Về quản lý thu ngân sách, kết quả kiểm toán chỉ rõ: Tỉnh chưa kịp thời rà soát dữ liệu hóa đơn điện tử và thông tin có liên quan để điều chỉnh mức thuế khoán đối với những hộ kinh doanh có doanh số mua bán hàng hóa lớn, nhưng nộp thuế thấp (Đội thuế liên huyện thành phố Bến Tre-Châu Thành); một số doanh nghiệp có giao dịch liên kết nhưng chưa phân tích dữ liệu, thông tin về vốn chủ sở hữu, thông tin về người đại diện pháp luật của doanh nghiệp để phát hiện và quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết; một số trường hợp kê khai sai thời gian miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), kê khai sai thuế suất ưu đãi, kê khai miễn giảm thuế TNDN; một số trường hợp kê khai giảm 2% thuế GTGT đối với các mặt hàng không thuộc đối tượng được giảm; còn trường hợp miễn tiền thuê đất cho khoảng thời gian công ty chậm làm thủ tục miễn chưa đúng quy định.
Trong công tác quản lý nợ thuế, kết quả kiểm toán cho thấy, phân loại nợ chưa đúng tính chất của khoản nợ; chưa hạch toán đầy đủ, kịp thời nợ đọng tiền thuê đất, tiền sử dụng đất vào ứng dụng quản lý thuế tập trung. Khoanh nợ chi nhánh không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký nhưng trụ sở chính vẫn đang hoạt động; chưa rà soát ban hành quyết định chấm dứt hiệu lực quyết định khoanh tiền thuế nợ và tính chậm nộp khi người nộp thuế quay lại sản xuất, kinh doanh. Công bố thông tin chưa kịp thời hoặc không công bố thông tin doanh nghiệp bị cưỡng chế ngừng sử dụng hóa đơn trong năm 2024 trên trang thông tin điện tử cơ quan thuế; chưa cưỡng chế nợ thuế trên 90 ngày…
Bên cạnh đó, kết quả kiểm toán cũng chỉ rõ những bất cập, hạn chế trong công tác quản lý tài chính, kế toán của các doanh nghiệp nhà nước. Cụ thể: Qua kiểm tra đoàn công tác nhận thấy, UBND tỉnh Bến Tre chưa có ý kiến về phương án đề xuất sắp xếp lại, xử lý tài sản công (nhà, đất) của công ty đang quản lý…
Về chi thường xuyên, kết quả kiểm toán cũng chỉ rõ những tồn tại, hạn chế trong quản lý chi thường xuyên. Cụ thể, một số đơn vị xây dựng dự toán và giao dự toán chưa sát thực tế; chưa nộp trả ngân sách cấp trên kinh phí bổ sung có mục tiêu còn thừa, hết nhiệm vụ chi 155,169 tỷ đồng; ngân sách cấp tỉnh chưa theo dõi quản lý trình phân bổ sử dụng nguồn thu tiền bảo vệ, phát triển đất trồng lúa theo quy định; xác định chưa đúng số phải trích lập nguồn từ 40% số thu được để lại theo chế độ sau khi trừ các chi phí tại các đơn vị sự nghiệp công lập chưa đảm bảo chi thường xuyên.
Còn nhiều trường hợp cơ sở nhà, đất chưa sắp xếp, chưa lập phương án xử lý các cơ sở nhà đất, chưa thực hiện thủ tục giao đất, một số tài sản đã được UBND tỉnh phê duyệt phương án xử lý nhưng đến nay vẫn chưa thực hiện, đang để trống do chưa kêu gọi được nhà đầu tư, người dân chưa thống nhất ranh giới đất, vướng quy hoạch, chưa thống nhất giữa số liệu do đơn vị quản lý và số liệu tại cơ quan quản lý đất đai, nhiều khu đất của các đơn vị chưa được cơ quan có thẩm quyền cho thuê đất, thu tiền thuê đất theo quy định, tiềm ẩn việc gây lãng phí tài sản công;...
Nhiệm vụ chi thực hiện các chính sách an sinh xã hội do trung ương ban hành được ngân sách trung ương bố trí theo quy định, tuy nhiên, trung ương chưa cấp đủ kinh phí nên địa phương đã sử dụng ngân sách địa phương để chi trước việc thực hiện các chính sách an sinh xã hội với số tiền 247,631 tỷ đồng.
Theo kết quả kiểm toán, năm 2024, việc quản lý và sử dụng các khoản thu, chi ngân sách, tiền và tài sản nhà nước năm 2024 tại các đơn vị được kiểm toán về cơ bản tuân thủ quy định của Luật Ngân sách nhà nước, Luật Đầu tư công, Luật Quản lý, sử dụng tài sản công và các văn bản hướng dẫn. Tuy nhiên vẫn còn một số bất cập. Từ đó, KTNN phát hiện kiến nghị xử lý 956,655 tỷ đồng, gồm: Kiến nghị xử lý tài chính 788,425 tỷ đồng; kiến nghị giảm lỗ là 497,312 tỷ đồng; kiến nghị khác về xử lý tài chính 168,230 tỷ đồng.
Đồng thời, KTNN cũng điều chỉnh số liệu quyết toán ngân sách địa phương năm 2024 theo kết quả kiểm toán. Trong đó, tăng chi chuyển nguồn, giảm kết dư ngân sách năm 2024: 3.948,420 tỷ đồng; giảm chi chuyển nguồn, tăng kết dư ngân sách năm 2024: 63,732 tỷ đồng; thu viện trợ, huy động đóng góp giảm 792 triệu đồng, do các xã thuộc TP Bến Tre điều chỉnh giảm ghi thu ghi chi, tương ứng giảm chi đầu tư phát triển…
Trách nhiệm trong việc giảm gánh nặng chi ngân sách cho hoạt động của xe buýt, metro? 
Phát hiện nhiều tỉnh, thành phố “lỏng lẻo” trong thu chi ngân sách Nhà nước (bài 1) 
