Sau thời gian Luật 71 ban hành, không được áp thuế GTGT, ngành nông nghiệp vừa thiệt đơn vừa thiệt kép, người nông dân là đối tượng gánh chịu.
Hiểu một cách đơn giản, mặt hàng phân bón thuộc đối tượng “không chịu thuế GTGT” theo Luật 71. Vì vậy, các doanh nghiệp phân bón không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào là hàng hoá, dịch vụ, thiết bị máy móc, đầu tư cho sản xuất phân bón. Chính vì không được khấu trừ nên các hoạt động sản xuất phân bón phải tính vào chi phí sản phẩm, tức là tính vào giá thành sản phẩm, tác động đẩy giá phân bón lên. Vậy ai là người chịu?
Chính là người nông dân, người sử dụng vật tư đó phải chịu. Trong khi vật tư đó chiếm khoảng 40-60% giá thành của các sản phẩm nông nghiệp, mà nó là sản phẩm thiết yếu đầu vào không thể thiếu được. Như vậy, nó tác động trực tiếp tới giá thành sản phẩm mà người nông dân làm ra. Cuối cùng, người nông dân phải gánh chịu. Nếu được khấu trừ, sản phẩm được khấu trừ thì giá thành giảm xuống.
Một tác động nữa là giá thành phân bón sản xuất trong nước tăng thì bất lợi trong cạnh tranh với sản phẩm phân bón nhập khẩu. Mỗi năm ngành nông nghiệp tiêu thụ 11-12 triệu tấn phân bón, trong đó các sản phẩm sản xuất trong nước khoảng 8 triệu tấn, còn lại nhập khẩu. Buộc phải nhập khẩu vì có những sản phẩm Việt Nam chưa sản xuất được. Nhập khẩu thì cạnh tranh bất bình đẳng vì bên nước họ chịu thuế GTGT nên được khấu trừ và giá nhập vào thấp hơn so với giá sản xuất trong nước.
Ngành nông nghiệp, người nông dân và doanh nghiệp sản xuất phải gánh chịu những bất cập này 10 năm qua.
Trong tỷ trọng GDP của quốc gia, ngành nông nghiệp chiếm tỷ trọng ngày càng thấp, thể hiện quá trình công nghiệp hoá, hiện đại hoá của đất nước, nhưng vai trò của nông nghiệp trong GDP lại rất cao, là bệ đỡ nền kinh tế. Trong bối cảnh này, có thể thấy một số bất cập của Luật 71 này với nền kinh tế nói chung, với ngành nông nghiệp và bà con nông dân nói riêng.
Theo ông Nguyễn Trí Ngọc - Phó Chủ tịch Hiệp hội Phân bón Việt Nam, hiện có vài trăm nhà máy sản xuất phân bón các loại từ nhỏ cho tới lớn. Trong nông nghiệp sử dụng hàng năm vào khoảng 11-12 triệu tấn phân bón các loại. Con số này để nói lên ý rằng phân bón là hàng sản xuất nông nghiệp, mà nông nghiệp trong chính sách của các quốc gia coi đây là mặt hàng cần được ưu tiên với các loại hàng hoá khác.
Được biết 60% lượng phân bón chúng ta nhập khẩu là từ Nga và Trung Quốc. Nga có chính sách thuế GTGT 20%, Trung Quốc là 11% dự kiến giảm xuống 9%. Các nước khác như Malaysia, Indonesia, Thái Lan đều coi phân bón là mặt hàng chịu thuế GTGT. Ví dụ Thái Lan là 8%, Malaysia cũng xấp xỉ. Như vậy thì cả thế giới đều tính thuế GTGT cho phân bón, không trừ quốc gia nào cả. Tư duy của họ là sản xuất nông nghiệp - đối tượng cần được ưu tiên, phải được phát triển một cách bền vững để tạo nền tảng cho xã hội.
Còn Việt Nam, chúng ta coi trọng nông nghiệp, có rất nhiều nghị quyết, nhiều chủ trương, nhưng những chính sách cụ thể thì chúng ta phải học tập, nghiên cứu vì hội nhập ngày càng sâu. Một năm Việt Nam xuất khẩu xấp xỉ 55 tỷ USD, mà là xuất siêu. Một ngành mà đóng góp để thu về ngoại tệ cho đất nước là ngành nông nghiệp, mà đấy là trong bối cảnh hàng năm thiên tai, biến đổi khí hậu, dịch bệnh. Phải thừa nhận là nông nghiệp là trụ đỡ của nền kinh tế. Nên chăng cái trụ đỡ này cần được hỗ trợ một cách toàn diện, đó là tầm vĩ mô.
Còn cụ thể trụ đỡ này ai là người làm nên? Chính là hàng triệu hộ nông dân. Hàng triệu người nông dân đó rất cần được quan tâm để họ đầu tư, phát triển nông nghiệp bền vững theo chủ trương của chúng ta hiện nay là phát triển nông nghiệp xanh, nông nghiệp bền vững, sinh thái. Vậy cần nghiên cứu, hỗ trợ, và hỗ trợ hiệu quả nhất là chính sách thuế. Đó là tác động đến hàng hoá đầu vào mà đang chiếm đến 40-60% giá thành sản xuất.
"Theo như tôi biết sắc thuế GTGT là nguồn thu lớn, là một trong những trụ cột của hệ thống thuế, nhưng mà phải làm sao để bền vững, hiệu quả thì nó đang bị tác động bởi nhiều bất cập. Vậy tại sao chúng ta không hiểu rõ điều đó để thấy rằng điều chỉnh thuế GTGT đối với phân bón từ nhóm không chịu thuế sang chịu thuế với mức thuế 5% cần thiết như thế nào. Từ bài học quốc tế sang bài học của chúng ta, thực tiễn của sản xuất và nhìn vào tương lai đã chỉ rõ như vậy. Nó cũng rất rành mạch, rõ ràng. Đứng ở góc độ người làm nông nghiệp, chúng tôi ý thức và thấm thía. Bài học từ thế giới rõ ràng là như vậy" - ông Ngọc khẳng định.
Sửa Luật Thuế giá trị gia tăng: Sẽ điều chỉnh thuế suất đối với một số mặt hàng phân bón 
Sửa đổi Luật Thuế giá trị gia tăng : Cần khuyến khích sản xuất trong nước hơn là nhập khẩu 
