Dự án thủy điện Đăk Ruồi 2 (công suất 14 MW) và Đăk Ruồi 3 (công suất 3 MW) được UBND tỉnh Kon Tum cấp Giấy chứng nhận đầu tư cho Công ty Cổ phần thủy điện VRG Ngọc Linh (thuộc Tập đoàn Công nghiệp Cao su Việt Nam) năm 2011, tiến độ đến năm 2014 hoàn thành với tổng mức đầu tư là 511,5 tỷ đồng.
Dự án triển khai trên địa bàn huyện Đăk Glei, tỉnh Kon Tum. Đến năm 2014, các dự án này vẫn chưa hoàn thành nên tỉnh Kon Tum cho gia hạn đến năm 2021. Trong các nội dung gia hạn có yêu cầu chủ đầu tư đến tháng 12/2021 phải đưa dự án vào hoạt động, sản xuất. Hết thời hạn này, chủ đầu tư chưa triển khai thi công các hạng mục chính của dự án nên không thể đưa vào hoạt động. Vì vậy, huyện Đăk Glei đề nghị UBND tỉnh Kon Tum thu hồi Giấy chứng nhận đầu tư của dự án thủy điện Đăk Ruồi 2 và Đăk Ruồi 3. Đồng thời, đề nghị Bộ Công thương loại bỏ 2 dự án thủy điện nói trên ra khỏi quy hoạch thủy điện vừa và nhỏ của tỉnh Kon Tum.
Sau khi rà soát, đến cuối tháng 10/2023, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Kon Tum Nguyễn Ngọc Sâm đã ký quyết định thu hồi toàn bộ 1.295.529m2 đất đã cho Công ty Cổ phần Thủy điện VGR Ngọc Linh thuê và giao quản lý để xây dựng thủy điện Đăk Ruồi 2 và Đăk Ruồi 3. Đồng thời, giao diện tích đất thu hồi cho UBND thị trấn Đăk Glei, huyện Đăk Glei quản lý theo quy định.
Tiếp đó, thực hiện ý kiến của Thanh tra Chính phủ, UBND tỉnh Kon Tum đã chỉ đạo Sở TN&MT cùng các đơn vị, địa phương liên quan tiến hành rà soát, lập hồ sơ xử lý 4 chủ đầu tư nhà máy thuỷ điện do có nhiều vi phạm khi xây dựng, vận hành dự án. Cụ thể, xử phạt Công ty CP Thuỷ điện Đức Bảo (chủ đầu tư Nhà máy thủy điện Đăk Trưa 1, 2 xây dựng tại huyện Đăk Hà, tỉnh Kon Tum) hơn 217 triệu đồng do có hành vi đổ thải sai vị trí; lấn chiếm đất với diện tích hơn 10.500m2, trong đó đất rừng sản xuất là 9.100m2. Phạt Công ty CP Thuỷ điện Thiên Tân (chủ đầu tư nhà máy Thủy điện Đăk Re xây dựng tại huyện Kon Plông, tỉnh Kon Tum và huyện Ba Tơ, tỉnh Quảng Ngãi) số tiền hơn 224 triệu đồng do có hành vi đổ thải sai vị trí, lấn chiếm 14.097m2 đất, trong đó có 596m2 đất rừng sản xuất để làm bãi đổ thải, các hạng mục nhà máy. Phạt Công ty CP Thủy điện Vĩnh Sơn - Sông Hinh (Chủ đầu tư nhà máy Thủy điện Thượng Kon Tum xây dựng tại huyện Kon Plông, tỉnh Kon Tum) hơn 210 triệu đồng về các hành vi đổ thải sai vị trí, lấn chiếm 121.500m2 đất để xây dựng đường hầm dẫn nước thủy điện. Phạt Công ty TNHH GKC (chủ đầu tư nhà máy Thủy điện Đăk Lô 1, 2, 3 xây dựng tại huyện Kon Plông, tỉnh Kon Tum) 70 triệu đồng vì hành vi nâng công suất nhà máy điện từ 5,5 MW lên 7,7 MW khi chưa được cấp thẩm quyền cho phép.
Trước đó, vào tháng 3/2022, Tổ Điều tra vụ án Hình sự - Chi cục Kiểm lâm tỉnh Kon Tum cũng phát hiện quá trình tích nước lòng hồ, ngăn dòng chảy của Thủy điện Thượng Kon Tum đã làm nước dâng, ngập ra ngoài diện tích ranh giới được thu hồi chuyển mục đích sử dụng rừng và làm cho 25,36ha rừng bị chết khô, thảm thực vật thuộc hệ sinh thái rừng bị thiệt hại.
Cơ quan chức năng xác định, trách nhiệm gây hậu quả thiệt hại về rừng do ngập nước tại lòng hồ Thủy điện Thượng Kon Tum thuộc về Công ty Cổ phần đo đạc và bản đồ viễn thám trong quá trình khảo sát, đo đạc, xử lý số liệu; Công ty Cổ phần thủy điện Vĩnh Sơn - Sông Hinh (chủ đầu tư Thủy điện Thượng Kon Tum) trong việc ký kết hợp đồng, nghiệm thu thành quả đối với hồ sơ tư vấn, thiết kế đo đạc ranh giới lòng hồ và các tổ chức, cá nhân liên quan trong việc giám sát, thẩm định hồ sơ trước khi trình UBND tỉnh Kon Tum phê duyệt diện tích thu hồi, chuyển đổi mục đích sử dụng rừng.
Trên cơ sở kết quả làm việc, Chi cục Kiểm lâm tỉnh Kon Tum đã ra quyết định khởi tố vụ án "Hủy hoại rừng" xảy ra trong quá trình tích nước lòng hồ, ngăn dòng chảy của Thủy điện Thượng Kon Tum. Đồng thời, chuyển hồ sơ vụ việc cho Công an tỉnh Kon Tum tiếp tục điều tra, xử lý theo thẩm quyền.
Thanh tra Chính phủ xác định: Năm 2019, UBND tỉnh Kon Tum đã có văn bản tạm dừng chủ trương khảo sát, đánh giá tiềm năng, lập hồ sơ bổ sung các công trình thủy điện vừa và nhỏ vào quy hoạch nhưng chưa thực hiện triệt để (sau thời điểm ban hành văn bản vẫn có 26 thủy điện được bổ sung quy hoạch). Do đó, Thanh tra Chính phủ đề nghị tỉnh Kon Tum rà soát, điều chỉnh, loại bỏ bớt các dự án thủy điện nhỏ và vừa nhằm tránh nguy cơ xảy ra lũ lụt do thủy điện chiếm đất rừng, làm ảnh hưởng đến môi trường và tài nguyên rừng.
Kon Tum phạt các chủ đầu tư nhà máy thủy điện hơn 720 triệu đồng 
