Theo quy hoạch, chỉ giới đường đỏ: bắt đầu từ điểm 1 đến điểm 2 là khu depot và đường vào depot -từ điểm giao của đường 70 với đường quy hoạch phía tây bắc khu depot; từ điểm 2 đến điểm 3 là đường 32 đoạn từ Nhổn đến cầu vượt đường sắt hiện có; từ điểm 3 đến điểm 4 là đoạn từ cầu vượt đường sắt đến nút Mai Dịch; từ điểm 4 đến điểm 5 là chỉ giới đoạn từ nút Mai Dịch đến Cầu Giấy; từ điểm 5 đến điểm 6 là đoạn từ Cầu Giấy đến Công viên Thủ Lệ đều được xác định phù hợp Chỉ giới đường đỏ đã được UBND TP phê duyệt.
Riêng Chỉ giới đường đỏ đường Kim Mã, đoạn từ Công viên Thủ Lệ đến khách sạn Deawoo - từ điểm 6 đến điểm 7- được xác định chỉ giới đường đỏ phía Nam của đường Kim Mã của đoạn này phù hợp với Hồ sơ cắm mốc tuyến đường Cầu Giấy-Kim Mã-Hùng Vương do Viện quy hoạch xây dựng Hà Nội lập.
Đồng thời điều chỉnh cục bộ Chỉ giới đường đỏ phía Bắc theo đề xuất của tư vấn Systra và Viện Quy hoạch Xây dựng Hà Nội, cho phép cải tạo phần đất phía Nam công viên Thủ Lệ và dải đất cây xanh phía bắc đường Kim Mã - đảm bảo tối thiểu lòng đường 6 làn xe, vỉa hè hai bên rộng 2m-5m.
Tiếp đó, chỉ giới đường đỏ đoạn tuyến từ khách sạn Daewoo đến phố Núi Trúc; chỉ giới tuyến đường quy hoạch qua khu vực dân cư phường Kim Mã là từ nút giao của đường Kim Mã-Núi Trúc đến nút giao của đường Giang Văn Minh-Giảng Võ-Cát Linh; chỉ giới đường đỏ đường Cát Linh; chỉ giới đường đỏ phố Quốc Tử Giám hiện có; chỉ giới đường đỏ tuyến đường quy hoạch kéo dài phố Quốc Tử Giám đến ga Hà Nội; chỉ giới đường đỏ tuyến phố Trần Hưng Đạo đều được xác định phù hợp với hiện trạng đã xây dựng ổn định và Quy hoạch chi tiết của các quận đã được phê duyệt. Đối với các khu vực dự kiến xây dựng các Ga đường sắt đô thị, chỉ giới đường đỏ của các tuyến đường đô thị sẽ được xác định cụ thể khi chấp thuận quy hoạch tổng mặt bằng các nhà ga.
Về ranh giới của Dự án tuyến đường sắt đô thị, UBND TP chấp thuận ranh giới Dự án do tư vấn Systra đề xuất. Cụ thể, đối với đoạn tuyến đường sắt đô thị đi nổi trên cầu cạn từ Nhổn đến Cầu Giấy được bố trí lồng ghép trong thành phần đường đô thị có ranh giới được xác định cơ bản nằm trong phạm vi chỉ giới đường đỏ của các tuyến đường đô thị.
Đối với đoạn tuyến đường sắt đô thị đi ngầm từ Kim Mã đến phố Trần Hưng Đạo có chiều rộng ranh giới Dự án được xác định từ tim tuyến hầm đường sắt đô thị sang mỗi bên 30m. Đối với các vị trí dự kiến bố trí ga ngầm được xác định cách tim tuyến hầm 50m về mỗi bên.
Riêng tại ga Ngọc Khánh (S9), chấp thuận ranh giới Dự án mở rộng theo đề xuất của tư vấn Systra. Đồng thời điều chỉnh vị trí ga Văn Miếu (S11) dịch chuyển so với vị trí trong thiết kế cơ sở khoảng 400m về phía ga Hà Nội để khoảng cách giữa các ga hợp lý, đảm bảo hiệu quả khai thác vận hành của tuyến đường sắt đô thị.
Theo Quy hoạch Dự án tuyến đường sắt thí điểm TP Hà Nội, đoạn Nhổn-ga Hà Nội phần đi nổi có 8 ga gồm ga số 1 - còn gọi là khu Depot- đặt tại Nhổn; Ga số 2 có vị trí tại xã Minh Khai; Ga số 3 tại Phú Diễn; Ga số 4 tại Cầu Diễn; Ga số 5 tại phố Lê Đức Thọ; Ga số 6 tại Đại học quốc gia; Ga số 7 tại chùa Hà; Ga số 8 tại Cầu Giấy.
Dự kiến sẽ khởi động tuyến đường sắt đô thị thí điểm TP Hà Nội đoạn Nhổn-Ga Hà Nội vào tháng 2/2012