Vùng bảo vệ nghiêm ngặt (vùng lõi) rộng 82ha; trong đó có 36ha ở khu vực Hòn Sụp, Bãi Bụt, Hục Lỡ, Vũng Đá và Đông Bãi Bắc được giới hạn từ bờ ra đến 300m với độ sâu trung bình 12m. Vùng phục hồi sinh thái có diện tích 48,5ha nằm ở khu vực Bãi Nồm được giới hạn từ bờ ra khoảng 500m với độ sâu trung bình 15m.
Vùng khai thác hợp lý có tổng diện tích 3.809,5ha kể từ vùng nước nông gần bờ và thủy vực sâu trong vùng biển từ Mũi Nhồi đến Mũi Nam Ô phía Nam Hải Vân, từ Mũi Đèn ở phía Tây bán đảo Sơn Trà đến vùng bờ phường Mân Thái ở phía Nam bán đảo Sơn Trà.
Tại vùng lõi và vùng phục hồi sinh thái, tất cả các hoạt động có thể gây hủy hoại bãi đá ngầm, rạn san hô, thảm thực vật và hệ sinh thái khác như dùng chất nổ, xung điện, chất độc và các hình thức hủy diệt để khai thác nguồn lợi thủy sản, nuôi trồng thủy sản quy mô công nghiệp, khai thác khoáng sản, xây dựng công trình, xả nước thải... đều bị cấm
