Ngày 24/10/2005, cơ quan CSĐT Công an Khánh Hòa khởi tố Nguyễn Tấn Vũ về tội tham ô tài sản; Đoàn Tư Ái về hai tội lợi dụng chức vụ quyền hạn, lạm quyền trong khi thi hành công vụ, Nguyễn Thị Thanh Thủy ba tội tham ô tài sản, thiếu trách nhiệm gây thiệt hại nghiêm trọng tài sản nhà nước và lợi dụng chức vụ quyền hạn; Phạm Thị Yến Hằng về tội thiếu trách nhiệm gây thiệt hại nghiêm trọng tài sản nhà nước, còn Võ Bá Cừ cũng vào vòng tố tụng về tội tham ô tài sản.
Hơn hai năm sau đó, ngày 15/11/2007, Viện KSND Khánh Hòa đã ra quyết định đình chỉ bị can về tội tham ô tài sản đối với Nguyễn Thị Thanh Thủy, Võ Bá Cừ và truy tố 4 bị can về các tội danh còn lại như cơ quan điều tra đã khởi tố với số tiền thiệt hại 1,5 tỷ đồng.
Tại phiên xử sơ thẩm ngày 1/9/2011, công tố viên đã chuyển tội danh bị cáo Vũ từ tham ô tài sản sang giả mạo giấy tờ trong công tác và chuyển tội danh của hai bị cáo Ái, Thủy từ lợi dụng chức vụ quyền hạn sang thiếu trách nhiệm, nhưng không được TAND tỉnh Khánh Hòa chấp nhận. Án sơ thẩm tuyên xử bị cáo Đoàn Tư Ái 2 năm 6 tháng tù về tội cố ý làm trái quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng, Nguyễn Tấn Vũ 3 năm tù về tội lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, Nguyễn Thị Thanh Thủy 2 năm 7 ngày tù về tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
Cùng tội danh này, Phạm Thị Yến Hằng bị xử phạt 18 tháng tù nhưng cho hưởng án treo. Ngoài ra, TAND Khánh Hòa còn tuyên bố hai bị cáo Ái, Thủy không phạm tội lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ...
Ngày 9/3/2012, Tòa phúc thẩm TAND tối cao Đà Nẵng phán quyết nguyên án sơ thẩm đối với các bị cáo, theo đó vụ án đã khép lại sau hơn 6 năm tố tụng