Theo cáo trạng của Viện KSND tối cao: Dự án Đông-Tây được Chính phủ phê duyệt đầu tư bằng nguồn vốn vay ODA Nhật Bản và vốn đối ứng của Việt
Tại cuộc gặp này, ông Sĩ "ra giá" 20% giá trị hợp đồng, sau đó giảm xuống 15% vẫn không được phía PCI chấp thuận. Cuối cùng, khi bàn bạc lại, số tiền hối lộ cho ông Sĩ được thống nhất bằng 10% giá trị hợp đồng gói thầu tư vấn thiết kế, tương đương 900 ngàn USD.
Ngày 5/10/2001, PCI đã "vượt qua" 4 nhà thầu để ký hợp đồng tư vấn thiết kế với ông Sĩ.
Đối với gói thầu tư vấn giám sát, mức giá để PCI trúng thầu sau nhiều lần đàm phán được ông Sĩ "đóng đinh" là 11%.
Theo quy định, gói thầu tư vấn giám sát phải thực hiện bằng hình thức đấu thầu quốc tế. Nhưng với mục đích để PCI trúng thầu, ông Sĩ đã đề nghị UBND TP HCM có văn bản trình Chính phủ chỉ định PCI thực hiện gói thầu này, với lý do là nhằm "tiết kiệm thời gian thực hiện dự án". Ngày 21/3/2003, Chính phủ có văn bản chấp thuận kết quả chỉ định thầu, theo đó, PCI là nhà thầu thực hiện gói thầu tư vấn giám sát, có giá trị hơn 1,3 triệu USD, khoảng 1,6 tỷ yên và hơn 35 tỷ đồng Việt Nam.
Ông Huỳnh Ngọc Sĩ tại phiên tòa.
Sau khi được nhận thầu, PCI đã nhiều lần thực hiện việc trích phần trăm hối lộ ông Sĩ, với tổng số tiền là 262 ngàn USD. PCI đã thành lập Công ty Tư vấn thông tin kinh doanh (BIC) tại Hồng Kông nhằm hợp thức hóa việc chuyển tiền từ PCI vào tài khoản của BIC dưới danh mục chi phí cung cấp thông tin, để lập "quỹ đen" sử dụng nguồn tiền của quỹ này vào việc đưa hối lộ các quan chức nước ngoài, trong đó có ông Sĩ.
Quá trình điều tra, cơ quan điều tra còn xác định Huỳnh Ngọc Sĩ đã có hành vi làm lợi cho PCI bằng cách nâng lương cao hơn quy định cho chuyên gia tư vấn PCI. Theo biên bản thảo luận giữa Ngân hàng JBIC và Chính phủ Việt
Ngoài ra, ông Sĩ còn ký thanh toán tiền tạm ứng cho PCI khi công ty này chưa nộp bảo lãnh ngân hàng cho các khoản tiền tạm ứng và Ban quản lý dự án Đông -Tây chưa mở thư tín dụng không hủy ngang; ký chấp nhận thanh toán cho PCI trong khi hồ sơ yêu cầu thanh toán chưa có biên bản nghiệm thu khối lượng công việc tư vấn hoàn thành, trái với quy định của Bộ Tài chính...
Sau khi bị xét xử về hành vi "nhận hối lộ" lần này, có lẽ, ông Huỳnh Ngọc Sĩ sẽ còn phải tiếp tục hầu tòa. Vì theo tài liệu điều tra, các quan chức PCI khai còn 6 lần đưa tiền cho Huỳnh Ngọc Sĩ. Nhưng do thời hạn điều tra vụ án đã hết, cơ quan CSĐT Bộ Công an đã quyết định tách hành vi nhận hối lộ 6 lần để tiếp tục điều tra, thu thập tài liệu, chứng cứ để xử lý sau.
Đối với hành vi đưa hối lộ của các quan chức PCI cho ông Huỳnh Ngọc Sĩ đã bị Tòa án Tokyo Nhật Bản xử lý theo luật pháp Nhật Bản, nên Cơ quan CSĐT Bộ Công an không xem xét, xử lý tội danh này
