Theo Quỹ Bảo vệ thiên nhiên thế giới (WWF), vùng cảnh quan Nam Trường Sơn của Việt Nam được đánh giá là khu vực có đa dạng sinh học cao, với tổng diện tích 3,3 triệu ha, trong đó diện tích có rừng hơn 1,4 triệu ha, hầu hết là rừng tự nhiên. Trong vùng có khoảng 4.000 loài thực vật bậc cao, 100 loài thú, gần 400 loài chim, hơn 100 loài bò sát và lưỡng cư.
Theo thống kê, hiện nay vùng cảnh quan Nam Trường Sơn có gần 200 loài thực vật bậc cao và 123 loài động vật có xương sống trên cạn có giá trị bảo tồn cao. Tuy nhiên, những năm gần đây, diện tích rừng tự nhiên trong vùng bị suy giảm mạnh về diện tích và chất lượng rừng, trung bình mỗi năm có khoảng 27.300ha rừng bị mất. Hiện độ che phủ rừng trên toàn vùng đạt 35,9%, thấp hơn so với Tây Nguyên và cả nước