khi… “cá gặp nước” 
