Ngoài ra, hiện tượng kháng thuốc cũng xuất hiện ở một số loại thuốc điều trị sốt rét thế hệ mới. Bình thường, chỉ sau điều trị 3 ngày là hết, nhưng nay, phải tăng số ngày điều trị và phải phối hợp với các loại thuốc khác, chứ không thể điều trị một loại thuốc như trước. Điều tra của Cục Y tế dự phòng còn chỉ ra, các địa phương bị kháng thuốc cao nhất là 2 xã ở huyện Bù Gia Mập (Bình Phước) và xã Đắk Nhau của tỉnh Đắk Nông.
Để ngăn chặn tình trạng sốt rét kháng thuốc, Cục Y tế dự phòng đã chỉ đạo đồng loạt nhiều biện pháp: Đẩy mạnh tuyên truyền giáo dục về phòng, chống bệnh sốt rét và đặc biệt là tăng cường quản lý các ca bệnh cũng như quản lý chặt chẽ thuốc sốt rét. Đây là loại thuốc cấp miễn phí, nhưng ở một vài nơi, vẫn có hiện tượng bán thuốc. Vì thế, Cục chỉ đạo tăng cường quản lý để tư nhân tuyệt đối không được bán thuốc sốt rét.
TS Nguyễn Văn Bình giải thích thêm: Khi đã có tỉ lệ kháng thuốc, nếu để việc mua bán thuốc diễn ra trên thị trường, dễ dẫn đến người bệnh không được uống đủ liều, càng khiến cho tình trạng kháng thuốc tăng cao. Bên cạnh đó, trong công tác điều trị, phải tăng cường phối hợp không chỉ riêng thuốc Artemisinin. Hiện tất cả những vùng có bệnh sốt rét lưu hành, thuốc sốt rét vẫn được cấp đến tận tuyến xã