Từ việc bàn bạc lên kế hoạch, phân công cụ thể cho từng người tới việc chuẩn bị súng, thuốc súng, thuốc nổ, xăng... để tấn công quyết liệt đến cùng lực lượng cưỡng chế, đã thể hiện rất rõ vai trò và trách nhiệm hình sự của mỗi bị cáo. Để làm sáng tỏ thêm lập luận này, đại diện VKS đã tập trung đi sâu phân tích 3 vấn đề. Đó là, quá trình điều tra, các bị cáo Vươn, Quý, Sịnh, Vệ có bị ép cung như lời khai trước tòa hay không? Các bị cáo phạm tội gì?
Việc xem xét xác định tội danh, áp dụng tội danh của tòa cấp sơ thẩm với các bị cáo có đúng với quy định của Bộ luật hình sự? Tại phiên tòa, kiểm sát viên đã chỉ rõ: trong giai đoạn vụ án đang được điều tra, không hề có tài liệu, chứng cứ nào chứng minh Quý, Vươn, Sịnh, Vệ đã bị ép cung. Các buổi xét hỏi bị can của điều tra viên đều có sự giám sát của các kiểm sát viên và có mặt các luật sư. Quyền của bị can được đảm bảo...
Đại diện VKS cũng chứng minh không có việc Vươn, Sịnh bị bắt giam trái pháp luật. Trước lúc bị khởi tố, tạm giam, 2 người này đều đã có đề đạt nguyện vọng với cơ quan điều tra được lưu lại khi không muốn có mặt tại gia đình trong thời điểm xảy ra vụ án. Một vấn đề khác, các bị cáo tại phiên tòa sơ thẩm và phúc thẩm liên tục thay đổi lời khai nhằm chối tội.
Việc luật sư cho rằng có hiện tượng bị cáo bị ép cung là không có cơ sở pháp lý. Về vấn đề tội danh và áp dụng hình phạt của tòa sơ thẩm, kiểm sát viên cũng xác định: ý thức chủ quan, hành vi khách quan của tội phạm cũng như hậu quả xảy ra được thể hiện đầy đủ trong hồ sơ vụ án, lời khai của các bị cáo, cáo trạng và trong bản án sơ thẩm.
Phiên tòa ngay sau đó đã có phần “nóng” lên bởi các ý kiến tranh luận của các luật sư với đại diện VKS. Bào chữa cho Đoàn Văn Vươn, Đoàn Văn Quý, các luật sư đều cố gắng đưa ra những căn cứ để chứng minh thân chủ không phạm tội “Giết người” mà chỉ là “Phòng vệ chính đáng”, “Vượt qua giới hạn phòng vệ”... Có luật sư cho rằng, các nạn nhân không phải là những người thừa hành công vụ và bị cáo Vươn có quyền được... “phản ứng”.
Lại có luật sư khác nhận định: đạn bi bắn ra từ súng của Quý đã được bị cáo Vươn “chọn lựa”, chỉ là để... bắn chim, không thể gây chết người(?!). Vết thương của người bị hại chỉ là những “vết thương nhỏ”. Chủ tọa phiên tòa đã phải nhiều lần nghiêm khắc nhắc nhở một số luật sư về hành vi khi tranh luận, buộc những người này phải có lời xin lỗi HĐXX và những người tham dự phiên tòa.
Trong phần đối đáp, đại diện VKSND tối cao đã một lần nữa khẳng định tính đúng đắn trong bản án của tòa cấp sơ thẩm về xác định tội danh của 2 nhóm bị cáo với mức xử phạt tương ứng, đúng pháp luật. Kiểm sát viên cũng cho rằng, có một số vấn đề các luật sư đặt ra là nằm ngoài phạm vi của phiên tòa phúc thẩm và VKSND tối cao vẫn nguyên quan điểm như đã công bố
Được nói những lời sau cùng tại phiên tòa, bị cáo Đoàn Văn Vươn cũng đã thừa nhận những hành vi của mình là vi phạm pháp luật. Đoàn Văn Quý không có đề nghị gì. Đoàn Văn Sịnh trình bày trong quá trình bị giam giữ đã nhận thức được những sai phạm và cho biết, do hạn chế về nhận thức pháp luật nên đã phạm tội và đề nghị HĐXX giảm nhẹ hình phạt. Bị cáo Đoàn Văn Vệ, Nguyễn Thị Thương cũng đề nghị tương tự. Riêng Phạm Thị Báu vẫn xin hủy án sơ thẩm...
Đúng 17h cùng ngày, thay mặt HĐXX, Chủ tọa phiên tòa, thẩm phán Nguyễn Vinh Quang đã tuyên đọc bản án: Đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, gây hậu quả xấu cho xã hội. Hành vi “Giết người” của các bị cáo đã được tòa sơ thẩm và tại phiên phúc thẩm làm rõ. Việc người bào chữa đưa ra các luận điểm cho rằng hành vi các bị cáo chỉ là “Phòng vệ chính đáng” và đặt câu hỏi về tính công vụ của các nạn nhân đều không có cơ sở pháp lý. Cần phải coi việc bảo vệ ANTT, phòng chống cháy nổ trong khu vực cưỡng chế là thực thi công vụ của tổ công tác.
Từ những căn cứ trên, Tòa Phúc thẩm TAND tối cao bác toàn bộ kháng cáo của 4 bị cáo: Vươn, Quý, Báu, Thương; chấp nhận một phần kháng cáo của 2 bị cáo: Sịnh, Vệ. Theo đó, giữ nguyên mức án 5 năm tù với Đoàn Văn Vươn và Đoàn Văn Quý. 18 tháng tù (án treo) với Báu và 15 tháng tù (án treo) với Thương; giảm mức hình phạt cho Đoàn Văn Sịnh từ 3 năm 6 tháng tù xuống còn 2 năm 9 tháng tù giam và Đoàn Văn Vệ từ 2 năm tù xuống còn 19 tháng tù giam.
Bản án đã được sự đồng tình của dư luận cũng như người tham dự phiên tòa