Theo hồ sơ vụ án, tối 19/6/2008, Nguyễn Thiên Lý làm thủ tục xuất cảnh sang Thái Lan thì bị Đội kiểm tra hành lý hải quan phát hiện người này cất giấu 45.000 USD không khai báo hải quan, không có giấy phép mang ngoại tệ ra nước ngoài. Sau đó, Lý được trả lại 7.000 USD theo quy định, còn lại 38.000 USD bị tạm giữ, chờ xử lý.
Quá trình điều tra, Lý khai sở dĩ mang theo tiền lớn như trên là định sang Thái Lan làm đẹp. Về nguồn gốc số tiền trên, Lý khai là do trước đó mua, bán chứng khoán. Tuy nhiên, sau đó Lý vẫn bị truy tố về tội danh trên.
Với hành vi phạm tội như trên, xử sơ thẩm lần 1, ngày 21/4/2009, TAND quận Tân Bình đã áp dụng khoản 3, Điều 254 BLHS xử phạt Lý mức án 5 năm tù; tịch thu toàn bộ số tiền 38.000 USD.
Gần 5 tháng sau (ngày 15/9/2009), xử phúc thẩm TAND TP Hồ Chí Minh đã chấp nhận kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt của Lý, giảm án xuống còn 4 năm tù. Vụ án sau đó đã bị TAND Tối cao có kháng nghị, sau đó Tòa hình sự TAND Tối cao có quyết định giám đốc thẩm, tuyên hủy cả hai bản án sơ thẩm và phúc thẩm nói trên để xét xử lại theo thủ tục chung.
Mới đây, ngày 26/8/2011, TAND quận Tân Bình xử sơ thẩm lần 2 chỉ tuyên phạt Lý 3 năm tù.
Ngay sau đó, bản án đã bị VKSND cùng cấp kháng nghị yêu cầu tăng án vì mức hình phạt chưa phù hợp với tính chất, mức độ hành vi do bị cáo gây ra. Theo nhận định của cơ quan công tố, Lý bị truy tố vào khoản 3 là tội rất nghiêm trọng, vì vậy bản án TAND quận Tân Bình áp dụng nhiều tình tiết giảm nhẹ như "phạm tội lần đầu, thuộc trường hợp ít nghiêm trọng"… là không đúng...