Với tư cách là Giám đốc Công ty TNHH Phương Lan, trong 3 năm (2007-2009), bà Trần Thị Kim Thu đã ký kết nhiều hợp đồng tín dụng vay vốn của hai chi nhánh Ngân hàng Đầu tư phát triển Việt Nam tại Bình Định và Phú Yên hơn 7,9 tỷ đồng và bị khởi kiện.
Tại hai bản án sơ thẩm, phúc thẩm của TAND tỉnh Phú Yên và Tòa phúc thẩm TAND tối cao tại Đà Nẵng tuyên xử buộc Công ty TNHH Phương Lan phải trả cho hai chi nhánh ngân hàng nêu trên với số tiền nợ gốc và lãi gần 10 tỷ đồng