Như đã đưa tin, vì mục đích vụ lợi cho nội bộ BQL dự án, trong đó có cá nhân mình, Huỳnh Ngọc Sĩ và Lê Quả đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao là Giám đốc và Phó Giám đốc BQL dự án, cố ý làm trái điều 8 Nghị định số 14/1998 (ngày 6/3/1998) và điều 6, điều 11 Quyết định số 20/1999 (ngày 25/2/1999) của Bộ Tài chính gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước hơn 1,1 tỉ đồng.
Với hành vi và hậu quả này, Viện KSND tối cao đã truy tố Huỳnh Ngọc Sĩ và Lê Quả theo khoản 3 điều 281 Bộ luật Hình sự về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" (mức án từ 10 đến 15 năm tù). Cuối tháng 9/2009, TAND TP Hồ Chí Minh đã đưa vụ án ra xét xử và chỉ áp dụng khoản 1 điều 281, xử phạt Huỳnh Ngọc Sĩ 3 năm tù, Lê Quả 2 năm tù.
Ngay sau đó, Viện KSND TP HCM đã có kháng nghị Tòa phúc thẩm TAND tối cao tại TP HCM xét xử phúc thẩm theo hướng tăng hình phạt đối với bị cáo Huỳnh Ngọc Sĩ và Lê Quả cho phù hợp với tội danh và điều khoản đã bị truy tố. Ngoài ra, cả hai bị cáo cũng có đơn kháng cáo xin giảm hình phạt.
Ngoài hành vi như đã nói ở trên, mới đây bị cáo Huỳnh Ngọc Sỹ vừa bị cơ quan CSĐT Bộ Công an khởi tố về tội "Nhận hối lộ"