Theo KLTT, trong năm 2020, 2021 và 9 tháng đầu năm 2022, Sở GTVT và các phòng, ban, đơn vị trực thuộc chưa tổ chức thực hiện hoặc có thực hiện nhưng chưa đầy đủ, chưa đúng một số quy định của pháp luật về PCTN.
Trong đó, việc quản lý, sử dụng mặt bằng, nhà, đất, có 3 mặt bằng Sở GTVT đang bỏ trống, không sử dụng cần phải xây dựng phương án để đưa vào khai thác, sử dụng, gồm: Mặt bằng tại số 115/2 đường số 5, khu phố 2, phường Linh Xuân, quận Thủ Đức (cũ); Trạm điều hành xe buýt Sài Gòn, địa chỉ số 01 Công trường Quách Thị Trang, quận 1; Bến xe buýt Colivan - Ban quản lý Khu công viên lịch sử văn hóa dân tộc, quận 9 (cũ).
Đồng thời, 11 mặt bằng khác Sở GTVT đã được đưa vào phương án sắp xếp, xử lý trình cơ quan có thẩm quyền, nhưng chưa được phê duyệt phương án xử lý.
Đáng nói, việc thực hiện nhiệm vụ thu ngân sách nhà nước (thu phí, lệ phí) và thu sự nghiệp, dịch vụ trong năm 2020, 2021 của Sở GTVT đã không đạt so với kế hoạch năm được giao. Cụ thể, năm 2020, số thực thu phí, lệ phí chỉ đạt hơn 433 tỷ đồng/hơn 539 tỷ đồng so với kế hoạch; số tiền thực nộp ngân sách nhà nước là hơn 427 tỷ đồng/hơn 533 tỷ đồng so với kế hoạch.
Năm 2021, số thực hiện thu phí, lệ phí là hơn 318 tỷ đồng/hơn 457 tỷ đồng, so với kế hoạch; số tiền thực nộp ngân sách nhà nước là gần 312 tỷ đồng/gần 452 tỷ đồng so với kế hoạch. Kết quả thực hiện thu sự nghiệp và dịch vụ, năm 2020 chỉ đạt gần 165 tỷ đồng/gần 193 tỷ đồng dự toán kế hoạch. Năm 2021, dự toán kế hoạch hơn 148 tỷ đồng nhưng chỉ thực hiện được hơn 139 tỷ đồng.
Việc thực hiện nhiệm vụ chi và quyết toán kinh phí thực tế năm 2020, 2021 thấp hơn so với dự toán được giao (năm 2020 thấp hơn 43,6 tỷ đồng và năm 2021 thấp hơn 75,4 tỷ đồng)…
Nguồn thu từ việc cho thuê hộp đèn, bảng quảng cáo tại các tuyến đường, công viên, tiểu đảo, dải phân cách, sau khi thực hiện nộp thuế theo quy định tại Trung tâm Quản lý điều hành giao thông đô thị còn hơn 1,8 tỷ đồng và Trung tâm Quản lý Hạ tầng giao thông đường bộ còn hơn 8,3 tỷ đồng (các số tiền này đang gửi tại ngân hàng). Những số tiền này cần phải nộp vào ngân sách nhà nước.
KLTT cũng nêu rõ việc xử phạt vi phạm hành chính (VPHC) trong lĩnh vực giao thông vẫn còn nhiều quyết định chưa được thực hiện. Trong đó, quyết định xử lý VPHC thuộc thẩm quyền của Chánh Thanh tra Sở GTVT tính đến ngày 30/9/2022 vẫn còn 2.258/17.916 (tỷ lệ 13%) quyết định VPHC chưa thực hiện, với số tiền chưa thu được để nộp ngân sách nhà nước là hơn 22,3 tỷ đồng/96,5 tỷ đồng (tỷ lệ 23%).
Trong khi đó, quyết định xử lý VPHC do Thanh tra Sở GTVT tham mưu UBND TP Hồ Chí Minh ban hành tính đến ngày 30/9/2022 là 53/79 quyết định xử phạt chưa thực hiện, với số tiền chưa thu được để nộp ngân sách nhà nước là hơn 5,5 tỷ đồng, với tỷ lệ 63%.
Qua kiểm tra ngẫu nhiên 275 hồ sơ xử lý VPHC (trong năm 2020-2021 và 9 tháng đầu năm 2022), Thanh tra đã ghi nhận một số hạn chế, thiếu sót như: Chưa thực hiện đánh bút lục, lưu trữ theo quy định; gửi quyết định xử phạt cho cá nhân, tổ chức không đúng thời gian quy định, biên bản tạm giữ không phù hợp về mặt thời gian; lập biên bản và ban hành quyết định xử phạt VPHC ghi không đầy đủ thông tin; tạm giữ giấy phép thi công nhưng không có biên bản và quyết định là không đúng quy định.
Việc thực hiện các quy định về kê khai, công khai tài sản, thu nhập, hay giải trình biến động tài sản, thu nhập tăng thêm so với năm liền kề, KLTT cũng cho rằng còn nhiều thiếu sót, chưa chính xác, đầy đủ nội dung…
Từ các kết luận nêu trên, Chánh Thanh tra thành phố kiến nghị Chủ tịch UBND thành phố chỉ đạo Giám đốc Sở GTVT chấn chỉnh, nâng cao hiệu quả công tác PCTN, quản lý thu ngân sách, nhất là chống thất thu, khắc phục tình trạng chậm thực hiện các quyết định xử phạt, thực hiện thu đúng, đủ nộp ngân sách nhà nước…
Tổ chức kiểm điểm trong tập thể lãnh đạo Sở và các đơn vị, phòng ban, cá nhân thuộc Sở liên quan đến những tồn tại, thiếu sót như KLTT đã nêu, tùy theo tính chất mức độ mà có biện pháp xử lý phù hợp quy định.
Chuyển đổi vị trí công tác 1.118 cán bộ, công chức, viên chức để phòng ngừa tham nhũng 
Tập trung kiểm tra, phòng ngừa tham nhũng tại các dự án trọng điểm 
Chuyển đổi vị trí công tác gần 1 vạn cán bộ để phòng ngừa tham nhũng 
