Quá trình điều tra, làm rõ Công ty Vàng bạc đá quý Sài Gòn SJC là doanh nghiệp Nhà nước trực thuộc UBND TP HCM. Ngày 30/6/2006, công ty ra quyết định thành lập chi nhánh tại miền Bắc có trụ sở tại số 5 Xuân Diệu, quận Tây Hồ, Hà Nội. Bà Hoàng Thị Thu Hà đảm nhiệm cương vị Giám đốc chi nhánh từ ngày 1/12/2007.
Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ của chi nhánh, ngày 28/12/2007, Hoàng Thị Thu Hà yêu cầu thủ kho kiêm thủ quỹ Lê Thị Thu Hà xuất quỹ tiền mặt của chi nhánh 7 tỷ đồng nộp vào tài khoản cá nhân của Hoàng Thị Thu Hà mở tại Chi nhánh Ngân hàng TMCP Việt Á tại Hà Nội...
Đến ngày 31/12/2007, theo lệnh chi của Hoàng Thị Thu Hà, thủ quỹ Lê Thị Thu Hà đã rút từ tài khoản cá nhân của Hoàng Thị Thu Hà 6 tỷ đồng nộp trả tiền hàng cho Công ty Vàng bạc đá quý Sài Gòn SJC. Số tiền 1 tỷ đồng còn lại, Hoàng Thị Thu Hà sử dụng mua ngôi nhà tại đường Nguyễn Văn Trỗi, phường Phương Liệt, quận Thanh Xuân, Hà Nội.
Theo báo cáo ngày 12/10/2009 của Chi nhánh SJC miền Bắc thì Hoàng Thị Thu Hà mới trả được cho Công ty Vàng bạc đá quý Sài Gòn SJC 538 triệu đồng. Ngoài ra, cơ quan điều tra còn làm rõ ngày 21/1/2008, ông Ưng Hồng ở quận 3, TP HCM, là người quen của ông Trương Công Ấn (cán bộ Phòng kinh doanh Công ty Vàng bạc đá quý Sài Gòn SJC) có gửi 400 triệu đồng vào tài khoản cá nhân của Hoàng Thị Thu Hà mở tại Ngân hàng TMCP Việt Á - Chi nhánh Hà Nội với mục đích nhờ Hà chuyển giúp cho người quen là bà Mây ở đường Trường Chinh, Hà Nội. Tuy nhiên, bà Hà không sử dụng số tiền trong tài khoản của mình mà yêu cầu thủ quỹ Chi nhánh SJC miền Bắc xuất từ quỹ của chi nhánh 400 triệu đồng chuyển cho bà Mây.
Cơ quan điều tra cũng đang tiếp tục làm rõ việc kinh doanh vàng miếng SJC và vàng nguyên liệu dẫn đến thua lỗ, thất thoát khoảng 16 tỷ đồng tại Chi nhánh Công ty Vàng bạc đá quý Sài Gòn SJC tại miền Bắc trong thời gian từ đầu năm 2007 đến cuối năm 2008