Trong khoảng thời gian từ đầu năm 2009 đến tháng 2-2010, với thủ đoạn ký giả chữ ký của kế toán trưởng và hiệu trưởng nhà trường vào các lệnh chi tiền, Yến đã 9 lần chuyển tiền của nhà trường đến các tài khoản tư nhân, với tổng số tiền chiếm đoạt là 425.545.200 đồng. Sau khi chuyển tiền vào tài khoản của các cá nhân, các cá nhân này đã rút tiền mặt đưa lại cho Yến để Yến sử dụng.
Mặt khác, để hợp thức một phần số tiền chiếm đoạt, Yến đã xin 5 liên hoá đơn khống của Công ty TNHH Anh Tuấn ở thị xã Phú Thọ với nội dung ghi trên hoá đơn là "mua linh kiện máy tính" (nhưng thực tế là không mua hàng hoá) với tổng giá trị ghi trên 5 liên hoá đơn là 121.045.200 đồng. Sau khi bị phát hiện hành vi sai phạm, Yến đã nộp lại số tiền đã chiếm đoạt cho Trường Cao đẳng Nghề công nghệ và nông lâm Phú Thọ và cơ quan điều tra.
Tuy nhiên, trong quá trình xác minh sổ sách kế toán của Trường Cao đẳng Nghề công nghệ và nông lâm Phú Thọ và khám xét nơi ở của Yến, cơ quan điều tra còn phát hiện có nhiều khoản chi do Yến là người trực tiếp lập lệnh chi có nội dung tương tự nêu trên. Hiện cơ quan Công an đang tiếp tục điều tra làm rõ hành vi phạm tội của Yến và các đối tượng có liên quan để xử lý theo pháp luật