Trước đó, Dương Tự Trọng đã bị Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an khởi tố bị can cùng với 7 đối tượng khác về hành vi tổ chức cho anh trai là Dương Chí Dũng, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines), nguyên Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam trốn ra nước ngoài.
Mở rộng vụ án này đã phát hiện thêm hành vi phạm tội của Dương Tự Trọng, thể hiện như sau:
Năm 2001 - 2002, khi Dương Tự Trọng đang là Trưởng phòng Cảnh sát hình sự - Công an TP Hải Phòng, Trọng có quan hệ thân thiết với Đồng Xuân Phong, cán bộ đội chống buôn lậu Cục Hải quan Hải Phòng. Năm 2009, Phong bị Công an TP HCM khởi tố điều tra, truy nã về tội buôn lậu. Lúc này, Dương Tự Trọng là Phó Giám đốc Công an TP Hải Phòng, biết Công an TP HCM truy nã Phong, nhưng vẫn liên lạc, trao đổi với Phong. Khi anh trai Trọng là Dương Chí Dũng bị Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an ra lệnh bắt, Trọng đã trao đổi qua điện thoại với Phong, yêu cầu Phong phối hợp với "đàn em" của Trọng để tổ chức cho Dương Chí Dũng trốn đi nước ngoài.
Như vậy, lợi dụng chức vụ, quyền hạn của mình, Trọng đã không chỉ đạo các đơn vị nghiệp vụ của Công an TP Hải Phòng bắt giữ Phong.
Ngoài ra, vào tháng 4/2012, Dương Tự Trọng đã cung cấp thông tin của 2 người không có thật, yêu cầu cấp dưới cấp giấy chứng minh nhân dân cho "hai người đó" và dán ảnh của Trọng vào để "phục vụ ý đồ riêng".
Thực chất, một trong hai giấy chứng minh nhân dân nêu trên được Trọng sử dụng để hợp pháp hóa việc đăng ký giấy khai sinh (tên cha) cho 2 con gái của chị Hoàng Kim N., trú tại quận Cầu Giấy, Hà Nội. Được biết, Dương Tự Trọng quen biết chị N. từ năm 2002, khi chị này đang là sinh viên một trường đại học tại Hải Phòng