Trước đó, chiều 11/3, cơ quan Công an đã khám xét chỗ ở và nơi làm việc của Nguyễn Văn Quá thu giữ rất nhiều tiền, vàng, sổ tiết kiệm... Qua tài liệu của cơ quan điều tra, vào khoảng giữa năm 2013, từ đơn tố giác của quần chúng, Công an tỉnh Hà Giang đã tiến hành xác minh, phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật của lãnh đạo và một số nhân viên bến xe khách, trong đó có việc thu phí dịch vụ không đúng quy định bỏ túi, gây thiệt hại hàng trăm triệu đồng.
Kết quả điều tra xác định: Trong thời gian từ tháng 6/2012 đến tháng 3/2013, BQL Bến xe khách Hà Giang thực hiện ký hợp đồng với các doanh nghiệp vận tải về việc tổ chức vận chuyển hành khách bằng phương tiện ôtô. Ngoài ra, Hợp tác xã xe khách cũng ký hợp đồng với BQL vận chuyển hành khách hằng ngày khi xe xuất bến phải nộp 3 loại khoản phí gồm: Dịch vụ ra vào bến, dịch vụ đỗ đêm (2 dịch vụ này bắt buộc phải nộp) và dịch vụ hoa hồng bán vé (nhà khách phải bán được vé mới có nguồn hoa hồng).
Lợi dụng việc mập mờ này, Nguyễn Thị Tho (44 tuổi), trú tại tổ 9, phường Nguyễn Trãi, TP Hà Giang và Ngô Thị Mai (24 tuổi), trú tại xã Hùng An, huyện Bắc Quang, cả hai là nhân viên thu phí của BQL bến xe khách dù không bán được vé nhưng vẫn thu hoa hồng hưởng lợi hoặc trong quá trình thu dịch vụ hoa hồng bán vé không ghi vào sổ sách biên lai, nếu có ghi thì lại ghi ít hơn số tiền thực tế mà các lái xe nộp cho BQL bến xe khách.
Về phía đối tượng Nguyễn Văn Quá với chức trách là người đứng đầu đơn vị nhưng đã thiếu trách nhiệm trong công tác quản lý, hướng dẫn, đôn đốc, kiểm tra, giám sát dẫn tới việc cấp dưới lợi dụng công việc được giao để trục lợi gây thiệt hại nghiêm trọng đến tài sản của Nhà nước, của cơ quan và gây ảnh hưởng đến uy tín của tổ chức.
Hiện cơ quan điều tra cho hai nhân viên thu phí được tại ngoại do Ngô Thị Mai đang nuôi con nhỏ, còn Nguyễn Thị Tho thành khẩn khai báo, khắc phục nộp lại số tiền hơn 16 triệu đồng